登录| 注册

丁香客

选择模板

更多 最新动态

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 启动子查找和转录因子预测真的不简单?那还不赶快收藏这份干货! 102天前

    启动子查找和转录因子预测真的不简单?那还不赶快收藏这份干货!启动子作为基因表达的“开关”,行使控制基因表达时间及强度的职能,是结构基因的重要组成部分。而且启动子的控制功能多由转录因子调控。因此,转录因子—启动子结合研究显得尤为重要。 但是如何获取一个基因的启动子和预测并验证转录因子与其的结合呢? 本文将从启动子的查找到转录因子的预测全方位解决您的问题。 启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确结合并具有转录起始的特异性,常规启动子以二型为主,核心序列包含TATA box和CAAT box,这两部分组成的序列含有基础转录活性,也就是具备启动子特征,但是表达水平很低,此序列紧挨着转录起始位点TSS,一般位于编码基因5UTR

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 GUT:樊代明院士团队发现胃癌癌前病变-肠化生新机制 102天前

    GUT:樊代明院士团队发现胃癌癌前病变-肠化生新机制: 胆汁酸诱导的FXR-miR-92-FOXD1通路作者简介 空军军医大学附属西京医院樊代明院士、西安交通大学第一附属医院袁祖贻教授及空军军医大学附属西京医院时永全教授为本文通讯作者。西安交通大学第一附属医院李铤博士为本文第一作者。 李铤博士,西安交通大学第一附属医院,主要从事肿瘤恶性表型分子机制研究,近五年以第一作者在Gut、Cancer Research、Oncogene、Molecular Cancer等杂志发表SCI论著6篇,累积影响因子56.114。研究结论 本研究首次发现胆汁酸促进胃上皮细胞发生肠化生的机制:胆汁酸能够激活受体促进miR-92a的表达,从而靶向FOXD1-FOXJ1通路,解除NF-k

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 三步搞定外泌体实验 102天前

    三步搞定外泌体实验近几年,外泌体以迅雷不及掩耳之势火了起来。外泌体相关研究逐渐从小众走向大众,受到越来越多的关注,涌现了一大批的外泌体课题。但大家还是感觉外泌体研究 好 难 啊!为什么呢?首要原因就在于该领域里还木有统一的、简单可行且纯度很高的分离方法。每一个外泌体研究者都注定要为外泌体的分离纯化与鉴定而烦恼。今天我就来给大家聊一聊,如何搞定外泌体研究中的第一步。1、分离: 超速离心法:超速离心法是外泌体分离最常见的技术之一。据不完全统计,约有1/2的研究者会选择该种方式分离外泌体。该方法由几个离心步骤组成,可分步去除细胞、细胞碎片和大囊泡,沉淀外泌体(如图所示)。但该种方法用于血浆和血清等粘性生物液体时效率较低,且重复离心操作有可能对外泌体造成损害,从而降低其质量。&n

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 教你怎么做miRNA靶基因验证(实验篇) 103天前

    教你怎么做miRNA靶基因验证(实验篇)双荧光素酶报告基因实验是通过将预测能够与miRNA结合的靶基因3’UTR序列插入载体中萤火虫荧光蛋白(firefly luciferase)的3’UTR。当我们感兴趣的miRNA和质粒中的插入序列结合后,miRNA会通过和所插入的序列结合从而抑制萤火虫荧光蛋白的翻译最终造成荧光值的下降。海肾素荧光蛋白(renilla luciferase)是作为内参来去除组间的转染效率差异的。其实你也可以理解为:用荧光值来判断miRNA是否和靶基因结合。在了解原理后我们来看一下要做一次荧光素酶报告实验需要哪些东西: 1.细胞许多同学固执的一定要选用目的细胞来做实验,其实我们本来就是要验证分子间的相互作用,细胞只是一个媒介或载体,选用工具细胞如293T、HEK

