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丁香客

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  • Bio_ww
    Bio_ww  发布了新帖 二甲双胍如何走上神坛的 3天前

             二甲双胍的最初来源,其实是一种草药山羊豆(Galega officinalis)。它们是原产于欧洲的豆科植物,也被称为法国丁香。早在中世纪,人们就发现这种植物有缓解尿频,减少尿糖的作用。而尿频和尿糖正是糖尿病的典型症状。所以说山羊豆很早就在民间偏方中被用于治疗糖尿病了,即便那时候人类还未真正认识糖尿病及其病理。          1918年,科学家在分析了这种牧草的化学成分后就发现,这些胍类物质有着降糖作用。其中,山羊豆碱(galegine,异戊烯胍)效果是最为惊人,有望用于治疗糖尿病的。但碍于其同样惊人毒性,这种药物是无法在临床中被使用,不过,科学家有办法解决——调整山羊豆碱的化学结构。就在有机化学家的一番分子改造下,二甲双胍于1922年首次被合成出来的。       

  • Bio_ww
    Bio_ww  发布了新帖 β淀粉样蛋白假说再次受到挑战 4天前

              关于阿尔茨海默病的病因解释,β淀粉样蛋白(Aβ)假说一直是过去几十年来最重要,也是接受实验检验最多的理论。然而,基于这一假说的在研疗法纷纷在临床试验中“折戟沉沙”,这让研究人员们不断反思,对“β淀粉样蛋白”的理解是不是错了 。          前不久我也讨论过这个话题(感觉证据乏力,帖子被删了),没想到这么快就有文章证据证明这观点。        这文章是近期新发表在《神经病学》上,该研究再次引起了对该假说的探讨:“β淀粉样蛋白”可能不是疾病诱因,而是疾病发展的一种结果表现。        研究团队来自加州大学圣地亚哥分校(UCSD)医学院,自2003年来,他们一直参与了“阿尔茨海默病神经成像计划”,关注与阿尔茨海默病相关的病理生理变化,以探索可以改善疾病早期诊断的方法

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    Bio_ww  回复了帖子 (交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力) 4天前
    nature子刊:纤维缺乏的饮食扰乱了小鼠结肠微生物组的精细空间结构          常规的肠菌挖掘仍大有潜力,若无思路,可参考这篇文章。          这篇文章建构于已知的基础上——肠菌微生物有空间差异,作者研究方向非常普通,研究手段也没有很高大上,但作者做得非常精细,论证非常严密,最后成功发表在IF 11.8的nature子刊上。https://dxy.me/1K42KF
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    Bio_ww  回复了帖子 肠道菌群最新信息分享【重起擂台】 4天前
    nature子刊:纤维缺乏的饮食扰乱了小鼠结肠微生物组的精细空间结构(A fiber-deprived diet disturbs the fine-scale spatial architecture of the murine colon microbiome)          前些日子我一直在思考:在肠菌研究泛滥的今天,肠菌研究还有什么新意可挖掘。结果今天就看到这篇文章。此文不是研究重大的疾病,没用到如单细胞测序这类很新的研究方法,都是普通的手段如宏基因组,代谢组学,却发在nature子刊上,下面我们一起研究作者的出奇制胜的思路吧。。。
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    Bio_ww  的帖子被加了1分 4天前

    如何选择肠道菌群的研究手段(一)——多样性16S测序 【肠菌研究方法系列讲解】

            肠道菌群聊了好久了,关于它的研究方法——多样性(16S测序)、宏基因组(Metagenome)、宏转录组(Metatranscriptome)、宏蛋白组(Metaproteomics)、宏代谢组学,这些名词每天都会...
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    Bio_ww  发布了新帖 常见的机制研究手段 4天前

