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手把手教你发网络药理学SCI

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手把手教你GEO数据库表达谱差异基因分析(下):GEO2

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手把手教你GEO数据库表达谱差异基因分析(上):R版

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  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 新鲜出炉的m6A RNA甲基化4分+文章 86天前

    大家好,今天给大家分享一篇2020年3月发表在Front Oncol杂志上的文章,影响因子4.137。很新的一篇文章,文章的主要目的是研究m6A RNA甲基化调节因子在胶质母细胞瘤GBM中的表达、潜在功能和预后价值。标题:Malignant Evaluation and Clinical Prognostic Values of m6A RNA Methylation Regulators in Glioblastoma.m6A RNA甲基化调节因子在胶质母细胞瘤GBM中的潜在功能和预后价值术语m6A-RNA methylation:m6A-RNA甲基化,是一种最常见的mRNA修饰形式,与恶性肿瘤进展有关。GBM:胶质母细胞瘤,是星形细胞肿瘤中恶性程度最高的胶质瘤。GSEA:基因集合富集分析

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 重磅!中国论文工厂再曝丑闻,400篇英文文章多家医院牵涉其中 141天前

    2月21日,知名学术打假人Elizabeth Bik联合Smut Clyde, Morty和Tiger BB8等,再发重磅推文,直指有超过400篇中国英文论文具有极其相似的标题布局、图片格式,尤其是连western blot图的风格都非常相似,涉嫌来自批量化论文生产工厂(paper mill),而甚至连期刊编辑可能也牵涉于这条庞大的产业链中。(目前Pubpeer等多个网站无法在国内登录,大家可以点击阅读原文,在这个网站看详细报道)Elizabeth Bik直指尽管这些作者来自各个医院,相互之间并无合作或紧密联系,但他们发表的论文从风格到图片都极其相似,尤其是western blot图,条带间隔富有规律,均呈现哑铃状或蝌蚪状,背景相似且没有常见的污渍,这意味着这些western blot图是直

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 基于6个基因的预后模型预测颈部鳞状细胞癌的生存 176天前

    今天给大家分享一个关于预后基因模型的套路。来自2020年Aging-us(IF=5.515)刚发表的新鲜文章。文章题目是:Six-gene signature for predicting survival in patients with head and neck squamous cell carcinoma(基于6个基因的预后模型预测颈部鳞状细胞癌的生存)。1、文章思路2、步骤分析一、确定与患者总生存率相关的基因组利用TCGA数据库,建立OS与基因表达之间的关系。确定425个单因素Cox回归对数P值小于0.01。列出了危险比(HR)值最高的20个基因。二、基因组变异的基因集识别利用TCGA中的拷贝数变异数据,使用GISTIC2.0来鉴定显著扩增或缺失的基因。利用Mutsig2的TCG

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 震惊!美国医学科学院院士邹明辉教授13篇文章勘误或撤回 178天前

    无论对于多大的科学大咖来说,文章受到质疑乃至于勘误/撤稿,都是有可能发生的事情。但是一次性从一本期刊上撤稿、勘误、期刊关注(retracted/ withdraw/erratum/expression of concern)整整13篇文章,还是非常让人震惊的!今天这位主人公就是邹明辉教授,现为美国医学科学院院士,美国佐治亚州立大学科研事务副校长,奥克拉荷马大学内科学系血管生物部负责人,细胞生物学、生理学、医学终身教授。根据湖北科技学院官网上的介绍,邹教授1985年毕业于湖北科技学院的医疗系,曾先后在法国Pual-SabatierR大学、德国Konstanz大学获博士学位,主要从事血管生物学和药理学的研究。作为一个完全中国土生土长培养出来的医学人才,可以在国外走到这样高的位置,说实在话是非常难

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 请查收这篇来自Cancer Science 的4.6分免疫浸润模型 179天前