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 教你怎么做miRNA靶基因验证(预测篇) 103天前

    教你怎么做miRNA靶基因验证(预测篇)今天为大家分享一些miRNA研究的经验。分子生物学领域最高大上的研究莫过于发现分子间的直接相互作用机制了,不发现个分子间新的相互作用关系你都不好意思投稿高分文章。但是,相信大家都做过Co-IP,CHIP,EMSA甚至RIP实验,很多时候都会被各种阴性结果弄得有掐死老板的冲动吧。miRNA大家都不陌生,作为一类生物体内的重要非编码小RNA,能够通过靶向调控许多基因从而在几乎所有方面都能发挥调控作用。miRNA研究在中国那是相当的火爆,近几年的只要是miRNA相关的SCI文章,作者几乎都是清一色的中国人。为什么精明的国人都像抢日本马桶盖一样抢着研究miRNA呢?因为发现miRNA和靶基因的直接相互作用关系相当容易有木有!首先miRNA和靶基因的作用模式相对

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 科研宝典第二季——机制研究范例(同学nature文章分析) 103天前

    科研宝典第二季——机制研究范例(同学nature文章分析)机制研究纠错日志发出后,获得了不少人的赞同,包括我一位硕士同学。她发了一篇nature,讨来学习后,发现思路非常清晰,很好的机制研究范文。经不住手痒,就分析下,供大家学习参考。文章背景:天然免疫发生时会产生细胞因子,这些细胞因子除了激活免疫细胞和募集免疫细胞外,还可以影响血管的通透性。文章中研究的细胞因子是IL-1β,这个细胞因子激活免疫细胞和募集免疫细胞,是通过已知的一条信号通路,IL-1β,MYD88,NF-kB。题外话,免疫发生时,血管通透性会增加,这样可以使得血管中的免疫细胞出血管到达炎症部位,这个就是为啥炎症发生时,会水肿的原因之一。文章提出问题:“IL-1β,MYD88,NF-kB”这条信号通路,对于血管的通透性是否也起到

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 AAV在诺奖级研究中的应用 104天前

    AAV在诺奖级研究中的应用腺相关病毒(Adreno-Associated Virus, AAV)是微小病毒科(Parvoviridae)家族的成员之一。这一家族成员是一类微小、无被膜及具有二十面体结构的病毒。病毒颗粒的直径在20~26nm之间,含有大小在4.7~6kb之间的线状单链DNA基因组。它的复制和增殖依赖于辅助病毒的存在。重组腺相关病毒(rAAV)作为基因治疗的工具具有以下几个优点 :①. 无致病性。②. 能在转染的宿主细胞长期表达。③. 具有低免疫原性。④. 可以感染多种细胞,而且不受细胞分化的影响。 这些特点正是 rAAV 可以作为基因治疗的条件。AAV病毒在哪类诺奖研究中有重要应用???小编给你们梳理了最热门的三大类(内容详情见

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 病毒感染能用Cas9治疗? 104天前

    病毒感染能用Cas9治疗?目前的抗乙肝药物主要有干扰素类和核苷类药物,干扰素通过细胞表面受体作用使病毒产生抗病毒蛋白。而核苷类药物通过对病毒DNA连的合成和延长的竞争性抑制来抗病毒。这些药物都不能彻底杀灭人体内的HBV,只能一直HBV的繁殖或复制。这是因为乙肝病毒的cccDNA非常厉害,它们平时深居简出潜伏在肝细胞核内,通过细胞核的坚硬核膜来隔绝各类抗乙肝药物对其的致命打击。因此,cccDNA是一个十分重要的乙肝治疗靶点。CRISPR/CAS9技术大家都不陌生了,它可以通过向导RNA(sgRNA)来靶向剪切DNA序列。这让我们想到了什么?对啊,CAS9不就可以入核然后把老大难cccDNA给干掉嘛!已经有科学家这么想并且做了哦。发表Scientific Report上的一篇用CAS9技术治疗乙

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 AAV的“诞生”,有它们就够了! 104天前

    AAV的“诞生”,有它们就够了!在日常生活中,我们经常听到或者亲身参与到各种“圈”中,例如,时尚圈,娱乐圈,艺术圈,还有上海的各大商圈和可食用的甜甜圈,当然,对大多数人来说最熟悉的莫过于微信朋友圈了。话说,在基因治疗领域也有一个圈,小编暂且给它取名叫“病毒载体圈“,此圈中有这样一位傲娇的明星大咖,它不仅理化性质独特(可耐受冻融、65℃高温及多种有机溶剂),而且身怀绝技,同时有着极强的可塑性(分12种血清型和100多种突变体),深受广大科研和医学工作者的青睐。在如今的生命科学领域,追求它似已蔚然成风,那这位“病毒载体圈”的神奇新秀到底是谁呢? 它,就是腺相关病毒(Adeno-Associated Viral Vector,AAV)。 AAV最初是在纯化的

