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丁香客

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  • Bio_ww
    Bio_ww  回复了帖子 中药会是抗2019-nCoV的特效药吗? 139天前
    中药和草药是一回事,不过中药还讲究一个炮制方法,方法不同最终得到的成分有差异的。中药和中医都是神通广大,表面看都像伪科学,仔细研究下去都是“量子纠缠”,深不见底。对中医我一直也很崇敬和乐观的,其研究探索方法一直带挖掘。
  • Bio_ww
    Bio_ww  回复了帖子 中药会是抗2019-nCoV的特效药吗? 139天前
     文章写得粗糙。不过我对中药的功能真是越来越看好了。好多潜能可以挖掘,研究方向也很多。
  • Bio_ww
    Bio_ww  回复了帖子 基因编辑技术CRISPR-Cas9简介 139天前
    可以的,如果是针对性的目的基因突变的话。现在很多表型筛选方法是重测序,通过测序就能进行表型筛选。
  • Bio_ww
    Bio_ww  发布了新帖 中药会是抗2019-nCoV的特效药吗? 145天前

    中药抗病毒的原理猜想           我们对中药抗病毒一直深信不疑,但对于其原理,我们通常的解释就是:补充自身精力,提升免疫抵抗力。但是我认为除了这一条,还有一个很重要的作用被我们忽视了,那就是——中药自身具有抗病毒的潜力。          如果回想一下肿瘤免疫的原理,大家或许对我这个观点不会太陌生。所有蛋白与蛋白相互作用,都是其空间结构的互作,这种空间结构既能被自身的作用,也能被外来蛋白作用,我们很多肿瘤疫苗就是用的这个原理。如以前聊过的PD-1抑制剂(见下帖:漫谈肿瘤免疫疗法——PD-1抑制剂进展与困境),其实就是人工合成的T细胞表蛋白PD-1的封闭蛋白,它与PD-1结合后,肿瘤细胞就失去了识别和影响T细胞的能力。          回到中药抗病毒的原理上,我们都知道中药的成分很复

  • Bio_ww
    Bio_ww  回复了帖子 中药药理研究的利器——网络药理学(请点赞助力) 147天前
    这两个数据库都是学校自建的,可能放假了没开放,也有可能是你网络不支持。你可以现在其他数据库检索看看,如果还有问题可加我微信,在简介中可查到。
  • Bio_ww
    Bio_ww  回复了帖子 (交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力) 174天前
    nature子刊:纤维缺乏的饮食扰乱了小鼠结肠微生物组的精细空间结构          常规的肠菌挖掘仍大有潜力,若无思路,可参考这篇文章。          这篇文章建构于已知的基础上——肠菌微生物有空间差异,作者研究方向非常普通,研究手段也没有很高大上,但作者做得非常精细,论证非常严密,最后成功发表在IF 11.8的nature子刊上。https://dxy.me/1K42KF
  • Bio_ww
    Bio_ww  回复了帖子 肠道菌群最新信息分享【重起擂台】 174天前
    nature子刊:纤维缺乏的饮食扰乱了小鼠结肠微生物组的精细空间结构(A fiber-deprived diet disturbs the fine-scale spatial architecture of the murine colon microbiome)          前些日子我一直在思考:在肠菌研究泛滥的今天,肠菌研究还有什么新意可挖掘。结果今天就看到这篇文章。此文不是研究重大的疾病,没用到如单细胞测序这类很新的研究方法,都是普通的手段如宏基因组,代谢组学,却发在nature子刊上,下面我们一起研究作者的出奇制胜的思路吧。。。
  • Bio_ww
    Bio_ww  的帖子被加了1分 174天前

    如何选择肠道菌群的研究手段(一)——多样性16S测序 【肠菌研究方法系列讲解】

            肠道菌群聊了好久了,关于它的研究方法——多样性(16S测序)、宏基因组(Metagenome)、宏转录组(Metatranscriptome)、宏蛋白组(Metaproteomics)、宏代谢组学,这些名词每天都会...
  • Bio_ww
    Bio_ww  的帖子被加了1分 175天前

    如何选择肠道菌群的研究手段(三)——宏转录组 【肠菌研究方法系列讲解】

    宏转录组         宏转录组(Metatranscriptome):生态环境中全部微小生物的mRNA合集。很多流程与功能上,与宏基因组相似,只是在RNA分子水平上,并且过滤掉16Sr RNA等不翻译的RNA。  &...
  • Bio_ww
    Bio_ww  的帖子被加了1分 175天前

    回复:(交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力)

    小鼠肠道微生物生物库(mGMB)       这是一个新鲜出炉的样品库,是中国中科院微生物所建立的。详情见今年刚在nature子刊发表的文章。           谈到这个数据库,...
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    Bio_ww  的帖子被加了2分 175天前

    (交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力)

    申明       本贴为学术交流贴,所有内容均围绕肠道菌群展开,一切与肠菌无关的帖子均不作答!         本贴仅限学术交流,不准任何商家发布任何广告信息,创造一个干净的探讨学术的净土!...
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    Bio_ww  的帖子被加了1分 175天前

