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【讨论】转帖:夏门第一医院医疗纠纷

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【共享】南昌第一医院疑因医患纠纷引发数百人械斗

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  • wenyiexin
    wenyiexin  发布了新帖 请教各位站友关于microRNA的问题 7天前

    本人第一次接触基础科研,看了一篇文献是通过干扰过表达明确了microRNA a 对 mRNA b有调控作用,有人评论说没有做机制,不太明白是啥意思?miRNA对mRNA的负相调控不是明确的吗?难道是说还要做清楚具体负相调控的方法是抑制转录还是增加降解?那又该怎么做?

  • wenyiexin
    wenyiexin  回复了帖子 关于miRNA预测lncRNA 30天前
    恩,下载了,不过说出来让站友笑话,我下的是starbase2.0版,3.0版的miRNA-lncRNA的数据库找不到下载的地方
  • wenyiexin
    wenyiexin  发布了新帖 求教关于circRNA的问题,晕了。。。。!! 32天前

    也不知道应该发到哪个版块,初学者,彻底蒙圈了。。。有一些关于预测circRNA的软件,我用的是starbase,也算是比较有名的软件把,下载了starbase的数据库,里面的circRNA举几个例子: hsa_circ_13533     hsa_circ_11997     hsa_circ_11885     hsa_circ_12311     hsa_circ_12210。但是在常用的circRNA数据库中都查不到。。。另外在ncbi的geo下载了一个测序结果,hsa_circ_100789    hsa_circ_10204

  • wenyiexin
    wenyiexin  发布了新帖 求教关于circ的问题!! 32天前

    也不知道应该发到哪个版块,初学者,彻底蒙圈了。。。有一些关于预测circRNA的软件,我用的是starbase,也算是比较有名的软件把,下载了starbase的数据库,里面的circRNA举几个例子: hsa_circ_13533     hsa_circ_11997     hsa_circ_11885     hsa_circ_12311     hsa_circ_12210。但是在常用的circRNA数据库中都查不到。。。另外在ncbi的geo下载了一个测序结果,hsa_circ_100789    hsa_circ_10204

  • wenyiexin
    wenyiexin  发布了新帖 关于miRNA预测lncRNA 33天前

    几百个miRNA拿来预测lncRNA,发现在线的网页工具都只能1个1个预测,简直是逼疯人的节奏。下载数据库还要提供什么许可证,真是崩溃。预测lncRNA没有像预测mRNA那样可以批量预测的在线工具吗??

  • wenyiexin
    wenyiexin  回复了帖子 关于ID注释的问题 34天前
    没人知道吗。。。
  • wenyiexin
    wenyiexin  发布了新帖 请教这2个图用啥软件做的? 35天前

    请教各位站友,文献说这2个图是用cytoscape做,但具体未说明,到底是用哪2个app做的?有战友知道不?

  • wenyiexin
    wenyiexin  回复了帖子 求助:Agilent LncRNA microarray的芯片注释文件去哪里找 35天前
    agilent芯片的基因名非常奇怪,比如像下面的这些,都是agilent的gene name,无法识别阿,请问站友你有啥好办法吗,我想提取mRNACB_026413    UCSC_1808_3330    XLOC_008965    ENST00000499953    UCSC_957_4150    UCRs_260_238    UCSC_8839_1082    
  • wenyiexin
    wenyiexin  发布了新帖 关于ID注释的问题 35天前

    看到一篇文献上说实验中的RNA,使用GENCODE (V18版)进行注释,但是在还原数据时,差异表达的RNA中发现结果很多如下,在GENCODE上找不到,不知道属于哪种RNA,请哪位大神指导下,以下面这些抬头的都是些什么RNA??asoverlaps_561_1574    RefSeq_3199_617    RNAz_779_319CB_030979NRED_1059_1116EvoFold_162_271H-InvDB_1698_335    UCRs_368_215    nc-HOXD4-28    p0385_imsncRNA802    

  • wenyiexin
    wenyiexin  发布了新帖 请教各位高手,如何识别这些gene name? 38天前

    下载了一个注释文件如下,截了一段gene name,CB_018838    UCSC_7898_1302    UCSC_10272_725    CB_012071    CB_010201    CB_008701    CB_030269    XLOC_013545    CB_028944    ENST00000464242    p0626_imsncRNA360    ENST00000548104    CB_019523  

  • wenyiexin
    wenyiexin  回复了帖子 如何识别ID并进行转化?请教版内高手 38天前
    大神你好,抱歉打扰了,上次请教的问题,听从你的建议,好不容易下载了raw data,但是基因名的注释还是看不懂。有gene name,也有systemic name,而且比对了下都一样。但是gene name也比较乱,分不出来哪些是lncRNA,哪些是mRNA。。。请问大神你能否给个邮箱,我发您帮忙看看指导下,谢谢
  • wenyiexin
    wenyiexin  回复了帖子 关于cytoscape使用 44天前
    谢谢站友
  • wenyiexin
    wenyiexin  发布了新帖 关于cytoscape使用 47天前

    下面这个图用cytoscape怎么做出来?cytoscape图片调整里的圆形设置,出来是一个圈,怎么像下面这张图,做成一个实心的圆形?

  • wenyiexin
    wenyiexin  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年09月 47天前
    10个丁当
  • wenyiexin
    wenyiexin  回复了帖子 请教关于关键基因分类的问题? 49天前
    没人知道吗
  • wenyiexin
    wenyiexin  发布了新帖 请教关于关键基因分类的问题? 51天前

    请教各位站友,cytoscape筛出来的基因分类中,hub gene 和 bottleneck gene 的区别是啥?什么是bottleneck 基因?

  • wenyiexin
  • wenyiexin
    wenyiexin  回复了帖子 新手**:做GSEA分析,运行部分功能基因集分析时总是提示“Java heap space”,请问是什么原因? 54天前
    google?翻墙?貌似大陆把翻墙都给禁了,怎么私信给你?做个excel发邮箱ok吗?
  • wenyiexin
    wenyiexin  回复了帖子 版内《生信问题及解决方案》目录汇总 54天前
    谢谢指导,pathway我用的是string和cluego,其实也是没的选。初学者很多富集的kegg结果是0,翻了翻文献,有些也是一笔带过,说因为基因太少没富集,个人感觉和多少也没啥关系,基因多如果功能分散也富集不到把。也不知是我选题有问题还是咋的,david全部沦陷,没富集到1个kegg,regulation拆开跑,放一起跑都没集到哈。后来换了string能跑到一部分,用cluego只能把参数设的比较夸张才能集到个把,或者富集到一堆,但是按文献上常用的kappa score基本无效,也是醉了哈,可能是我的方法学问题把。你说的gprofiler和enrichr没用过,试试看,谢谢
  • wenyiexin
    wenyiexin  回复了帖子 版内《生信问题及解决方案》目录汇总 54天前
    最近碰到一个问题,快抑郁了,貌似网络或者微信公众号大家都不会去care的问题,可能是我技术太烂了。一直想问,如果做出来的pathway找不到和研究目的相关,那在讨论部分该怎么圆场??当然有可能是方法学错误,本来就无关;也有可能是没人研究过,这些暂且不提。就撰写论文而言,感觉肿瘤专业的生信,怎么扯都能和做出来的pathway沾上边,本人非肿瘤专业,查了很多文献,包括kegg的数据库,还有普通的数据库比如medline等等,实在和自己研究的目的扯不上关系,不知道在discussion部分该怎么写??如果仅仅是某个hub gene,好歹多少还能扯上点关系,整个pathway就距离太遥远了 。求大神们指导,如何在讨论部分圆场,感谢!

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