    这次分享的文献是Immune cell infiltration as a biomarker for the diagnosis and prognosis of digestive system cancer,2019年9月发表于Cancer Science,影响因子为4.6;同样是利用公共数据,围绕CIBERSORT的分析数据展开,进行模型构建验证,并将样本进行亚型的区分作生存分析。术语• CIBERSORT Newman等开发的分析工具,使用基因表达数据来估计混合细胞群体中成员细胞类型的丰度,被广泛用于肿瘤浸润免疫细胞的估计;• LM22 包含了547个基因在内的signature 矩阵,能够精确区分从外周血或体外培养条件中分离出的22种成熟的人造血细胞群;• RFS (relaps

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 手把手教你绘制进阶版热图 189天前

    各位百味科研芝士的朋友,大家好。今天我们学习热图的绘制,以往我们绘制的热图,总是在列上有一行注释信息,表示样本分组,那如果你有更多的需要注释的信息怎么办呢?这两张图,不再是我们传统的一行注释信息了,热图原来还可以这么画。今天,我们就学习一下热图神器工具包--pheatmap包。学习任何工具包的第一步便是首先要安装该包。1. 安装并加载包,关于包的安装,已经讲过多次,直接上代码:2. 构建测试数据集test,该数据集包括40行,50列信息,每行代表一个基因,每列代表一个样本:接着更改行名和列名,使其每行代表一个基因,每列代表一个样本,代码和数据如下:3. 数据构建好之后,首先我们直接出图:总有一种很丑的赶脚。接着去除网格线:4. 增加注释信息,我们增加样本分组信息,生存状态,TP53突变状态,

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 看到暴力伤医事件的后续,学医11年终将毕业的我还是放弃从医了 199天前

    我是某985高校附属三甲医院的一名小博士,明年终于能毕业了,大概率能留在本院开始医生生涯。然而,看到杨文前辈被残忍杀害事件的后续,我的职业规划彻底动摇了。不是我胆小至此,被一次暴力事件轻易吓破了胆,而是——身在这个圈子,深知国内医生处境之艰辛,沉疴已久,一腔救死扶伤的热情早就饱经消磨。这次事件魔幻的后续,终于成了压死我从医信仰的最后一根稻草。也不是我朝三暮四没长性,本科5年,硕士3年,博士3年,用人生最青春美好的11年光阴寒窗苦读,谁又能轻易舍弃?“学医难,难于上青天;学医苦,苦于磕黄连”不必赘述,我都挺过来了.....但我没想到,这次杀医事件反映出的种种,终于让我退缩了。 杨医生被从背后割颈而致命,莫说经常伏案工作的医生了,任何人想到哪幅画面难道不会不寒而栗,不敢再把后背留给陌生人?可是医

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 免疫分子分型发一区5.3分杂志?这个思路值得借鉴! 199天前

    今天分享的是发表于老牌杂志ONCOIMMUNOLOGY的一篇文章,该杂志影响因子5.3,中科院分区一区。文章标题为Two immune-enhanced molecular subtypes differ in inflammation, checkpoint signaling and outcome of advanced head and neck squamous cell carcinoma,这里用到的免疫方面的分析值得借鉴。术语•HNSCC (head and neck squamous cell carcinoma)头颈部鳞状细胞癌•Consensus Cluster 一致性聚类• nearest-centroid classifier 最近质心分类1、研究思路• 数据来源:T

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  加入了调查派 200天前
  • Keyanzhishi
  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 多组学整合药物预测如何发6分SCI的? 207天前

    今天分享的文献是2018年9月发表于EBioMedicine,标题是Integrative analysis reveals distinct subtypes with therapeutic implications in KRAS-mutant lung adenocarcinoma,影响因子为6.18;文章整合了多个组学的数据,最后落到药物预测,是比较值得借鉴的点;名词解释•IC50 (half maximal inhibitory concentration)最大半抑制浓度,可以用来衡量药物诱导凋亡的能力,即诱导能力越强,该数值越低;•TIL(tumor infiltrating lymphocytes)肿瘤浸润淋巴细胞,当存在大量的肿瘤浸润淋巴细胞时,表明机体启动了对抗肿瘤的免疫

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 发不了《Cell》,别再错过5分以上审稿超快的《Cells》! 209天前

