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甲状腺癌专题

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  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 r语言里competing risk model的nomogram咋做 1007天前
    又已完成,mark一下.这么好的贴子,居然没有人关注
  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 r语言里competing risk model的nomogram咋做 1016天前
    已经完成.问题又来了,怎么去validate competing risk Fine and Gray model 呢? 用cmprsk package的crr生成model,该如何去验证呢? 在rsm package里的validate function和rcorrcens function都不能起作用了.
  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 r语言里competing risk model的nomogram咋做 1073天前
    如果能完成fit的转化,又能得到sur5y的fun,就可以得到competing risk nomogram了
  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 r语言里competing risk model的nomogram咋做 1073天前
    cmprsk package的crr function得到的model,covariables 是以matrix 的形式导入ccr function的。能用rms 的ols function转为rms package能认的model吗? 是用ols 转换过来的model去预测5年(假如我们要建5年的nomogram)的suv5y function 么 ? 还是用cmprsk package的predict function去预测5y的fun,用来建nomogramcmprsk package的predict function 返回(Returns) a matrix with the unique type 1 failure times in the first col
  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 r语言里competing risk model的nomogram咋做 1078天前
    http://dxy.me/Y3UvUz you use the linear predictor from your regression as the dependent variable in the rms package's ols function. You will get an R^2 of 1.0. You can depict the ols model with nomogram(). Note that there are so many statistical issues in competing risk
  • nuifu
    nuifu  的帖子被加了1分 1115天前

    TCGA DXY学习贴

    Dxy 学习TCGA数据做差异表达分析处理TCGA原始数据和初级数据需要编程能力,例如R语言。如果是新手,建议你采用处理后数据,有几个很好的在线应用,既可以对TCGA数据进行可视话,也能够把处理后数据下载下来自己分析。1. cbioportal:http://www.cbiopo...
  • nuifu
    nuifu  发布了新帖 TCGA DXY学习贴 1173天前

    Dxy 学习TCGA数据做差异表达分析处理TCGA原始数据和初级数据需要编程能力,例如R语言。如果是新手,建议你采用处理后数据,有几个很好的在线应用,既可以对TCGA数据进行可视话,也能够把处理后数据下载下来自己分析。1. cbioportal:http://www.cbioportal.org/index.do 这个网站到google explore才能更好运行.这个网站开发了R语言的,The CGDS-R package provides a basic set of functions for querying the Cancer Genomic Data Server (CGDS) via the R platform for statistical computing.

  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 求助一个关于TCGA的数据分析问题 1199天前
    clinical_data 此文件后缀加.xls用excel打开genomicMatrix 此文件后缀加.xls用excel打开 可以看到数据内容.后续怎么分析,我也在学习过程中.帮你ding一下
  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 预测模型连载3:列线图(nomogram)的R语言实现 1229天前
    楼主提及的这个概念,非常重要.一些人一直在说nomogram的c-index,其实就是没搞清楚这个概念,nomogram本身没有c-index.  C-index是cox model的c-index.
  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 求助R语言rcorrp.cens结果解释 1229天前
    你这个问题,本身有1个概念是要纠正的.nomogram 没有你所谓的C-index. C-index是针对Cox 模型. 在做cox proportional regression的时候,就可以获得z值,楼上有兄弟提及了.z值是通过Dxy值算出来的(这个提法我且参考楼上兄弟的,没有验证). Dxy就可以直接算出C-index.因此 ,很多文章提及的nomogram的C-index这个提法是不适当.因此,比较 C-index,本质是在比较两个cox模型的好坏,R语言里的rcorrp.cens语句可以帮你计算得到两个模型的C-index.其实R语言的cox命令就可以获得C-index(因为R语言的cph命令是会生成Dxy值有了上面解释,再来理解比较两个模型的差异,就简单多.就是比较两个模型C-i
  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 预测模型连载3:列线图(nomogram)的R语言实现 1265天前
    楼主,相当,给力...
  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 EndNote X7直接安装版 1351天前
    下了,但解压不了
  • nuifu
  • nuifu
    nuifu  发布了新帖 SPSS 做要生存分析时,最大能算多少个样本? 1495天前

    我的样本量432612 结果提示 Insufficient free workspace was available for KM SPSS 是不是算爆了,有什么其办法,可以解决这个问题么?

  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 cox回归的分层分析 1631天前
    我的理解,分期肯定是影响预后的因素.. 你提出来的因素,即A,同样也是非常重要的影响预后的因素,且完全独立于分期,表明该指标对预后有很强的预测作用。 至于,cox多因素分析,倒底用哪种方法,进行调整是对的(SPSS软件的运用),至今仍不清楚。那个时候,我用了方法一,文章发...
  • nuifu
    nuifu  发布了新帖 stata关于诊断试验的亚组分析 1694天前

    采用stata midas语句进行meta时,如何实现亚组分析效果 help midas结果如下 midas -- Meta-analytical Integration of Diagnostic Accuracy Studies Syntax (中间略) b...

  • nuifu
    nuifu  的帖子被加了2分 1824天前

    seer 讨论专用

  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 请高手帮忙转换为森林图 1872天前
    不是正解。这样最后的estimate反映不了,所有入组的病人数。且pooled estimate的HR值与cox分析结果的HR是不吻合的。
  • nuifu
    nuifu  回复了帖子 怎么总出type mismatch r(109)啊 1872天前
    楼主,最后做出来了吗?我也被该问题困扰了好久
  • nuifu
    nuifu  : 生存分析的亚组分析森林图,该怎么做?? http://dxy.me/aaA7fe 在园子里,曾经有人问过,没有人回答。http://dxy.me/BBVzaa Example1 : 比较FEC-D与FEC的疗效,是一个III期的临床试验,但是他亚组分析用的森林图分析 EX...

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