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【交流】R软件的meta分析操作

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【交流】R软件的meta分析中的亚组分析操作

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  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 142天前
    对的,rlibrary的包像R那样直接使用,rimport则是像Python使用实例化名。Julia使用R包本质上是将R包翻译成C语言,再使用包里面的函数。所以速度上的限制在于R包的翻译,翻译后使用函数就基本像使用自己的函数没什么区别了。理论上使用R会慢点,毕竟需要个翻译的过程,但实际上使用我个人觉得没多大差别。在这个帖子中使用R其实是借用Julia中没有但R有的功能,如果Julia中已经实现了,那就没有借用的什么意义了。就像ggplot2,Julia中已经有替代ggplot2的包了,所以我就没有介绍ggplot2了。谢谢!
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  的帖子被加了1分 149天前

    回复:在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图

           下面是在Julia环境中画图。在写代码前请先在R环境中装好所需要的包,如果你在R环境中不能复现图,建议先不要往下看,先想办法在R环境中复现图再说。        首先先加载所需要的Jul...
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  的帖子被加了1分 149天前

    回复:在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图

    在这里我打算复现一下ComplexHeatmap说明文件里的一个热图。R的代码如下:res_list = readRDS("meth.rds")type = res_list$typemat_meth = res_list$mat_methmat_expr = res_list$...
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  的帖子被加了1分 149天前

    在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图

           大家好,小弟不才,使用Julia语言已经有一段时间了,现分享一点小心得,期望能起到抛砖引玉的作用,请大家不吝指正。谢谢!以下内容写得比较随意,请大家海涵。       先介绍一下Juli...
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
    好啦,本次演示介绍完毕。我把代码和数据作为附件上传,以供大家参考。meth.PDF请下载后更名为meth.rdsComplexHeatmap.PDF请下载后更名为ComplexHeatmap.jl后续再抽时间介绍一下Julia调用Python库进行可视化的操作。谢谢大家
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
    最后出图第一张是弹出的窗口图第二张是全屏后完整的图
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
    接着是画图ht_opt(    legend_title_gp = rgrid.gpar(fontsize = 8, fontface = "bold"),    legend_labels_gp = rgrid.gpar(fontsize = 8),    heatmap_column_names_gp = rgrid.gpar(fontsize = 8),    heatmap_column_title_gp = rgrid.gpar(fontsize = 10),    heatmap_row_title_gp = rgrid.gpar(fontsize = 8))ha = Heatma
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
    进行图形的颜色设置meth_col_fun = colorRamp2(rbase.c(0, 0.5, 1), rbase.c("blue", "white", "red"))direction_col = R"c('hyper' = 'red', 'hypo' = 'blue')"expr_col_fun = colorRamp2(rbase.c(-2, 0, 2), rbase.c("green", "white", "red"))pvalue_col_fun = colorRamp2(rbase.c(0, 2, 4), rbase.c("white", "white", "red"))gene_type_col = rbase.structure(brewer_pal(length(rb
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
    进行热图聚类column_tree = rstats.hclust(rstats.dist(rbase.t(mat_meth)))column_order = column_tree["order"]解释:在R环境中,原来的语句是这样写的column_tree = hclust(dist(t(mat_meth)))column_order = column_tree$order在Julia环境中,可以看到对于R包中的函数应用格式为Package.function,如要引用stats包中的hclust函数,就写成rstats.hclust。rstats是stats在导入后的别名。Python中加载包也是这样的格式,如import numpy as np,np就是numpy的别名
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
    读入列表数据并按需分配数据res_list = load("meth.rds")type = res_list["type"]mat_meth = res_list["mat_meth"]mat_expr = res_list["mat_expr"]direction = res_list["direction"]cor_pvalue = res_list["cor_pvalue"]gene_type = res_list["gene_type"]anno_gene = res_list["anno_gene"]dist = res_list["dist"]anno_enhancer = res_list["anno_enhancer"]解释: 读入数据的时候应用了RData库的load函数
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
    接着设置你的工作路径,代码如下cd("/Users/bear/Documents/Julia/Practice/ComplexHeatmap")这是我自己的工作路径,大家在运行中需设置到自己的工作路径。
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
    接着是导入所需的R包
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
    下面是在Julia环境中画图
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
    在这里我打算复现一下ComplexHeatmap说明文件里的一个热图。R的代码如下:res_list = readRDS("meth.rds")type = res_list$typemat_meth = res_list$mat_methmat_expr = res_list$mat_exprdirection = res_list$directioncor_pvalue = res_list$cor_pvaluegene_type = res_list$gene_typeanno_gene = res_list$anno_genedist = res_list$distanno_enhancer = res_list$anno_enhancercolumn_tree = hclust(d
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前
           在开始之前,说说Julia的使用。一般我们使用一门语言,建议使用适合它的IDE,就比如说R语言建议使用Rstudio。对于Julia,建议使用JUNO。这是一个Atom的插件,可以在Atom的插件中心下载。如果想省事,建议使用Julia Pro,基本像Rstudio一样,都给你配置好了,安装好了就可以直接用。Julia Pro的下载地址: http://dxys.com/GaQQzN。       这次的演示是基于Mac的,由于手上暂时没有Windows的电脑,就没有折腾。请大家见谅。       好了,闲
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  发布了新帖 在Julia语言中调用R包”ComplexHeatmap“进行画图 149天前

           大家好,小弟不才,使用Julia语言已经有一段时间了,现分享一点小心得,期望能起到抛砖引玉的作用,请大家不吝指正。谢谢!以下内容写得比较随意,请大家海涵。       先介绍一下Julia语言。Julia语言集Python、C++、R等语言为一体的全新语言。基本特点是”Walks like python. Runs like C.“。 主要应用于机器学习、数据处理、算法仿真、数值分析等等。可以调用R或者python库进行辅助,更好的继承现有的成果。这门语言运算速度很快,它的运行时间基本是除了C之外最快的,有的算法甚至比C还要快。但缺点是它基于JIT(Just-in-time,即时编译器),启动有预热

  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 如何用R软件进行随机抽样 157天前
    你的代码是对的,出现错误的原因是你的变量x3中x大小写不一样,请注意变量的大小写
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  回复了帖子 R软件实现单组率meta分析程序包的安装 169天前
    metaprop是个函数,来源于meta包。请参考meta包说明文件 http://dxy.me/MveY3y
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  的帖子被加了1分 422天前

    回复:【求助】用R软件调取nlme程序包实现network meta(网状meta分析)的问题

    建议构建成csv格式,保证数据的列数一致性,再用mydata<-read.csv("C:/Users/Administrator/Desktop/123.csv")读入,如下图
  • yiyuexiong
    yiyuexiong  加入了调查派 1446天前

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