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  • vivi3333
    vivi3333  发布了新帖 单细胞(single cell)分选平台比较(10X Genomics,BD Rhapsody) 489天前

    转载自微信公众号:烈冰生物      Single Cell Sequencing技术,即利用优化后的高通量测序技术(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一个单个细胞的序列信息,从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。那么问题就来了:1.       如何获得单个细胞?如果无法获得单个细胞这一切都是不成立的。2.       如何获得大批量 的单个细胞?单组织细胞群体在10E6以上,如果被检测的测序细胞数量过小精确度不足。3.    &nb

  • vivi3333
    vivi3333  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年04月 581天前
    id: @dxy_dbfnhx36奖励:6丁当
  • vivi3333
    vivi3333  的帖子被加了1分 604天前

    回复:大家好,想请教一下FPKM一般认为大于多少有意义?

    1.    首先你要知道一个概念:FPKM = Fragments / (外显子长度*Mapped Reads)。其实能否验证以及是否可靠与两个问题有关:a.    Fragments的支持总数有关。早年测序数据量小,一...
  • vivi3333
    vivi3333  的帖子被加了1分 604天前

    回复:从GEO里下载表达量以后,出现的带星号和不带星号的表达量有什么区别呢?

    这里miRNA实际上是区分靠近miRNA前提3’端和5’端的因此实际上一个miRNA前提会产生两个miRNA即miR-124-5p和miR-124-3p。那么在早期的miRNA数据库记载中,比较简陋,认为这两条miRNA表达量存在高低差别。一般我们认为高表达的那个miRNA是mi...
  • vivi3333
    vivi3333  回复了帖子 从GEO里下载表达量以后,出现的带星号和不带星号的表达量有什么区别呢? 604天前
    这里miRNA实际上是区分靠近miRNA前提3’端和5’端的因此实际上一个miRNA前提会产生两个miRNA即miR-124-5p和miR-124-3p。那么在早期的miRNA数据库记载中,比较简陋,认为这两条miRNA表达量存在高低差别。一般我们认为高表达的那个miRNA是miR-145不带星号。低表达那个是miR-145*虽然不靠谱,但,这实际上是两个完全不一样的miRNA,其靶基因序列相差甚远,千万不能混淆。
  • vivi3333
    vivi3333  回复了帖子 怎样下载人类和小鼠全部的SNP信息 604天前
    ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/在这个路径下,不同物种信息详实,你可以选择你需要的那个。Mmu10或者人类的GRCh38或者37
  • vivi3333
    vivi3333  回复了帖子 大家好,想请教一下FPKM一般认为大于多少有意义? 604天前
    1.    首先你要知道一个概念:FPKM = Fragments / (外显子长度*Mapped Reads)。其实能否验证以及是否可靠与两个问题有关:a.    Fragments的支持总数有关。早年测序数据量小,一般我们认为Counts>10基本上都是可以验证的基因集。因为从测序来看,这个结果被测到了还非常可靠。b.    但是实际情况中,考虑到qPCR验证问题,需要综合考虑。这里你需要考察你们的常规的beta-Actin的Cycle数,尽量别让该基因表达的高的那个样本的Ct超过32以上,验证效果会比较糟糕。综上,你需要把该样本基因的FPKM/ b-actin的FPKM然后估算一个大概的Cy
  • vivi3333
    vivi3333  回复了帖子 求助Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 625天前
    这个是没办法的,IPA是收费软件,即访问需要付费,如果我没有看错,这里的访问,意味着你需要有IPA的访问账号。而且这里需要注意的是IPA的通路图,是有自行调整的,如果你希望去查看,最好问几个有账号的大学,比如交大,复旦的实验室的朋友借个账号看。或者你直接问,你找的公司给你账号看看。
  • vivi3333
  • vivi3333
    vivi3333  回复了帖子 作Heatmap图如何同临床信息结合起来??望不吝赐教,如题 652天前
     你可以考虑看下TCGA的cbioportal数据库,其中的结果展示基本上都能够展示成你需要的样式。http://dxys.com/nI3Iba
  • vivi3333
    vivi3333  的帖子被加了1分 695天前

    回复:求助 cytoscape 化合物-靶点-通路 作图

    这个网络,需要你载入Gene2GO的数据,Gene2Metabolic的数据,这两个数据载入后,不会自动形成这个效果,这个你可以考虑先用layout选项中的circular layout进行一个尝试,你会发现基本就已经比较接近你需要的形式了。然后手动拖一下就好。
  • vivi3333
    vivi3333  的帖子被加了1分 695天前

    回复:怎么用NCBI查人的线粒体的sod蛋白序列。

    原因很简单,人类GeneID中,SOD是以SOD1的形式优先存在的,所以如果你检索SOD1 human只会出人类的。个人搜索建议,首先先去gene数据库搜索,然后你会发现这个gene的真正名称,protein数据库没有Gene数据库那么好的模糊检索能力,主要是这些曾用名注释是pr...
  • vivi3333
    vivi3333  回复了帖子 怎么用NCBI查人的线粒体的sod蛋白序列。 695天前
    原因很简单,人类GeneID中,SOD是以SOD1的形式优先存在的,所以如果你检索SOD1 human只会出人类的。个人搜索建议,首先先去gene数据库搜索,然后你会发现这个gene的真正名称,protein数据库没有Gene数据库那么好的模糊检索能力,主要是这些曾用名注释是protein数据库里面没有的。所以你搜索SOD会优先跳转到果蝇领衔的基因上。
  • vivi3333
    vivi3333  回复了帖子 求助 cytoscape 化合物-靶点-通路 作图 695天前
    这个网络,需要你载入Gene2GO的数据,Gene2Metabolic的数据,这两个数据载入后,不会自动形成这个效果,这个你可以考虑先用layout选项中的circular layout进行一个尝试,你会发现基本就已经比较接近你需要的形式了。然后手动拖一下就好。
  • vivi3333
    vivi3333  的帖子被加了2分 697天前

    回复:求助!!RNA-seq分析得出来的差异基因太少怎么办

    这里主要看几个问题:第一你的研究是否存在生物学重复,如果存在生物学重复,那么1.5倍差异比较少的原因首先要考虑生物学不佳,即药物处理不稳定引起的差异基因过少的问题,这个时候推荐你首先进行整体样本的PCA分析,查看一下样本的重复性,简单一点的可以采用Excel的=correl命令查...
  • vivi3333
    vivi3333  回复了帖子 求助!!RNA-seq分析得出来的差异基因太少怎么办 698天前
    这里主要看几个问题:第一你的研究是否存在生物学重复,如果存在生物学重复,那么1.5倍差异比较少的原因首先要考虑生物学不佳,即药物处理不稳定引起的差异基因过少的问题,这个时候推荐你首先进行整体样本的PCA分析,查看一下样本的重复性,简单一点的可以采用Excel的=correl命令查看两组数据的相关性。以及组间的相关性,这里可能需要你剔除一些比较异常的异常样本后再进行分析第二你的这个药物处理是否能观察到明确表型,不管是物理的还是化学的还是生物学的,只要显著性的差异表型,那么就意味着这个实验是成功的。差异基因少也是可以接受,即使只有60-70也是有可能。部分下游基因的敲出后,也就100-200差异基因。另外药物处理的时间点也很考究,比如,极短时间会有部分基因优先超表达,远期这些基因会下降。看你的采

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