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 为什么选择AAV? 104天前

    为什么选择AAV?AAV的免疫原性极低。与腺病毒、慢病毒等载体相比,AAV体内注射后引起的免疫反应是微弱且短暂的。大剂量全身性注射,特别是尾静脉使用,虽然也会导致微量抗体的产生,但很少有染毒细胞被细胞免疫系统所清除的现象,这被认为与AAV对抗原呈递细胞(APC)感染较弱相关。当 AAV 用于局部感染肌肉、脑、眼等组织时,即使进行重复感染,其效率也不会受到太大影响。这种特性给动物实验上提供了极大的帮助。 AAV的安全性极高。AAV是天然缺陷型病毒(生产性感染依赖于几个额外的反式因子),并且目前还没有发现它和任何的人类疾病有关联。在AAV Helper-Free System中,AAV反向重复序列(ITR)和rep/cap基因分别位于缺少共同序列的单独质粒上,以阻止生产出重组野生型病毒

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 找基因突变,发高分文章,有套路吗? 104天前

    找基因突变,发高分文章,有套路吗?说到突变研究,就不得不提到近年来非常火热的CRISPR/Cas9系统。它通过Cas9蛋白在gRNA(guide RNA)的引导下完成对DNA的定点切割,产生DNA的插入或删除,或定点编辑,不引入任何外源的片段。因此Cas9系统是研究基因突变的最佳搭档。来看看这篇文章,作者利用Cas9系统,将原代肠上皮细胞中几个关键基因(APC、SMADA4、TP53、KRAS、PIK3CA)改变了几个碱基,就模拟了细胞癌变的过程,成果发表在了「30分的Nature Medicine」上面,成了人生赢家,可见Cas9基因编辑的威力。随着技术的不断发展,越来越多的文章都开始尝试使用这种方法去研究基因突变对疾病的影响。但是利用Cas9系统构建突变细胞株常常需要挑选几十甚至几百个单

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 治疗帕金森病:病毒载体在临床中的应用 105天前

    治疗帕金森病:病毒载体在临床中的应用作为世界上第二常见的中枢神经系统(CNS)神经退行性疾病,帕金森病(PD)在60岁以上的人群发病率大约为1/100,全球据估计有700万到1000万PD患者。PD患者大脑中的特定神经元会逐渐死亡,导致多巴胺产量不足,从而影响患者的运动能力,使其肌肉出现僵硬和震颤。随着医学的发展,人类对PD的认识不断深入,新的PD治疗药物不断涌现,还有不少新的药物作用靶点和新的治疗方法日益受到重视。基因治疗也成了研究和治疗帕金森病这种神经系统疾病的新型手段。目前,基因移植途径包括向黑质纹状体导入治疗基因,通过间接体内和直接体内两种方法。前者是在体外用携带治疗基因的表达载体转染培养细胞后再移植于脑内,比较热门的是将目标基因转致各种干细胞后再移植,期望兼顾到基因治疗和干细胞治疗

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 实用型NCBI,UCSC,Ensembl,Uniprot四个数据库 105天前

    请,学好NCBI,UCSC,Ensembl,Uniprot四个数据库的毋庸置疑,NCBI,UCSC,Ensembl,UniProt四个数据库功能非常强大,下面给大家介绍下我自己用的最多的功能举例:NCBI 中BLAST工具NCBI中的Nucleotide BLAST、Protein BLAST、BLAST Genomes(对应图中的1、2、3),这三种比对工具用的最多,其余两种blastx、tblastn(对应图中的4和5),用的相对较少,但是不得不说,真的好用!!1.Nucleotide BLAST(BLASTN):nucleotide–nucleotide BLAST,核苷酸与核苷酸比对工具,可以序列之间比对,也可以与NCBI nucleotide database比对;2.Protei