    从Cells发表的文章来源看,中国学者发表的论文数量不少,位列第五位,所以应该不存在对我国研究的偏见。从Cells发表的文章来源看,中国学者发表的论文数量不少,位列第五位,所以应该不存在对我国研究的偏见。在自然科学领域做学术的不可能不知道大名鼎鼎的CNS:这三本世界顶级期刊简直是学术界的三座高峰,攀上任何一座都足够升职拿奖功成名就走上人生巅峰……当然,芝士君也知道——广大科研同胞做梦都想登上的高峰,大多数时候也就是做梦登上去而已……别急!芝士君带来了《Cell》的“平价替代品”——《Cells》!虽然名字看上去像是一本山寨高仿,但实际上人家是一本很有水准的期刊。Cells杂志是由瑞士MDPI出版社发行的国际同行评审Open Access期刊,每月一期,ISSN号为2073-4409。JCR分

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 Word+Excel教你轻松批量获取Oncomine数据 211天前

    Oncomine数据库是肿瘤研究的一大利器。然而,在线的图常常不符合期刊格式的要求,而下载数据却贵的一批!这时候我们该怎么办呢?图为Oncomine上的基因表达图,说实话还是有点丑的~这时候聪明的小伙伴会发现,当把鼠标放在柱状图上的时候神奇的事情发生了。这不就我们需要的表达量数据吗?真是踏破铁鞋无觅处,得来全不费工夫啊~当然,很多聪明的小伙伴也都知道这个办法,就这样把数据一个一个摘录下来。然而,当样本量达到一定数量的时候,这工作量也忒大了~那有什么技巧可以轻松的摘录上百个甚至上千个数据呢?今天我就给大家分享我的独门秘诀~首先右键-查看元素,接着把鼠标放在第一个柱子上,神奇的事情发生了,这不是我们要的数据吗?接着把这些一大堆数据全部复制下来,打开你的word粘贴上去~然后你就得到了这么一堆东西

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    Keyanzhishi  发布了新帖 揭秘纯生信发4.9分SCI的套路 213天前

    今天分享的是2019年10月发表于Cancer Immunology, Immunotherapy的一篇文章,标题是Identification of prognostic genes in the acute myeloid leukemia immune microenvironment based on TCGA data analysis,影响因子4.9,文章思路比较清晰,分析的思路也比较方便借鉴。术语• AML Acute myeloid leukemia 急性粒细胞白血病• DEG Differentially expressed genes 差异表达基因• ESTIMATE(Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 手把手带你画高大上的lasso回归模型图 213天前

    各位芝士好友,今天我们来聊一聊lasso回归算法。与预后有关的文章,传统的做法一般会选择多变量cox回归,高级做法自然就是我们今天的lasso分析。首先我们先来几篇文献,看一下lasso最近发的两篇文章,如下:这两篇文章均是采用了lasso回归的范文。感兴趣的可以自行下载学习,当然今天我们主要是和大家探讨lasso回归的细枝末节,具体体会这个算法的精妙和思想。Lasso回归本质上就是一种回归分析,我们见到最多的或许就是线性回归,方程如下:其中x为自变量,y为因变量,线性回归采用一个高维的线性函数来尽可能的拟合所有的数据点,最简单的想法就是最小化函数值与真实值误差的平方,比如假设我们构建一个函数H。这个时候我们需要保证函数J达到最小,就可以了。Lasso回归则是在一般线性回归基础上加入了正则项

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 因为我是女生就拒稿?9012年了学术圈还有性别歧视! 217天前

    我们常常听到一句话——这个世界不是绝对公平的。只有在实力面前,才能看到相对公平。比如高考,比如……投稿。管你是漂亮萌妹还是秃头大叔,投稿的时候总不能附上照片吧,所以大家一视同仁,文章上见高下。然而,最近芝士君才知道,在学术界飞速发展的今天居然还存在着严重的性别歧视。近日,英国皇家化学学会(Royal Society of Chemistry,RSC)一项对旗下所有学术期刊论文作者的统计分析显示,女性投稿者在论文发表的过程中会遇到更多阻碍。这项涵盖了化学领域40多本期刊、70多万份投稿的报道显示,相比男性,女性投稿者中通讯作者的比例少、高分杂志少,而且在review之前就被拒的几率更大。而女性投稿的论文即使进入了review环节,最终被接收的也只有不到四分之一。更能体现学术影响力性别差异的是,

