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丁香客

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  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2019年10月 18天前
    dxy_56l4bw5q 6丁当
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 cytoscape软件求下载 20天前
    宁静32 有没有32bit的版本? http://dxys.com/QyNChE在官网下载安装试一试,区分32/64位吗?如果有区分,系统自动提示无法安装。
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 聚类分析图 25天前
    那就试一试最基本的(分别在RStudio和RGui运行)结果: heatmap.2(datExp1)
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 R语言求助 40天前
    保存为pdf或svg格式,使用AI修改任何一个地方,最后保存为高质量图
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 求miRNA merge的perl脚本,用来合并数据 40天前
    楼主需要合并哪里下载的文件啊?
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 看数据挖掘的网课发纯生信sci靠不靠谱? 42天前
    是真的 多久能上手看自己投入的精力 能否发表SCI看个人能力(构思、写作、投稿技巧)
  • 2017-8-17
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 求解决RStudio加载TCGAbiolinks问题 42天前
    没有问题啊,可以用的
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 请问哪里能下载GWAS summary的数据? 50天前
    楼主在这里http://dxys.com/BkOFpN找找试一下
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 审稿人问题求助 50天前
    个人理解:如果单纯只有这句话的话,需要描述对照样本的详细分类情况,例如control sample总数、来源位置(癌旁组织?)、性别、年龄等等信息,可以以Supplementary materials形式添加。
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 R语言处理Fasta文件 56天前
    R可以的,参考高山主编的《R语言与Bioconductor生物信息学应用》中对应内容
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 求助,请问最后DAVID做出KEGG通路下载图时,怎么保存​*号 56天前
    星号保存不了就进行图片后期的处理,自己加上去
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 小白求助 56天前
    抛砖引玉:以Matrigel体外血管生成实验为例。 1、以研究肿瘤为例:无论原发性肿瘤还是继发性肿瘤,一旦生长直径超过1~2 mm,都会有血管生成。因此,Matrigel体外血管生成实验能很好的模拟肿瘤的血管发生过程,并且适合研究某药物对这一过程的影响。 2、在进行实验时通常选用的细胞模型为人脐静脉内皮细胞(HUVECs),而不是直接采用静脉血管内皮细胞或动脉血管内皮细胞。原因是脐静脉内皮细胞具有干细胞的潜能,理论上可以传代50-60次。 3、Matrigel的主要成分有层粘连蛋白、Ⅳ型胶原、巢蛋白、硫酸肝素糖蛋白,还包含生长因子和基质金属蛋白酶等。Matrigel聚合形成具有生物学活性的三维基质,模拟体内细胞基底膜的结构、组成、物理特性和功能,有利于体外细胞的培养和分化,可用于对细胞形态、
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 GEO数据挖掘求助 57天前
    CEL文件存储位置没有给出,默认是当前路径。 可以把celfile.path='CEL'改为存储CEL文件的位置试试,例如celfile.path='E:/lunwen/CEL'
  • 2017-8-17
    2017-8-17  的帖子被加了1分 65天前

    回复:求助cytoscape中应用Mcode绘图时,为什么会出现那么多核心基因

    1、cytoscape中的select 选项中的first neighbers of selected nodes income及outgoing有什么区别,我也不清楚,没有用过。 2、string导出的tsv文件输入cytoscape后,默认是同一个颜色,要改变上调基因、下调基...
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 求助cytoscape中应用Mcode绘图时,为什么会出现那么多核心基因 65天前
    1、cytoscape中的select 选项中的first neighbers of selected nodes income及outgoing有什么区别,我也不清楚,没有用过。 2、string导出的tsv文件输入cytoscape后,默认是同一个颜色,要改变上调基因、下调基因的颜色就需要像二楼回复中红色字体内容,在原先输出结果基础上在cytoscape再输入新建的属性文件。新建这个excel有个技巧:差异基因文件用excel打开,对logFC筛选大于1的基因(上调基因,这个1是根据筛选差异基因定的标准,可以变动),另建excel复制粘贴基因名称,第二列属性标记为1;同理,logFC筛选小于-1的基因复制粘贴基因名称,第二列属性标记为0(下调基因)。注意问题:tsv文件中可能有个别基因名
  • 2017-8-17
    2017-8-17  的帖子被加了1分 75天前

    回复:求助cytoscape中应用Mcode绘图时,为什么会出现那么多核心基因

    1、发表文章用的cytoscape绘制蛋白质互作图时需要注意一个问题:保存下来的图片能够看清楚基因名称,所以基因数量不能太多(可以通过差异基因的校正p值和logFC的标准来调整差异基因数量); 2、Hub gene筛选时候,可以选择cytoHubba插件进行筛选,里面有12种算法...
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 cbioprotal网站打不开!!!!! 75天前
    那就等等几天,网站出问题了吧;不想等就换个分析网站就行啦
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 求助cytoscape中应用Mcode绘图时,为什么会出现那么多核心基因 75天前
    应用MCODE分析时,我认为关注的是前三个左右的cluster,以及每个cluster的seed node
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 求助cytoscape中应用Mcode绘图时,为什么会出现那么多核心基因 75天前
    1、发表文章用的cytoscape绘制蛋白质互作图时需要注意一个问题:保存下来的图片能够看清楚基因名称,所以基因数量不能太多(可以通过差异基因的校正p值和logFC的标准来调整差异基因数量); 2、Hub gene筛选时候,可以选择cytoHubba插件进行筛选,里面有12种算法选择,可以任选一个进行,例如选择Degree算法,然后进行得分指标的排序,这个时候Hub gene数量时由你自己来定,选择score大于10时有20个基因,那你可以选score大于15,这个时候Hub gene数量自然下降啦;方法二:先分别使用12种算法筛选Hub gene,再取它们的交集基因当作最终的Hub gene,这个时候Hub gene数量自然就下降啦; 3、上调和下调基因分别用不同的颜色展示方法:(cyto

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