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  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 如何查找基因的启动子、UTR区、及转录 8天前

    如何查找基因的启动子、UTR区、及转录基础知识:启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。一般选择CDS区上游2 kb。UTR(Untranslated Regions):即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子编码区(CDS)两端的非编码片段。 5’-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子,3’-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴(Poly-A)的末端。1.查找基因的启动子区域-NCBI1. 打开PubMed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed2.选取【Gene】,在旁边输入IL7,点search,按下图示意,根据物种进行选择,我们以人源为案例,点击第二个:3. 下拉至下图位置,可以看

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 为什么双荧光素酶的检测结果经常是阴性? 8天前

    为什么lncRNA/miRNA或circRNA/miRNA的双荧光素酶的检测结果经常是阴性?首先这项检测技术对于miRNA与mRNA靶向结合位点验证是非常适用的。但苦恼的是在检测lncRNA/miRNA或circRNA/miRNA时常为阴性的结果。其主要的原因有:(1) 生物信息学预测得到的潜在结合位点单一。通常一个miRNA会靶向多个靶基因,或与lncRNA/circRNA存在多个结合位点。同时,由于各预测数据库算法的不同,多数据库交叉预测是很有必要的。(2) 挑选的lncRNA和circRNA本身不具备作为分子海绵的功能。比如lncRNA表达于细胞核内而不在胞质,表达于细胞核的lncRNA是不能作为分子海绵来吸附miRNAs的。或者它们与AGO2蛋白没有结合(AGO2是lncRNA/ci

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 脑缺血模型 22天前
    没有哦,不好意思
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 细胞划痕实验 22天前
    一般一个培养皿划一道
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 【原创干货】如何看懂流式结果图 22天前
    看是做什么指标,一般都有说明书的
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 每月细胞版风云战友奖励专用帖 33天前
    yj1984ren 10月得票 前五名请跟帖领取10个丁当奖励: @dxy_06kt740 @Ucell  @dxy_3xrpw7e @赵小叶   六至十名请跟帖领取5个丁当奖励: @怠惰者啊 @dxy_v2tjlck @dxy_yfkfytj5 @dxy_nlbe7pt @dxy_og6k6x63 得票第八,谢谢版主
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 细胞划痕实验 54天前

    细胞划痕实验 它是检测细胞运动中一种成本极低又简单易行的体外试验方法。 原理:当细胞长到融合成单层状态时,在融合的单层细胞上人为制造一个空白区域,称为“划痕”。划痕边缘的细胞会逐渐进入空白区域使“划痕”愈合。在细胞迁移过程中在开始和定期捕获图像,通过比较图像以确定细胞迁移速率。 实验步骤: 1.划线:先用marker笔在6孔板背后,用直尺比着,均匀的划横线,大约每隔0.5~1cm一道,横穿过孔。每孔至少穿过5条线 2.铺板:处于对数生长期的细胞,胰蛋白酶消化成单细胞悬液,接种于6孔培养板;细胞铺板6×105个细胞/孔,确保第二天细胞能够长满,每孔最终的培养基总量2mL; 3.细胞培养37℃、5%CO2培养箱中培养24h 4.划痕:第二天用*头比着直尺,尽量垂直于背后的横线划痕,*头要垂直

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 如何看懂流式结果图 59天前
    dxy_v321i1i 首先感谢楼主的科普。用流式细胞仪测定caspase3活性时,阳性细胞率是什么意思呢? 就是表达caspase3的细胞数量/比例
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 双荧光素酶报告基因检测 70天前
    我这边就可以做,有想法可以私聊
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 双荧光素酶报告基因检测 70天前
    dxy_588548 楼主你好,想问一下你知道有做这个双荧光素酶实验做得比较好的单位吗,或者有什么可以推荐的公司吗,谢谢。
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 如何做好CHIP 73天前

    实验虐我千百遍,我待实验如初恋 这次小结了一下CHIP的经验,希望对于正在做这块实验的小伙伴有些帮助~ 为了得到理想的结果最重要的是优化实验条件,常见的几点如下: 1、 染色质的制备:为了获得足量的染色质,样品准备一定要充足。(IP实验的损耗较大,为保证实验用量,一次准备5×10E7个以上细胞较好) 2、 优化交联固定条件:ChIP实验成功与否,直接取决于染色质完整性、抗原表位质量和抗体特异性(抗体一定买好的)。因此优化交联固定条件,富集丰度更高。 3、 优化染色质片段化条件:要得到理想的ChIP结果,合适长度和浓度的染色质样品至关重要。(推荐的片段化程度为的染色质片段在150-900bp之间)。 4、 免疫沉淀优化:在ChIP抗体富集优化实验中,使用

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 慢病毒包装 78天前

    目前主流的病毒载体系统主要包括慢病毒(LV)、(γ-)逆转录病毒(RV)、腺病毒(Ad)和腺相关病毒(AAV)。 慢病毒(LV)和γ- 逆转录病毒(RV):均属于逆转录病毒科。其RNA基因组能逆转录为cDNA,稳定整合至宿主细胞基因组中。逆转录病毒通常分两种:γ- 逆转录病毒结构单一,慢病毒存在一些附属基因和调控基因,。 腺病毒(ADV):是一种复制缺陷型病毒,通过受体介导的内吞作用进入细胞,借助特定细胞系(HEK293)复制和增殖,不整合到宿主细胞基因组中。 腺相关病毒(AAV):属微小病毒科,为无包膜的单链线状 DNA 病毒。只有在腺病毒或者疱疹病毒等辅助病毒协助下,宿主才能产生具有感染性的AAV,所以 AAV 被称作腺相关病毒。 下图是关于以上病毒的介绍: 慢病毒 慢病毒载体( Le