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 手把手教你画双基因生存曲线 217天前

    科研芝士的小伙伴们你们好啊~前几天看文献的时候看到一个双基因联合分组的生存曲线的图,觉得挺有意思的。今天我就以TCGA库中的乳腺癌(BRCA)为例,教大家怎么画双基因的生存曲线~一、安装和加载所需的包RTCGA是一系列根据数据类型分离的包,相当于要先下载这些离线数据R包之后再直接从离线数据包里面获取TCGA的所有数据。最新的版本可以加载下图所有的包,可谓是非常强大了。infoTCGA看到各种肿瘤的各种数据那是相当的丰富。二、从TCGA数据库上获取乳腺癌的临床数据至此便获得了乳腺癌的临床数据。从图可以看出该数据集一共有1098个样本。三、从TCGA数据库上获取乳腺癌相关基因的表达数据并整合加载基因表达数据所需要的包。选择需要的GeneA和GeneB整合到之前的生存数据上。值得注意的是这里的%>

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    Keyanzhishi  发布了新帖 LncTarD: lncRNA-靶基因调控机制分析神器重磅来袭! 221天前

    做科研的友友们可能都知道,长链非编码RNA(lncRNA)与人类疾病相关这个事实。虽然lncRNA与疾病的关联已受到广泛关注,但目前缺乏数据库预测lncRNA介导的靶基因调控机制、关键下游靶基因以及与疾病相关的lncRNA的重要生物学功能。那么,今天的神器就是为了解决这些问题的!首先,打开网站的HOME~一、快速检索功能主页上就只看最有用的了!也就是网站的快速检索功能:可以输入lncRNA,疾病名称,生物学功能来实现搜索功能。二、高级检索功能点击主页上的“Search”菜单,出现检索条件。高级检索面板提供了多个选项,可以通过组合不同的关键词,来查询感兴趣的与疾病相关的功能性lncRNA-target调控,包括疾病,功能,药物,lncRNA,靶基因和调控机制。无论使用快速检索或高级检索,最终都

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 我在愁脱单,北大博导却插足本科生,出轨已婚女,同时劈腿数十人? 222天前

    近日,网友@藕色23645发布微博举报称,北京大学国际数学研究中心助理教授、博士生导师冯某杰在和她交往期间,“插足本科生,出轨已婚女,以欺骗方式同时劈腿数十人!”Oh my god!我的妈呀!在芝士君还在纠结买哪个牌子的生发水能在相亲前挽救贫瘠的头顶时,如此暴殄天物的“前辈”究竟是何方神圣?!主人公冯仁杰出生于1983年,本科就读于中国科技大学,获美国约翰霍普金斯大学硕士学位、西北大学博士学位,2015年回国后在北京大学国际数学研究中心任助理教授。图片来源于北京大学国际数学研究中心官网图片来源于网络,侵删而就在上个月,北大还报道了他发表重磅论文的喜讯。图片来自北京大学新闻网除了探讨究竟是道德沦丧还是人性扭曲之外,芝士君最好奇的是——如果是真的,他是怎么做到同时劈腿这么多人不被发现的???爆料

  • Keyanzhishi
    Keyanzhishi  发布了新帖 免疫遇上大样本多组学 222天前

          大家好,今天我们开始跟大家分享一个新的研究模式--------大样本多组学,今天给大家分享的一篇文章是2019年发表在Clinical Cancer Research上的一篇文章,这篇文章主要研究对象是三阴性乳腺癌(TNBC),我们就一起学习一下,如果你有临床病人资源或者你多组学数据,那么这篇文章可以成为你参考的典范,也希望对大家有所帮助。1、首先跟大家说一下这边文章主要回答的是什么问题?主要想研究TNBC微环境的异质性表型是否存在以及是什么基因组事件导致了这种事情的发生,作者收集了386个TNBC病人样本,这个也是目前最大的单中心的TNBC队列样本,样本量大也是文章的一个发点。整篇文章的workflow如下:主要包括三部分首先构建微环境细胞群和聚类,接着是分析外部和内在免疫逃逸

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