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【公告】用ImageJ走遍天下

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【讨论】诸位同仁做(English)presentation的经验

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【专题】闲话美国与德国PhD的申请

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  • anemia
    anemia  加入了调查派 929天前
  • anemia
    anemia  的帖子被加了1分 1019天前

    回复:【方法】Timm染色

    haowang7204 wrote:anemia老师,想请教一下Calbindin做组化有什么注意事项吗?我想标记海马齿状回颗粒细胞,一直做不出来,但同一个孔做的小脑浦肯野细胞染得很清楚,非常的费解!基本步骤:40um冰冻切片;一抗:sigma 1:500 40 二抗:Alexa...
  • anemia
  • anemia
    anemia  回复了帖子 山东大学神经生物学所长陈哲宇贪污被抓 1189天前
    我只能说,事情不是那么简单。
  • anemia
    anemia  的帖子被加了1分 1464天前

    回复:【方法经验】ImageJ测量Golgi-stain神经元树突长度、分支数的使用方法

    风中啸 这两天学习了一下NeuronStudio,现在遇到了一些问题想请教anemia老师,这个软件可以分析普通高尔基染色在显微镜下拍的照片吗?好像这个是分析共聚焦图片或荧光的。我是哪里参数没设置好还是图片质量问题,根本就没法自动追踪树突轨迹,手动也用不了啊。这里有我拍的照片:...
  • anemia
    anemia  的帖子被加了1分 1464天前

    回复:【方法经验】ImageJ测量Golgi-stain神经元树突长度、分支数的使用方法

    风中啸 @anemia老师,我按您的方法合成了动态Z轴图片,但是NeuronJ貌似不支持image stack啊,请问您是怎么解决这个问题的? NeuroJ是不行的。学学NeuronStudio吧!这个软件你将来做共聚焦或者双光子,分析树突棘3D结构还是很不错的。NeuroSt...
  • anemia
    anemia  的帖子被加了1分 1464天前

    回复:【方法经验】ImageJ测量Golgi-stain神经元树突长度、分支数的使用方法

    又看了一眼你的重构图,感觉底树突并没有重建完全。原因还是在于你用了一张图片,而不是z轴系列图片。拍z轴系列图片,如果实验室能有个电动z轴移动载物台当然更好。没有的话,结合手动微调和摄像头拍图。也就是,找到神经元的最上端,拍一张图片,随后轻轻旋一下载物台旋钮,拍一张图片,再轻轻旋一...
  • anemia
    anemia  的帖子被加了2分 1464天前

    回复:【方法经验】ImageJ测量Golgi-stain神经元树突长度、分支数的使用方法

    风中啸 最近在摸索高尔基染色神经元统计方法,有好多战友推荐ImageJ,就花时间学习了一下。园子里关于imagej的使用方法介绍的很少,所以把我总结的办法贴出来。我拍的片子成像效果不是很好,图片2D重建也是还需要摸索的,不足之处还望指点。 ImageJ测量Golgi-stain神...
  • anemia
    anemia  回复了帖子 ImageJ测量Golgi-stain神经元树突长度、分支数的使用方法 1464天前
    不是软件的问题,是你的选项不对。 应该是:Image--Stacks--Z project,然后projection type选sum slices,不要选其他。另外,如果细节不足,你可以先把每张图片亮度对比度调整一下,再合并。
  • anemia
    anemia  回复了帖子 ImageJ测量Golgi-stain神经元树突长度、分支数的使用方法 1464天前
    可以的。你要把Z轴图片用ImageJ压成一张8-bit的TIFF(比如把你拍的图片用File--Import--Image Sequence,然后save as TIFF),导入到NeuronStudio。如果跟踪不了,那就要把图片在ImageJ里先反转一下(Edit--Inve...
  • anemia
    anemia  回复了帖子 ImageJ测量Golgi-stain神经元树突长度、分支数的使用方法 1467天前
    NeuroJ是不行的。学学NeuronStudio吧!这个软件你将来做共聚焦或者双光子,分析树突棘3D结构还是很不错的。NeuroStudio网站上有很详细的说明。另外附上一篇文献参考。
  • anemia
    anemia  的帖子被加了1分 1503天前

    回复:【求助】神经元结构

    黑夜里那点蓝和Samoz给出的全是错误的答案,怎么居然成了满意答案?!在这张图里,由于你拍的是CA1b区,朝下的是apical dendrites(也就是朝向齿状回方向),朝上的才是basal dendrites。整个海马区锥体神经元的顶树突是朝向“内”生长的,底树突是朝向“外”...
  • anemia
    anemia  的帖子被加了1分 1503天前

    回复:【求助】神经元结构

    给各位同学出几个名词解释题。这些名词很遗憾在经典教科书里都没有太明确的说明。apical vs. basal dendritesmain vs. oblique dendritestuft dendritesdendritic spinesstratum oriens/pyram...
  • anemia
    anemia  的帖子被加了1分 1503天前

    回复:【求助】神经元结构

    闵丁香1989 在此非常感谢anemia老师的指导,让大家都受益匪浅。同时也谢谢其他一起参与讨论的同行。对于给黑夜里那点蓝和Samoz两位满意答案,是因为当时悬赏到期,这两位优先回答了这个问题,虽然与正确答案有所出入,但是谢谢他们参与解答问题,就把叮当给二位了。希望这个不要误导大...
  • anemia
    anemia  回复了帖子 神经元结构 1503天前
    悬赏的事情能理解, 谢谢闵丁香同学能把这样的问题提出来供大家思考。其实好多这类小问题在教科书都没有详细的说明,大多靠实验和阅读积累。希望大家能借此帖对神经元的结构有所认识,老师们其实也有必要在授课里适当补充这些内容。比如,很多教科书里兴奋性神经元的树突都是光溜溜的,没有画树突...
  • anemia
    anemia  回复了帖子 ImageJ测量Golgi-stain神经元树突长度、分支数的使用方法 1513天前
    又看了一眼你的重构图,感觉底树突并没有重建完全。原因还是在于你用了一张图片,而不是z轴系列图片。 拍z轴系列图片,如果实验室能有个电动z轴移动载物台当然更好。没有的话,结合手动微调和摄像头拍图。也就是,找到神经元的最上端,拍一张图片,随后轻轻旋一下载物台旋钮,拍一张图片,再轻轻...
  • anemia
    anemia  回复了帖子 ImageJ测量Golgi-stain神经元树突长度、分支数的使用方法 1513天前
    总结的非常好!我们鼓励这样的交流与分享,希望同学们好好学习。 我看了一下,根据你树突长度的测量,我觉得方法基本上是正确的。补充几点: 1. 顶树突与底树突最好分别分析。需要的话再取两者之和。 2. 你分析这个示例神经元只用了一张图片。这张片子应该是在20倍下拍摄的,镜头数值孔...
  • anemia
    anemia  回复了帖子 神经元结构 1514天前
    给各位同学出几个名词解释题。这些名词很遗憾在经典教科书里都没有太明确的说明。 apical vs. basal dendrites main vs. oblique dendrites tuft dendritesdendritic spine stratum oriens/...
  • anemia
    anemia  回复了帖子 神经元结构 1514天前
    黑夜里那点蓝和Samoz给出的全是错误的答案,怎么居然成了满意答案? 朝下的是apical dendrites,朝上的是basal dendrites。因为你拍的是CA1区,整个海马区锥体神经元的顶树突是朝向“内”生长的,底树突是朝向“外”生长的。这是因为海马作为一个古皮质在进...
  • anemia

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