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丁香客

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更多 最新动态

  • davexu
    davexu  的帖子被加了1分 57天前

    回复:R语言系列第一期(番外篇):R的6个对象

    这种定义,很奇怪。编程语言一般有两种概念:数据结构和数据类型。数据结构是指数据以什么样的方式存储。是向量,列表,还是其他。数据类型,指的是是什么数据。是整数,小数,还是字符,因子?在R语言中,向量,矩阵,数组,数据框,列表,都属于常见的数据结构。因子,属于数据类型,可以用向量、矩...
  • davexu
    davexu  的帖子被加了1分 61天前

    回复:如何比较不同生物学重复中的reads?

    1.看文献,别人怎么做。2.一般性质的做法,可以先比对,然后找到RNA counts,通常可以用pearson 或者 spearman 相关系数,看看两个样本之间的一致性如何。如果有多对样本,还可以用PCA,聚类(heatmap呈现)等方式去比较。如果目的不是比较差异,而是下游分...
  • davexu
    davexu  的帖子被加了1分 61天前

    回复:r语言包如何加载

    在Rstudio里面,用 install.packages("ggplot2"),应该可以一劳永逸,解决ggplot,gplot等部分画图包的安装。在这之前,最好选择global option ,更改包位置的镜像。选择网速好的国内镜像
  • davexu
    davexu  回复了帖子 R语言求助 175天前
    read.table 会把一些特殊字符之后的东西都当做注释,不读进去,并不知道是不是这个问题。不过可以尝试 添加参数skip=1,不读header,再试试看。
  • davexu
    davexu  回复了帖子 R语言火山图求助,xlim值不能是无限的是啥意思,如何解决,求大神指导 175天前
    看一下这些基因的原始read count,太少就应该被过滤掉。
  • davexu
    davexu  的帖子被加了1分 177天前

    回复:求大神们指教!在linux中打不开igv,感谢。

    缺乏X11,也就图形化界面的插件。搞一个xming就好了。
  • davexu
    davexu  回复了帖子 求大神们指教!在linux中打不开igv,感谢。 178天前
    缺乏X11,也就图形化界面的插件。搞一个xming就好了。
  • davexu
    davexu  回复了帖子 R语言火山图求助,xlim值不能是无限的是啥意思,如何解决,求大神指导 178天前
    你的logfc可能有正无穷,就是-log(0),这种情况的原因可能是你的处理组/非处理组,某个基因重复的样本rpkm都是0导致的。
  • davexu
    davexu  回复了帖子 R语言求助 178天前
    可能是输入文件格式的问题。你可以把前两行单独拿出来看看有什么问题。
  • davexu
    davexu  发布了新帖 求助一篇文章的SCI检索号 179天前

    年底了,要各种统计boss文章信息。求助一篇文章的SCI检索号(UT ISI)。因为没有ISC的权限,所以查不了,求好心人帮忙~~Histone Variant H2A.Z Is Required for the Maintenance of Smooth Muscle Cell Identity as Revealed by Single-Cell Transcriptomics

  • davexu
    davexu  回复了帖子 利用R中的meta包实现meta分析(代码及结果解释) 1605天前
    你好。 我用命令res <- metabin(a1,a2,b1,b2,sm="OR") 得到了res。但是在res中,我并没有看到 OR值 以及95%CI 储存到哪个变量里面。而用foreat画图的时候,发现这几个值是画到了图里。我不想一个个将OR以及...
  • davexu
    davexu  加入了调查派 1708天前
  • davexu
    davexu  发布了新帖 COX 模型校正对表型数据校正 1877天前

    求助 我研究的是华法林药效和基因型的关系。现在我手里有很多例病人的snp数据,这些病人的表型数据,包括使用华法林之后是否会出血(一段时间内)、病人是否有高血压、糖尿病等病症,病人是否使用过PPI等药物。由于我想找到的是和华法林代谢相关的snp,由于一些表型,比如说使用PPI,会增...

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