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  • great0722
    great0722  的帖子被加了1分 922天前

    想做转录组测序,因为课题经费不多了,想求一个便宜点的公司

    如果经费不多的话,需要根据实验目的确定最优实验方案。例如是否一定要用转录组做?芯片是否也可以达到实验目的?目前芯片要比转录组便宜不少,如果是做基因差异表达,做表达谱测序也可以达到目的,价格还便宜不少。如果一定要用转录组的方法做,再确定数据量,是5G还是10G,分析到做到哪一步,基...
  • great0722
  • great0722
    great0722  回复了帖子 人全基因组重测序分析 1077天前
    楼主研究的是遗传家系么?是想找和某一疾病相关的基因吗?请先确定疾病遗传类型,比如,是否是单基因遗传病,还是多基因遗传病,还是复杂疾病,等等。确定了遗传方式就可以采取不同策略来研究了。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 我现在有的数据是16s rRNA,如何找这些序列中的保守区? 1077天前
    额,细菌16srDNA序列研究比较多了,可变区和不变区都已经鉴定出来了。楼主问的是可变区中的保守区?另外,楼主问的是一个菌的16srDNA序列,还是高通量测序的数据?
  • great0722
    great0722  回复了帖子 RNA-seq /ChIP-seq等用二代测序技术的实验需要几个重复? 1077天前
    一般是最少是三个重复,对照组和处理组各至少三个。现在RNA-seq价格已经很便宜了,花不了多少钱的。chip-seq前期处理麻烦些,价格会贵一些。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 请教一下大神,血清中提取DNA可以做基因测序吗? 1077天前
    你好,不知道你是要做一代测序还是二代测序?一代测序血液中样品量应该是够了,如果是二代测序,样品量要求多一些。
  • great0722
    great0722  的帖子被加了1分 1172天前

    回复:mRNA的表达量

    你想看一个基因或者几个基因的表达量,还是很多个基因的表达量?还是想看某一条件下rna表达水平?如果基因数量少,qpcr就可以了,如果基因很多,得做转录组测序。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 mRNA的表达量 1172天前
    你想看一个基因或者几个基因的表达量,还是很多个基因的表达量?还是想看某一条件下rna表达水平?如果基因数量少,qpcr就可以了,如果基因很多,得做转录组测序。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 mRNA测序的组织获取后如何处理? 1202天前
    不好意思,我不是经常登录丁香园。。。见谅!!!保存后的血样,直接室温下解冻后就可以用rna提取试剂盒提取了,但是建议解冻后立即提取。如果要做测序的话,可以直接送给公司提取就行,省事。如果自己要用rna的话,还是得自己提一点。顺便提醒一下哟,血液中rna含量比较低,不大好提的,建议
  • great0722
    great0722  回复了帖子 载体构建 1202天前
    亲,你可以查一下你的菌种是克隆型的还是表达型的,建议克隆质粒时用克隆型菌种,例如DH5a菌种(大肠杆菌)就是克隆型的,PET系列的就是表达型的菌种。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 mRNA测序的组织获取后如何处理? 1405天前
    你好,不同的样品处理方法不一样。如果是组织样品,一般取样后,液氮速冻,保存在-80冰箱即可。如果是血液样品,需要用抗凝管收集血液,加trizol保护液,液氮速冻后保存在-80冰箱。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 微生态多样性检测 1453天前
    高通量测序的方法确实没有绝对定量的功能,只能告诉你丰度占多少,如果想做绝对定量,可以做个qpcr就行了。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 全外显子与全基因组测序 1471天前
    如果说该疾病研究的比较透彻了,可以考虑用基因芯片来筛查致病基因,价格便宜很多,也比较保险。如果该疾病比较罕见,就不好说了,目前外显子测序和全基因组测序只在科研上应用比较多,临床上不好说,疾病的背景要了解的比较透彻,例如是不是单基因遗传病,遗传特点,等等。综合起来给出一个最合理的方...
  • great0722
    great0722  回复了帖子 小RNA测序数据量 1471天前
    确实是10M就可以了,数据量再大,意义不大,因为10M数据量基本能够覆盖所有的mirna了,再增大数据量也不能发现新的东西,或者也只是发现很少的新东西。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 DNA池和测序 1471天前
    测序是不能同时检测这两种变化的。如果需要做这两种变化,也是两个单独的项目。这二者建库原理不一样。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 请各位前辈指点一下mRNA测序技术相关信息 1471天前
    这方面的文献很多,建议你不要看测序原理,关于测序本身的文章,而应该把时间放在测序能够解决什么科学问题和测序结果的意义上面。pubmed里面有很多相关文献。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 全外显子与全基因组测序 1471天前
    全基因组测序能够检测包括snp,indel,cnv和sv等突变,能够发现基因组任何部位的突变。而外显子测序检测的是编码蛋白质部分的基因的突变情况,对了一些cnv和sv,它是无能为力的。但是同时外显子测序的优点在于外显子组比较小,即使包括UTR序列也不过几十MB,这样测序深度可以很...
  • great0722
    great0722  回复了帖子 454高通量16srDNA测序的价格怎么样啊? 1475天前
    一千多吧,不过现在都转向Miseq平台测的。至于你说的HLPC,是测序么?
  • great0722
    great0722  回复了帖子 土壤微生物多样性 1477天前
    majorbio, bgi等等。
  • great0722
    great0722  回复了帖子 求助16S微生物多样性分析的文章 1477天前
    我这有一些哦,不知道怎么样给你。

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