请问前辈可以分享一下这类文献吗 感激不尽

changzhong 看了你的结果，我的理解如下： 1）你有3个SNP，allele 分别是 A/C，G/C， L/V；这三个SNP构成的haplotype及其频率如最后的表所示： Haplotypes:loc.1 loc.2 loc.3 hap.freqgeno.1 A C L 0.093044geno.2 A C V 0.013201 ...... 有一种haplotype 频率最多，称haplo.base, 即最后一行 haplo.base A G L 0.589591，这种haplo.base 作为对照组放在回归模型中。 2）你的glm 回归模型只是包含了haplotype 与BMI， 没有交互作用项： coef se t.stat pval(Intercept) 0.24477

mark一下~~谢谢楼主

mark 一起学习

楼主您好！请问您用过haplo.glm吗 请问这个结果的t值是基于对base的比较而求得的吗

dxy_j2fxzpdr ljx456     各位前辈，请教haploview的使用！我自己的snp位点分析，有几个问题： 1.红色区域D’=1，r2都小于0.5，这样的情况算连锁不平衡吗？ 可以进一步进行单体型分析吗？ 2. 关于单体型分析，rs4与rs5,rs4与rs8, rs5与rs8的D’=1，我把rs4到rs8手动给归成了一个block，我不知道这样对不对？ 还是可以把rs6 rs7抠掉，单独rs4/5/8组成block? 3.下图的这个结果又怎么解释呢？ 4. 我想做的是SNP或单体型跟某个指标的关系，请问单体型跟这个指标（连续变量）的关系怎么进行分析呢？ 您好，我也在纠结自己手动划一个block是不是太没有依据，请问您是怎么解决的呢 请问问题解决了吗

mark 又学到东西了

xiaoheitu 1.可以具体说说么，比如我已经做出来那个LD图了，有6个位点，我怎么知道哪几个位点构成一个block（单倍型）呢？ 我之前看到一个说明书里提到可以按住拖动自己画出来，但是这个的标准是什么，总不能随便拖吧，还是通过analysis--define blocks--点击confidence intervals、four gemete rule、solid spine of LD、custom这四个键自动生成，我的LD图能生成four gemete rule、solid spine of LD，其他的不能，到底已哪个为准呢？ 2.如果划分好了block，是不是点击asssociation--Haplotype就能得到卡方、p值？ @ fushenghuimeng 您

get

ljx456 各位前辈，请教haploview的使用！我自己的snp位点分析，有几个问题： 1.红色区域D’=1，r2都小于0.5，这样的情况算连锁不平衡吗？ 可以进一步进行单体型分析吗？ 2. 关于单体型分析，rs4与rs5,rs4与rs8, rs5与rs8的D’=1，我把rs4到rs8手动给归成了一个block，我不知道这样对不对？ 还是可以把rs6 rs7抠掉，单独rs4/5/8组成block? 3.下图的这个结果又怎么解释呢？ 4. 我想做的是SNP或单体型跟某个指标的关系，请问单体型跟这个指标（连续变量）的关系怎么进行分析呢？ 您好，我也在纠结自己手动划一个block是不是太没有依据，请问您是怎么解决的呢

谢谢啦

好的，感谢楼主