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【讨论】dxy有必须对所有招聘都进行过滤吗

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【招聘】浙江理工大学生命科学学院招聘启事

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【经验】工作半年了,一些求职与应聘感想

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  • zjubell
    zjubell  的帖子被加了1分 72天前

    回复:转录组测序求助

    为何要改投,我觉的可以按评稿人的意见去修改啊,好像不难修改啊1.注明一下用来assemble的reads数,或者做过什么样的filter;他觉的肯定不会拿raw data来做的。2.解释一下质量评估和统计的分数;解释一下min kmer cov的含义3.在做基因流释时E值的阈值是...
  • zjubell
    zjubell  回复了帖子 关于转录本的疑问 89天前
    组织表达特异性。在同一种组织中,不太可能出现两种转录本的。所以你这个假设前提不对。可能偶尔出现突变,比如可变剪切,导致部分细胞表达异常,这有可能。
  • zjubell
    zjubell  回复了帖子 qPCR扩增曲线无法到达平台期,但溶解曲线正常 96天前
    20个循环的时候已经平台期了啊
  • zjubell
    zjubell  回复了帖子 以cDNA序列设计的引物,再以DNA为模板PCR扩增可以吗? 96天前
    你这400多bp一定是非特异性条带。正常情况一般是扩不出来的,要知道,两个外显子间的内含子是相当大的。你以cDNA扩1170,则这个1170很可能包括了十个外显子,而以DNA为模板的话,可能100kb都有了,不可能扩出来。如果扩出来的,一定是非特异性条带
  • zjubell
    zjubell  回复了帖子 cds序列长度和蛋白质序列长度的关系 96天前
    终止密码子,属于CDS,但不编码,所以最终要-1CDS序列是编码蛋白序列。mRNA序列中外显子拼在一起后的 ATG到TAA中间的一段。ATG前面叫5'UTR,TAA后叫3'UTR
  • zjubell
    zjubell  发布了新帖 万方汇智(北京)国际文化传播中心就是个骗子公司 124天前

    万方汇智(北京)国际文化传播中心就是个骗子公司,大家千万不要上当受骗。我是老站友了,上当过。各位不必再上这个当。有问题的可以私聊。我文章还是自己写的,公司号称可以修改语法,然后这公司就是收钱,草草弄一一下,然后假冒编辑的邮箱给你发录用信,然后让你交钱,说已经录用了。结果都是假的。事后电话不接,短信不回。文章还是自己投吧,各位医生虽然忙,但这种亏也不要去吃了。

  • zjubell
    zjubell  回复了帖子 求助!基因测序结果分析及下一步实验重点(50丁当) 162天前
    可以从两个方向来分析,1.孟德尔遗传模式,即单基因病分析模式。2.复杂病分析模式,目前一般是GWAS方式。1.单基因病模式,还包括隐性和显性模式。正常组太少了,最好下载千人频率,或者65000人的突变频率,选取亚洲人群,直接做为正常对照。 然后选取 3,4,5级的突变(参考ACMG标准,5级一般包括一个PVS+PS证据,比如无义突变加千人频率为0,基本就算是第5级致病突变),近视组中有大于3个人以上该基因有突变,其他正常组没有,那就可以圈进来。然后放宽条件,近视组有3个人以上,2种基因以上发生3+4类型的突变,可以做为第二级,圈进来。渐渐放宽条件。2.复杂病的GWAS研究方式,这个我不懂具体方法,但你可以找几篇文献或者人来问一下。
  • zjubell
    zjubell  回复了帖子 二代测序定位染色体相互易位断裂点 163天前
    找到断裂点就好办啊,用一代测序即可。在断裂点上游,设计引物,设计1kb左右的好了。好像挺容易的。
  • zjubell
    zjubell  回复了帖子 测序拼接 163天前
  • zjubell
    zjubell  的帖子被加了1分 170天前

