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丁香客

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  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 求助:基因环境交互作用 21天前
    请问前辈可以分享一下这类文献吗 感激不尽
  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 ~~单体型和环境交互作用结果已经得到~~~求高手解释~~高处不胜寒~~正宗~~高端技术问题 31天前
    changzhong 看了你的结果,我的理解如下: 1)你有3个SNP,allele 分别是 A/C,G/C, L/V;这三个SNP构成的haplotype及其频率如最后的表所示: Haplotypes:loc.1 loc.2 loc.3 hap.freqgeno.1 A C L 0.093044geno.2 A C V 0.013201 ...... 有一种haplotype 频率最多,称haplo.base, 即最后一行 haplo.base A G L 0.589591,这种haplo.base 作为对照组放在回归模型中。 2)你的glm 回归模型只是包含了haplotype 与BMI, 没有交互作用项: coef se t.stat pval(Intercept) 0.24477
  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 上传:GLM课件(R语言) 32天前
    mark一下~~谢谢楼主
  • dxy_j2fxzpdr
  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 haplo.stats 计算进行单倍体分析,能计算OR吗 32天前
    楼主您好!请问您用过haplo.glm吗 请问这个结果的t值是基于对base的比较而求得的吗
  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 关于挑选tag snps和分析单体型前先做LD分析的困惑 32天前
    dxy_j2fxzpdr ljx456     各位前辈,请教haploview的使用!我自己的snp位点分析,有几个问题: 1.红色区域D’=1,r2都小于0.5,这样的情况算连锁不平衡吗? 可以进一步进行单体型分析吗? 2. 关于单体型分析,rs4与rs5,rs4与rs8, rs5与rs8的D’=1,我把rs4到rs8手动给归成了一个block,我不知道这样对不对? 还是可以把rs6 rs7抠掉,单独rs4/5/8组成block? 3.下图的这个结果又怎么解释呢? 4. 我想做的是SNP或单体型跟某个指标的关系,请问单体型跟这个指标(连续变量)的关系怎么进行分析呢? 您好,我也在纠结自己手动划一个block是不是太没有依据,请问您是怎么解决的呢 请问问题解决了吗
  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 遗传统计学大讨论 32天前
    mark 又学到东西了
  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 Haploview 44天前
    xiaoheitu 1.可以具体说说么,比如我已经做出来那个LD图了,有6个位点,我怎么知道哪几个位点构成一个block(单倍型)呢? 我之前看到一个说明书里提到可以按住拖动自己画出来,但是这个的标准是什么,总不能随便拖吧,还是通过analysis--define blocks--点击confidence intervals、four gemete rule、solid spine of LD、custom这四个键自动生成,我的LD图能生成four gemete rule、solid spine of LD,其他的不能,到底已哪个为准呢? 2.如果划分好了block,是不是点击asssociation--Haplotype就能得到卡方、p值? @ fushenghuimeng 您
  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 连锁不平衡分析 44天前
    get
  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 关于挑选tag snps和分析单体型前先做LD分析的困惑 44天前
    ljx456 各位前辈,请教haploview的使用!我自己的snp位点分析,有几个问题: 1.红色区域D’=1,r2都小于0.5,这样的情况算连锁不平衡吗? 可以进一步进行单体型分析吗? 2. 关于单体型分析,rs4与rs5,rs4与rs8, rs5与rs8的D’=1,我把rs4到rs8手动给归成了一个block,我不知道这样对不对? 还是可以把rs6 rs7抠掉,单独rs4/5/8组成block? 3.下图的这个结果又怎么解释呢? 4. 我想做的是SNP或单体型跟某个指标的关系,请问单体型跟这个指标(连续变量)的关系怎么进行分析呢? 您好,我也在纠结自己手动划一个block是不是太没有依据,请问您是怎么解决的呢
  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 临床试验中用于样本量计算的软件PASS 254天前
    谢谢啦
  • dxy_j2fxzpdr
    dxy_j2fxzpdr  回复了帖子 临床试验中用于样本量计算的软件PASS 254天前
    好的,感谢楼主

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