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    dxy_hfr9i15  发布了新帖 Omicsbean-cancer 在线复现Nature 肝癌蛋白组学分析 280天前

    一. Nature 肝癌蛋白组学文章发现肝癌精准治疗新靶点 近日,国家蛋白质科学中心团队找到了肝癌精准治疗的新靶点SOAT1,这篇肝癌蛋白组学文章发表在国际顶级学术刊物(Nature)上。文章标题为:《蛋白质组学发现早期肝癌新治疗靶点》(Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma)研究团队通过对手术切除的肝细胞癌及配对的癌旁组织进行蛋白组学和磷酸化蛋白组分析,提出早期肝癌的蛋白组学分型方法,并将早期肝癌分为S-I,S-II,S-III三个亚型。其中S-III型中甾醇O-酰基转移酶1(SOAT1)高表达改变了细胞胆固醇,有效的抑制细胞增殖

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    dxy_hfr9i15  发布了新帖 参与上海市第九人民医院口腔医学研究所第一期专家高峰论坛 284天前

    2019年2月27日,我司受邀参加了由上海市第九人民医院口腔医学研究所举办的第一期专家高峰论坛。本期论坛聚焦于肿瘤分子分型和智能诊断技术,刘骁博士代表我司在论坛上重点讲述了我司关于癌症研究的分析平台与助力精准用药和肿瘤机制研究的生物信息可视化分析能力,得到了与会的各位专家、医生、研究院的高度关注。上海市口腔医学研究所陈所长表示,强大的生物信息分析与可视化正式助力医学基础研究的好帮手,希望在以后能与我司展开相关的合作,更好的帮助口腔癌症机制的研究和用药。刘晓博士在会上还与各位研究员以及业内各企业领导一起探讨了技术相关的发展方向。从科研工作者、患者、临床医生三个不同的角度,对生物信息分析技术如何助力癌症研究,用药,临床判断等方面做了解答。参与会议的各位专家、学者、企业家和与会学生都给予了高度的评

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    dxy_hfr9i15  回复了帖子 生物统计助力农作物品系分型 284天前
    一起探讨咨询
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    dxy_hfr9i15  发布了新帖 生物统计助力农作物品系分型 284天前

    明确与抗旱品系好坏相关的因素对于品系分类,改良都有重要意义。淮阴师范的玉米研究团队为了解决这个问题,选择了三种品系,包括不抗旱(B,Lo1016),中等抗旱(A),以及抗旱(G,Lo964 ,Va),并测量了17种指标,见表1。希望能找到能用于明确分类的指标。先通过clustering, PCA两种不同手段对实验指标数据进行分析,得到单一分类指标的可靠性。发现对于NOS而言,无论用哪种算法,都可以非常准确的将6个品系分成3个类别,抗旱,中等抗旱和不抗旱,见图1和图2。图1PCA分析结果图2 clustering  分析结果进一步,我们利用相关性计算,从计算结果中发现NOS和GSNOR这两种酶具有强相关,GSNOR在clustering和PCA分析结果中,也可以准确的进行3组分类,见

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    dxy_hfr9i15  发布了新帖 案例新闻 Omicsbean 助力植物环境胁迫的分子机制研究,文章在EST上发表 287天前

    omicsbean 组学数据分析助力南京大学赵丽娟老师课题组进行植物环境胁迫的分子机制研究,主要研究C60富勒醇增强铜的毒性并改变黄瓜叶片代谢物和蛋白质的分布,发表在Environmental Science & Technology,影响因子6.6分。植物需要应对不利于植物生长和发育的胁迫环境,这些不良的环境包括生物胁迫和非生物胁迫(例如干旱,高温,土壤中有毒金属毒害等)。不同的环境胁迫会引起植物在蛋白表达,代谢和生理性状等方面特异的反应,研究植物感受和响应环境胁迫的分子机制一直是组学科研的热点方向。主要从代谢组和蛋白组两个组学方向来进行机制的研究,蛋白和代谢物差异筛选及差异蛋白的GO注释,KEGG注释,PPI分析等生物信息分析工作是使用软件omicsbean来完成。代谢

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    dxy_hfr9i15  发布了新帖 手术麻醉损伤记忆力的分子机制研究 290天前

    麻醉会影响记忆力?答案是肯定的。在协助南方科技大学的一个课题项目进行分析的过程中,我们通过比较使用异丙酚进行麻醉的老鼠的表达芯片数据,获取了异丙酚作用下,脑海马区的差异表达基因列表,并进行了生物功能富集分析,结果发现,这些基因主要是和神经突触的塑化过程有关,也参与包括大脑皮层发育,学习记忆以及行为形成相关的过程。进一步通过PAS算法,发现这些功能均在麻醉刺激下被抑制,进而造成对记忆力的损伤。客户进而希望知道这些基因是被哪些miRNA调控的,可以进行实验验证,从下列显著相关的生物过程中,我们和客户一起选取了4项进行后续分析通过omicsbean中‘基因找miRNA’功能,我们帮助客户对其关注的7个基因在miRbase v21, mirTarbase, miRanda 2010, miRbase

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    dxy_hfr9i15  发布了新帖 Venn分析高级教程 342天前

    Venn分析是展示多组数据特异点和共同点的主要方法,其上传文件格式和绘制方法在上一期的入门课程《Nature 文章如何用venn图来分析数据》 中已经讲解过。这期主要讲解使用venn分析绘制各种不同组数的venn图,如何合并不同组特异蛋白,如何查看特异蛋白和合并后蛋白的功能。原始数据为6个差异蛋白列表,ID为UniprotID,物种为拟南芥,实验设计为:植物干旱胁迫后1天,2天,4天,8天,16天,32天的样本。数据格式在上一期讲过,将不同时间点的蛋白差异列表上传到omicsbean软件(www.omicsbean.cn,免费账号密码:omicsbean) 上进行不同组数venn分析。两个组进行venn分析,图中括号中的数字表示,两组的数据差异倍数大于cutof

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    dxy_hfr9i15  : Omicsbean(www.omicsbean.cn)生物信息数据分析云平台,影响因子最高的是中国科学院广州生物医药与健康研究院鲍习琛研究团队于2018年3月份发表在NatureMethods(IF=26.9)杂志上的文章Capturing the interactome of newly transcribed RNA(捕获新生的RNA及其相结合分子的技术)。
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    dxy_hfr9i15  推荐了网址 Capturing the interactome of newly transcribed RNA. - PubMed - NCBI 365天前

    文章涉及医学,微生物,农学,中医药等研究领域,包括蛋白组学,转录组学,microRNA,代谢组学,基因组学,多组学整合等方向,总影响因子达到124.147,其中最高影响因子26.9。

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