wenyiexin的丁香客

更多最新动态

wenyiexin 回复了帖子新手**：做GSEA分析，运行部分功能基因集分析时总是提示“Java heap space”，请问是什么原因？ 4天前
大神，再请教下你，用DAVID做出来富集的FDR很大是啥情况，最高的50+。。。
wenyiexin 回复了帖子新手**：做GSEA分析，运行部分功能基因集分析时总是提示“Java heap space”，请问是什么原因？ 4天前
你好，白天曾经用gsea跑过一个数据包，结果也success了。但到了晚上再次跑一模一样的这个数据包，就提示java heap space了，这是什么原因？上面都说是内存的原因，为什么白天内存够，晚上就不够了？已经把能关的软件或者网页都关了，还是不行。请教大神帮忙
wenyiexin 回复了帖子如何识别ID并进行转化？请教版内高手 9天前
谢谢大神，本来想简单点直接用在线工具好的，那把大数据库下载了先呵
wenyiexin 回复了帖子如何识别ID并进行转化？请教版内高手 9天前
你好，大神，再问下，用lncRNA来预测miRNA，一般用的比如miRcode或者lncBase，都是需要1个个输入lncRNA来查看是否有interaction的miRNA，你知道有什么网页软件是可以批量查找的吗？一般做出来的DElnc有几千个，一个个找非常麻烦，但文献里似乎大多还是用这几个网页工具。
wenyiexin 回复了帖子如何识别ID并进行转化？请教版内高手 10天前
谢谢大神指导，原先我也试过下原始文件，幽默的是可能我的迅雷也有问题，下了好几次，到5,6个G就只见流量不见下载百分比的增加了。
wenyiexin 回复了帖子如何识别ID并进行转化？请教版内高手 10天前
GPL18109 ，谢谢大神
wenyiexin 发布了新帖如何识别ID并进行转化？请教版内高手 10天前
一个差异表达的数据包，ID是探针，有谁知道spot ID是什么吗？并怎么进行基因名的转化？注释文件上也看不懂，平台介绍上spot id那栏也空着，求教版内的高手，该怎么识别并转化这些spot id阿？搜过很多关于id转化的教程，都不适合这个数据包
wenyiexin 回复了帖子关于生信投稿的伦理问题 10天前
没人知道吗？
wenyiexin 回复了帖子请教一篇文献的方法学部分 10天前
没人知道吗？
wenyiexin 发布了新帖关于生信投稿的伦理问题 11天前
生信文章用的所有数据均从网上数据库下载，并且后面也没有做验证，纯生信文章。针对这种情况，伦理审查批准和参加研究同意书怎么办？知情同意是不可能，伦理审查怎么处理？查了些既往的文献，有些文献有伦理审查，有些什么都没写，请教怎么处理？
wenyiexin 发布了新帖请教一篇文献的方法学部分 12天前
请教各位大神，这是一篇文章里的方法学部分：First, we used the 1125 differentially expressed lncRNAs retrieved from the miRcode database, and applied the Perl program to identify 216 pairs of interacting lncRNAs and miRNAs. From the 93 retrieved DEmiRNAs, we predicted that 15 of them could interact with 84 differentially expressed lncRNAs. Following, we found that t
wenyiexin 回复了帖子利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法（原创） 13天前
老师跟你请教个问题，这是一篇文章里的方法学部分：First, we used the 1125 differentially expressed lncRNAs retrieved from the miRcode database, and applied the Perl program to identify 216 pairs of interacting lncRNAs and miRNAs. From the 93 retrieved DEmiRNAs, we predicted that 15 of them could interact with 84 differentially expressed lncRNAs. Following, we found tha
wenyiexin 回复了帖子利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法（原创） 18天前
高手，有大神你1成功力，我估计就能按时毕业了谢谢指导
wenyiexin 回复了帖子中风与神经疾病杂志 19天前
这个杂志也垃圾的，一直显示收稿，很会拖时间，建议如果无所谓可以随便丢一篇。想好了要发表就别投这个杂志了，恶心不止一点。
wenyiexin 回复了帖子我终于亲身体会了中国医药导报确实很垃圾 19天前
看版面费和增刊就知道这个杂志有多垃圾了
wenyiexin 回复了帖子利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法（原创） 19天前
wenyiexin 回复了帖子利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法（原创） 20天前
老师你好，谢谢您的解答node2我注释过了，我又随机选了一些基因，重新跑了一遍流程，发现还是在string网页运行的时候就会自动添加了一些新的基因进去。不知道我有没讲明白，假设我选了10个基因做string（基因集A），这10个基因的上下调关系都是已知，然后放到string里跑，从结果里下载tsv文件，如您所说，文件里有node1和node2两列基因（合起来作为基因集B），从A集到B集没有做其他操作，就是跑了string，这时对基因集B里的2个node列做注释，就会发现B集>A集，一些B集里的基因，在A集里找不到，也就没有注释上下调的关系了。您上面做的示范，如果把2列node全部注释起来确实就都上色了，关键就是其中一部分基因，在做注释的时候，在原先已知上下调关系的数据库里找不到，是st
wenyiexin 回复了帖子生物信息版月度风云榜奖励-2018年08月 21天前
ID: wenyiexin奖励：10丁当哎，真惭愧，初学者，只能在本版问各种问题，希望各位老师不吝赐教，谢谢
wenyiexin 回复了帖子利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法（原创） 22天前
谢谢指导，问上面这个问题的原因是经常看到文献上，用miR预测出靶基因后再用cytoscape做PPI，然后用不同颜色表示上下调，比如在图的注释里说红色表示上调，蓝色表示下调。但在做类似分析时，总是碰到一个问题，cytoscape上色的方法是用注释文件对靶基因的上下调进行注释，然后在不同颜色显示。而靶基因的注释是通过miR的上下调来反向推导。这样操作的结果发现在cytoscape里有少数的基因既不是红色也不是蓝色，就是注释文件里没有注释上下调的基因，自动显示白色。关于基因水平上下调的注释流程是从miR开始：1、筛出差异表达的miR，其中logFC<-2=下调；logFC>2=上调。2、然后根据反向调控，上调的miR预测出的靶基因认为是下调；下调的miR预测出的靶基因是上调，这里可以
wenyiexin 回复了帖子利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法（原创） 23天前
大神你好，假设筛出差异表达的2个miR，其中miR A为上调，miR B为下调，然后预测了这2个miR的靶基因为：mRNA A和mRNA B，根据负相调控的机制，是否可以判断mRNA A为下调，mRNA B为上调？

常去的版块

更多最近来访

更多关注的人

更多粉丝

更多发表的帖子

更多发表的回复

更多最新动态

常去的版块

更多 最近来访

更多 关注的人

更多 粉丝

更多 发表的帖子

更多 发表的回复

更多 最新动态

更多最近来访

更多关注的人

更多粉丝

更多发表的帖子

更多发表的回复

更多最新动态