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 ​溶瘤腺病毒全改造方案 105天前

    溶瘤腺病毒全改造方案?!溶瘤病毒,是指能特异性感染肿瘤细胞并在肿瘤细胞中大量复制,最终裂解肿瘤细胞,并释放出在肿瘤间自行扩散的病毒,最终消灭全部肿瘤的一类病毒。溶瘤病毒治疗与基因治疗不同,它不必发现肿瘤相关抗原,只需保证病毒在肿瘤细胞内特异性增殖就可起到杀伤肿瘤细胞的作用。划重点!!!吉凯基因依托PXC1野生型溶瘤腺病毒骨架,可进行不同类型的OAd改造,戳它就对了:https://genechem.biomart.cn/news/2903478.htm

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 自噬高分文章集锦——Autophagy论文导读 105天前

    自噬高分文章集锦——Autophagy论文导读2016年,诺贝尔生理学或医学奖被授予给发现细胞自噬机制的日本科学家大隅良典,以表彰他在自噬研究中的突破性成就。自噬 (autophagy),是细胞中存在的一种非常关键的“减肥”机制。在饥饿、能量缺乏等代谢应激条件下,细胞会通过自噬来获得新的能量来源和物质需求以维持细胞的基本生命活动。同时自噬还参与多种疾病的发生和发展。大量研究表明,自噬功能障碍与衰老、肿瘤、神经退行性疾病、心脑血管病、代谢糖尿病和自身免疫疾病的发生发展密不可分。自噬是近年来十分热门的领域,2018年共有586个相关项目国自然中标。下面小编为大家精心挑选了Autophagy 期刊(最新影响因子11.1)2019年最新的文章介绍。看详细文章内容请戳:https://genechem.biomart.cn/news/2903469.htm

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 腺病毒 —— 一种被广泛应用的基因治疗载体 105天前

    腺病毒 —— 一种被广泛应用的基因治疗载体腺病毒(AdV)是无包膜的双链DNA,基因组含有大约26-48kbp。20世纪50年代首次被分离得到,能够引起上呼吸道、下呼吸道,胃肠道或者眼睛有症状的感染。直到20世纪80年代,腺病毒作为基因递送载体的治疗潜力才被发现。腺病毒是用于人类的第一种病毒基因传递载体,多于60种类型的人腺病毒被发现,其中Ad5(adenovirus serotypes 5)型的载体被广泛用做基因递送载体。一、腺病毒作为基因递送载体优势1. 腺病毒的生物学功能已经被研究的非常清楚,这使得可以很容易的对其基因组进行操作;2. 一些不同种类的腺病毒在人体中具有低毒力或无毒力,并且对于分裂和非分裂细胞均具有高转导效率;3. 成本可控,可以获得非常高的

  • ysjin
    ysjin  回复了帖子 史上最全qPCR解决方案 105天前
    有问题 欢迎一起讨论~~~
  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 热门“工具病毒”的选择与应用指南 137天前

    吉凯基因网络讲座讲了《自噬,诺奖级别的研究热点》、《非编码RNA-国自然基金中的热点研究》和近《热点技术CRISPR文库的创新课题应用》;第四期网络讲座将介绍【工具病毒】在这些热门研究中实操应用。无论你有病毒选择问题,还是病毒感染细胞和体内注射难题,都可以在这节课得到解惑,精彩课程不同错过~~热门“工具病毒”的选择与应用指南网络课程第四期开始啦!2019年7月18日(周四)15:30

  • ysjin
    ysjin  发布了新帖 非编码RNA——国自然基金中的热点研究,你该如何出彩? 159天前

    非编码RNA(miRNA、lncRNA、circRNA等)虽然不参与蛋白编码,不能直接行使功能,但是它可以通过多样化的调控方式参与众多的通路和生物过程,成为生物医药领域非常重要的一种调控分子。但是LncRNA相对于编码基因难做,原因众多,有的认为目前的LncRNA数据库是残缺的,注释不全面,且很多没有全长信息等等,这些极大限制了我们科研的想象力;好不容易找到一个跟临床问题紧密相关且信息比较全面的LncRNA,又突然发现该LncRNA定位于细胞核,这就意味着想要效仿编码基因的RNA沉默方式很难达到效果。种种的困难,使得LncRNA的研究更加珍贵,更有价值,这也是为什么历年来国自然对LncRNA的研究资助呈上升趋势。如果您也有LncRNA研究方面的问题,并想了解更过关于“非编码RNA的热点研究“

  • ysjin

关于我们|联系我们|版权声明|资格证书|丁香志|加盟丁香园|友情链接 丁香园旗下网站: 丁香园|丁香通| 人才|会议|药学|博客