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 干的不能再干的干货——非编码RNA的过表达和干扰 86天前

    非编码RNA的过表达和干扰——这些技术问题你需要额外注意! 文章开始前,先来2碗毒鸡汤提神醒脑: 第一碗:80%的lncRNA都表达在细胞核,做不了分子海绵去spong miRNA! 第二碗:绝大部分的circRNA都不能广泛结合到miRNA! 话不多说,直接进入正题! 三大非编码RNA(ncRNA),miRNA/lncRNA/circRNA仍然是医学基础研究领域最为火热的研究热点,大部分的研究人员在立项之初,通过查阅文献或二代测序+生物信息学分析,获得了合适的研究对象,但在实验推进的过程中却遇到了重重困难。 主要有以下几个原因: 1. 找错了转录本; 2. ncRNA的过表达和干扰,尤其是干扰很难成功实现;(本篇重点) 3. 靶向关系检测,及内源竞争性RNA的双荧光素酶检测很难获得阳性的

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 文章online,謝謝大家! 88天前
    恭喜呀,可以分享下心得吗?
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 双荧光素酶报告基因检测 99天前
    yizhe2011 请问园友有这几个质粒吗?谢谢哈有第一个和第二个
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 如何看懂流式结果图 101天前
    赵小叶 楼主多多分享 谢谢,您的鼓励是我前行的动力
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 如何看懂流式结果图 102天前

    如何看懂流式结果图 别的不说,直接进入正题,流式结果一般都以图片的形式展开,所以如何看懂流式图也就至关重要。 流式结果图有4种类型,分别为:1. 直方图  2.散点图  3. 等高线图  4.密度图 下面一一为大家介绍 1. 直方图(Histograms) a.横坐标代表荧光信号或散射光信号相对强度,可以是线性或对数坐标。 b.纵坐标一般是相对细胞数。 直方图适用于分析处理周期(如下图) 直方图分析数据注意事项: ① 不能比较不同标记之间的表达量。如一号样本单标记CD133、二号样本单标记CD44,那么CD133与CD44表达量不能用直方图进行比较。 ② 直方图的形状(直方图的高度及宽度)取决于仪器的类型、处理软件和样本 ③检测目的细胞非常少(

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 娱乐贴- 如何让蚊子不咬人,给蚊子喂减肥药! 162天前

    给蚊子灌下减肥药,它就能不咬你了?你可能不会相信,蚊子并不会出于恶意地去咬人。雌性埃及伊蚊(Aedes aegypti)为了确保体内卵子的正常发育,需要吸取人类血浆中的营养物质。虽然表面上看它们吸起血来就是个无底洞,但这样一小口一小口吸血的时候,它们还需要花些时间来品尝你的血液。“在一次叮咬完成之后,雌蚊子的体重会增加一倍,然后在接下来的很多天,她都会对你的血完全失去兴趣。”劳拉·杜瓦尔(Laura Duvall)说到,她是纽约洛克菲勒大学(Rockefeller University)的博士后研究员。这种餐后恢复阶段引起了杜瓦尔和同事的兴趣,她们想知道能否人为地让蚊子认为它们已经吸过血了。杜瓦尔在莱斯莉·福斯哈尔(Leslie Vosshall)的实验室工作,她研究遗传学、神经科学和行为学

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    丁香园最帅的崽  发布了新帖 甲基化PCR 162天前

    什么是甲基化?DNA甲基化(DNA methylation)是指在DNA甲基化转移酶(DNMT)催化下,以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体,将活性甲基转移至DNA链中特定碱基上的化学修饰过程。哺乳动物基因组中,DNA甲基化多发生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一种表观(epigenetic)修饰,它在不改变DNA序列的情况下,对个体的生长、发育、基因表达模式以及基因组的稳定性起到重要的调控作用,并且这种修饰在发育和细胞增殖的过程中是可以稳定传递的。近年来的大量研究表明,DNA异常甲基化与肿瘤的发生、发展、细胞癌变有着密切的联系。图1.胞嘧啶甲基化图2.DNA甲基化在肿瘤发生中的作用肿瘤发生过程中,甲基化阻碍转录因子与启动子结合或与转录抑制子结合,进而对基因表达发挥重要调节作用

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 线粒体相关干货 162天前

    线粒体与疾病的关系再灌注损伤当流向器官的血液被打断时,就会发生缺血,使器官失去氧气和外部代谢物的供应,导致乳酸、琥珀酸的堆积。此时含氧血液再灌注入器官,会导致琥珀酸氧化,产生ROS,致使氧化损伤。且同时ROS与线粒体内富集的Ca2+共同作用于MTPTP,会致使线粒体肿胀,细胞死亡,从而引发炎症。肥胖  减肥是一个相当热门的话题,通过线粒体,促进脂肪代谢来提供能量,能够有效的治疗肥胖。细胞的线粒体中会产生三磷酸腺苷(ATP)分子,它能够为身体提供能量。20世纪30年代曾经流行过一种减肥药——2,4-二硝基苯酚(DNP),它会阻断这一过程,导致线粒体产生热量而非ATP,并促使细胞代谢碳水化合物和脂肪。后来多人由于过热死亡,DNP在1938年被废止使用。近来有研究发现,DNP甲

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