    (交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力)

    申明       本贴为学术交流贴,所有内容均围绕肠道菌群展开,一切与肠菌无关的帖子均不作答!         本贴仅限学术交流,不准任何商家发布任何广告信息,创造一个干净的探讨学术的净土!...
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    Bio_ww  的帖子被加了1分 175天前

    回复:(交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题

    weihayi 请教一个问题:如果是准备做胰腺炎这个疾病,但是胰腺炎的患者都有肠麻痹,入院的时候不能很快解出粪便,但是很快又用了抗生素,请问你有这方面的经验吗?能否通过灌肠的留取标本那?如果取样困难,只能采取这种特殊方法。需要注意的是,我们需要采集服抗生素前的粪便。因为服抗生素后...
  • Bio_ww
    Bio_ww  的帖子被加了1分 175天前

    回复:(交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题

    肠菌的两种研究方法       我们研究肠菌功能有2种方式:比较不同处理(或疾病组)肠菌的组成差异(16S);分离培养一种菌,对功能进行透彻的研究(基因测序,基因突变)     以前讲的16S,宏基因组,代谢组...
  • Bio_ww
    Bio_ww  的帖子被加了1分 175天前

    (交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力)

    申明       本贴为学术交流贴,所有内容均围绕肠道菌群展开,一切与肠菌无关的帖子均不作答!         本贴仅限学术交流,不准任何商家发布任何广告信息,创造一个干净的探讨学术的净土!...
  • Bio_ww
    Bio_ww  发布了新帖 有待挖掘的“铁死亡” 176天前

           细胞有很多种死亡方式,包括凋亡、自噬和坏死等。相信“铁死亡”这种新的细胞死亡方式了解的人不多,我也是刚听说的。       铁死亡(ferroptosis)有以下几个特点:细胞死亡过程中伴随着大量的铁离子的累积,同时还会出现脂质过氧化;在细胞的细微结构中,会出现比正常细胞小的线粒体,且线粒体膜皱缩,同时线粒体嵴减少、消失,外膜破碎。       这种死亡形式在2012年由Dr. Brent R Stockwell实验室首次发现,之后慢慢进入普通研究者的视野。本次主要依据Cell2017年10月的综述—“Ferroptosis: A Regulated Cell Death Nexus Linking Metabolism, Redox Biology, and Disease

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    Bio_ww  回复了帖子 (交流贴)盘点肠道菌群研究中遇到的问题 (请点赞助力) 176天前
    小鼠肠道微生物生物库(mGMB)       这是一个新鲜出炉的样品库,是中国中科院微生物所建立的。详情见今年刚在nature子刊发表的文章。           谈到这个数据库,不能不与前辈miBC做比较。第一个小鼠肠道细菌收集物(miBC)包含76种培养的细菌种类。mGMB的构建通过将物种数从76种增加到180种,将属数从48种增加到110种,极大地扩展了培养的小鼠肠道微生物库。mGMB和miBC重叠由22种细菌组成。仅构建的mGMB贡献了104个独特物种,包括77个新物种和43个新属。         该研究报告的小鼠肠道微生物生物库(mGMB)的构建包含126种,由244株菌株代表,这些菌株已保存在中国通用微生物培养物保藏中心。对77种潜在的新物种进行测序和表型鉴定,并提出其命名法。
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    Bio_ww  加入了调查派 179天前
  • Bio_ww
    Bio_ww  回复了帖子 2019年(代谢组学+肠道菌群)总结 184天前
    中药研究总结          接触中药研究非常久了,但步入佳境却是最近的事,因为刚学习了一门新的研究手段——代谢组学,它的技术谈不上新,仅比色谱分析多了一个质谱的步骤。但让我成长的正是代谢组学这种思维方式——网状发散思维,不管是从成分起步,还是从疾病切入,“入口处”都是中药研究网络中的一个“结点”,而起点和终点的“结点”都清晰地摆在网上,研究方法就是通过其中的节点,把它们连起来即可。        今天借年终总结机会,把中药研究的方法做一下总结。         首先是中药的成分鉴定方法,方法很多,比如色谱,色谱质谱联用,以及其他的手段进行测定。另外有些中药数据库,已经把中药成分鉴定结果做了整理,方便后来者直接调用。         (中药单方数据库已经成熟了,但是中药复方仍有诸多难点) 
  • Bio_ww
    Bio_ww  回复了帖子 中药药理研究的利器——网络药理学(请多支持点赞) 187天前
    KEGG数据库介绍          KEGG数据库在代谢组学中有举足轻重的位置,这里不得不把它介绍一下。         KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是由日本京都大学和东京大学联合开发的数据库,可以用来查询代谢途径、酶(或编码酶的基因)、产物等,也可以通过BLAST 比对查询未知序列的代谢途径信息。       KEGG 的网址是http://dxys.com/n1kE1D,界面小清新,使用很是方便。        未完待续。。。。。。。。。

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