            前面讲过各种研究手段,如基因组学、蛋白组学和蛋白组学,以及肠道菌群的研究,最后都少不了机制研究的过程,那么常见的有那些验证方法呢?本贴将逐一介绍。       首先说一下验证的思路,主要就两条(2和3):(正向)验证通路关键节点的相关性(正向)通路上某节点被干扰后,其后所有节点受到影响(反向)通路上某节点被阻断后,其后所有节点受到影响        为什么是这样?辩证思维,因为思路1只是机制的猜想。关于思路一的研究手段很多,比如IHC(IF)、WB、qPCR等,相信这些经典手段大家都熟悉了。这里主要聊聊验证思路2和思路3。       先说说思路3吧,通过一些蛋白抑制剂,如c-Myc  inhibitor KSI-3716,抑制通路上的关键蛋白合成,从而使这条通路被打断。目前

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    Bio_ww  的帖子被加了1分 5天前

    如何选择肠道菌群的研究手段(三)——宏转录组 【肠菌研究方法系列讲解】

    宏转录组         宏转录组(Metatranscriptome):生态环境中全部微小生物的mRNA合集。很多流程与功能上,与宏基因组相似,只是在RNA分子水平上,并且过滤掉16Sr RNA等不翻译的RNA。  &...
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    Bio_ww  的帖子被加了1分 5天前

    回复:(交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力)

    小鼠肠道微生物生物库(mGMB)       这是一个新鲜出炉的样品库,是中国中科院微生物所建立的。详情见今年刚在nature子刊发表的文章。           谈到这个数据库,...
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    Bio_ww  的帖子被加了2分 5天前

    (交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力)

    申明       本贴为学术交流贴,所有内容均围绕肠道菌群展开,一切与肠菌无关的帖子均不作答!         本贴仅限学术交流,不准任何商家发布任何广告信息,创造一个干净的探讨学术的净土!...
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    Bio_ww  的帖子被加了1分 5天前

    (交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力)

    申明       本贴为学术交流贴,所有内容均围绕肠道菌群展开,一切与肠菌无关的帖子均不作答!         本贴仅限学术交流,不准任何商家发布任何广告信息,创造一个干净的探讨学术的净土!...
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    Bio_ww  的帖子被加了1分 5天前

    回复:(交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题

    weihayi 请教一个问题:如果是准备做胰腺炎这个疾病,但是胰腺炎的患者都有肠麻痹,入院的时候不能很快解出粪便,但是很快又用了抗生素,请问你有这方面的经验吗?能否通过灌肠的留取标本那?如果取样困难,只能采取这种特殊方法。需要注意的是,我们需要采集服抗生素前的粪便。因为服抗生素后...
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    Bio_ww  的帖子被加了1分 5天前

    回复:(交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题

    肠菌的两种研究方法       我们研究肠菌功能有2种方式:比较不同处理(或疾病组)肠菌的组成差异(16S);分离培养一种菌,对功能进行透彻的研究(基因测序,基因突变)     以前讲的16S,宏基因组,代谢组...
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    Bio_ww  的帖子被加了1分 5天前

    (交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力)

    申明       本贴为学术交流贴,所有内容均围绕肠道菌群展开,一切与肠菌无关的帖子均不作答!         本贴仅限学术交流,不准任何商家发布任何广告信息,创造一个干净的探讨学术的净土!...
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    Bio_ww  发布了新帖 有待挖掘的“铁死亡” 6天前

           细胞有很多种死亡方式,包括凋亡、自噬和坏死等。相信“铁死亡”这种新的细胞死亡方式了解的人不多,我也是刚听说的。       铁死亡(ferroptosis)有以下几个特点:细胞死亡过程中伴随着大量的铁离子的累积,同时还会出现脂质过氧化;在细胞的细微结构中,会出现比正常细胞小的线粒体,且线粒体膜皱缩,同时线粒体嵴减少、消失,外膜破碎。       这种死亡形式在2012年由Dr. Brent R Stockwell实验室首次发现,之后慢慢进入普通研究者的视野。本次主要依据Cell2017年10月的综述—“Ferroptosis: A Regulated Cell Death Nexus Linking Metabolism, Redox Biology, and Disease