    回复:基因突变怎么读出来

    刘刘晶 各位老师好  我是重庆医科大学研究生   想请教下  希特林缺陷病中的SLC25A13基因基因突变c.IVS6+5G>A、c.615+5G>A怎么读出来???还有851del854是否可以读为第851位碱基的缺失突变??1638_...
  • zjubell
    zjubell  回复了帖子 基因突变怎么读出来 170天前
    IVS是被淘汰的写法,目前基本不太用了。c.615+5G>A是相对标准的写法,意思是 CDS区,第615个位于编码区的外显子 后面第五个内含子的G变成了A614--615,,,,,,,,, 616------617.。。。其中假设614-615是属于exon5 , 而616-617是属于exon6的,再假设615-616之间有一段1000bp的内含子intron5。然后这时候intron5中的突变的命名就是 c.615+1, c.615+2,,,,,,,,,,,c.615+500, c.616-500, c.616-499,,,,,,,,c.616-1;即1000bp分成两部分,前500bp用 615+来描述,后500bp用616- 来描述。851del854 ,显然也是不规范的命名,
  • zjubell
    zjubell  回复了帖子 鸿茅药酒重要进展!谭医生应该可以「回家」了 181天前
    要是我,我还赖着不走了呢。有这么多人挺,好歹得局长道歉,赔偿,然后包机送回家为止。
  • zjubell
    zjubell  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2017年11月 208天前
    很久没来了,发现这里也不更新了啊
  • zjubell
    zjubell  的帖子被加了1分 261天前

    全外显子分析(WES)的一般步骤-7 初级统计篇

    这步主要目的是对比对情况,做一个统计。#Make a temp directorymkdir -p ${tmp_folder}_dept#Running GATK depth of coverage  java -Xmx${heap}m -Djava.io.tmpdir...
  • zjubell
    zjubell  的帖子被加了1分 261天前

    全外显子分析(WES)的一般步骤-9 annova注释篇

    ANNOVAR是一个应用非常广的软件,但其并非免费,下载软件时,需要注明非商业使用。虽然现在大家都在用,并没有收费,但权利已经保留了。annova可以同时将各类数据库注释进去,包括cytoband, 千人频率,dbsnp, clinvar, refgene等。由于之前的VCF文件...
  • zjubell
    zjubell  的帖子被加了1分 261天前

    全外显子分析(WES)的一般步骤-8 SNP calling篇

    这步,才正式将比对结果,call出SNP,给出一个非常通用的,大家都熟悉的VCF文件 (variant calling files)SNP, indel是分开call的,同时会对质量进行过滤。从raw data生成PASS的data#Generate snps raw vcf f...
  • zjubell
    zjubell  的帖子被加了1分 261天前

    全外显子分析(WES)的数据格式-4, 注释好的最终文件格式篇

    这个我想也不会很难,具体见附件,这里附个图,示意一下,最关键的是其中一列能看懂就行了。GT:AD:DP:GQ:PL1/1:0,48:48:99:1614,123,0 说明: 1/1表示纯合aa,其中REF为0个,ALT为48个,测序深度为48个,表型的准确性99,(0/0, 0/...
  • zjubell
    zjubell  的帖子被加了1分 261天前

    全外显子分析(WES)的数据格式-2,fastqc格式篇

    这个最容易,用fastqc软件,直接对fastq文件做QC,就能下载到一个文件 分析指标包括: 直接粘图无效,可以自行在附件中下载。• Basic Statistics [基本统计数据]• Per base sequence quality [每测序碱基质量得...
  • zjubell
    zjubell  的帖子被加了1分 261天前

    全外显子分析(WES)的数据格式-1, sam/bam格式篇

    bam文件是一个压缩文件,占用空间小,但记录了所有比对的信息,可以用samtools view来查看至于 samtools view 的用法,自己敲完命令看就行。我来说说这两个文件的格式 1.  QNAME,比对片段的(template)的编号;2. ...
  • zjubell
    zjubell  发布了新帖 全外显子分析(WES)的数据格式-4, 注释好的最终文件格式篇 261天前

    这个我想也不会很难,具体见附件,这里附个图,示意一下,最关键的是其中一列能看懂就行了。GT:AD:DP:GQ:PL1/1:0,48:48:99:1614,123,0 说明: 1/1表示纯合aa,其中REF为0个,ALT为48个,测序深度为48个,表型的准确性99,(0/0, 0/1, and 1/1的值为1614,123,0:0为错误最小值所以表型为1/1)WES的搞一段落,其他的有机会再说。

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