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    Bio_ww  回复了帖子 (交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力) 6天前
    小鼠肠道微生物生物库(mGMB)       这是一个新鲜出炉的样品库,是中国中科院微生物所建立的。详情见今年刚在nature子刊发表的文章。           谈到这个数据库,不能不与前辈miBC做比较。第一个小鼠肠道细菌收集物(miBC)包含76种培养的细菌种类。mGMB的构建通过将物种数从76种增加到180种,将属数从48种增加到110种,极大地扩展了培养的小鼠肠道微生物库。mGMB和miBC重叠由22种细菌组成。仅构建的mGMB贡献了104个独特物种,包括77个新物种和43个新属。         该研究报告的小鼠肠道微生物生物库(mGMB)的构建包含126种,由244株菌株代表,这些菌株已保存在中国通用微生物培养物保藏中心。对77种潜在的新物种进行测序和表型鉴定,并提出其命名法。
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    Bio_ww  加入了调查派 9天前
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    Bio_ww  回复了帖子 2019年(代谢组学+肠道菌群)总结 13天前
    中药研究总结          接触中药研究非常久了,但步入佳境却是最近的事,因为刚学习了一门新的研究手段——代谢组学,它的技术谈不上新,仅比色谱分析多了一个质谱的步骤。但让我成长的正是代谢组学这种思维方式——网状发散思维,不管是从成分起步,还是从疾病切入,“入口处”都是中药研究网络中的一个“结点”,而起点和终点的“结点”都清晰地摆在网上,研究方法就是通过其中的节点,把它们连起来即可。        今天借年终总结机会,把中药研究的方法做一下总结。         首先是中药的成分鉴定方法,方法很多,比如色谱,色谱质谱联用,以及其他的手段进行测定。另外有些中药数据库,已经把中药成分鉴定结果做了整理,方便后来者直接调用。         (中药单方数据库已经成熟了,但是中药复方仍有诸多难点) 
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    Bio_ww  回复了帖子 中药药理研究的利器——网络药理学(请多支持点赞) 16天前
    KEGG数据库介绍          KEGG数据库在代谢组学中有举足轻重的位置,这里不得不把它介绍一下。         KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是由日本京都大学和东京大学联合开发的数据库,可以用来查询代谢途径、酶(或编码酶的基因)、产物等,也可以通过BLAST 比对查询未知序列的代谢途径信息。       KEGG 的网址是http://dxys.com/n1kE1D,界面小清新,使用很是方便。        未完待续。。。。。。。。。
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    Bio_ww  发布了新帖 2019年代谢组学总结 17天前

    代谢组学总结        前面说过很多代谢组学的概念和研究方法,今天做一个总结。       首先,代谢组学从研究目的上可分两类:单纯物质鉴定(如找疾病biomarker,植物某些成分鉴定,中药成分鉴定);借助代谢组学手段和生物系统学网络,进行机制研究。(如通过血清中TMAO的异常,逐步挖掘出TMAO怎样使心血管疾病发生的)     过去一年里,我们读过不少肠菌的文章,都能发现最后都有代谢组学部分;而2019年国自然中标项目,金额达37.2亿,远超外泌体等。那么假设我们都是外行,想利用代谢组学进行机制研究,需要做些什么准备工作呢?     首先需要系统生物学思想和粗浅的生信基础。代谢组学不像蛋白组学,一个蛋白的功能是固定单一的,但代谢组学不是,是可能是几种蛋白的产物或底物,需要从“线状思维

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    Bio_ww  回复了帖子 肠道菌群最新信息分享【重起擂台】 18天前
    幽门螺杆菌相关菌群失调与胃癌的关联Effect of Helicobacter pylori on gastrointestinal microbiota: a population-based study in Linqu, a high-risk area of gastric cancerGut    [IF:17.943]2019-12-19          对临床科研工作者来说,肠道菌群是最好的额研究手段之一,这不,北大肿瘤医院,通过对胃癌患者的治疗发现幽门螺杆菌(Hp)与胃癌的关联。研究思路及结果:收集58名Hp根除治疗成功、57名Hp根除治疗失败及48名Hp阴性受试者的胃活检样本及粪便样本;根除治疗成功组相比治疗之前,胃部菌群的丰富度及shannon指数得到显著提升;并导致1

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