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  • 2017-8-17
    2017-8-17  的帖子被加了1分 2天前

    回复:GEPIA里蛋白互作怎么用!急求!

    1、GEPIA可以分析两个基因之间的关联性(如楼主上图),不是蛋白质。2、左侧必选两个要分析的基因名称,以及相关系数。3、中间三个,如果要分析这两个基因在TCGA数据库中某肿瘤中的相关性就选对应的TCGA Tumor;分析这两个基因在TCGA数据库中正常组的相关性就选对应的TCG...
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 GEPIA里蛋白互作怎么用!急求! 3天前
    1、GEPIA可以分析两个基因之间的关联性(如楼主上图),不是蛋白质。2、左侧必选两个要分析的基因名称,以及相关系数。3、中间三个,如果要分析这两个基因在TCGA数据库中某肿瘤中的相关性就选对应的TCGA Tumor;分析这两个基因在TCGA数据库中正常组的相关性就选对应的TCGA Normal;分析这两个基因在GTEx数据库中某组织的相关性就选对应的选项。只选一个哦,Add后Plot即可。4、TCGA和GTEx是两个不同的数据库,数据样本来源不同。5、至于抑癌基因和致癌基因的选择,取决于楼主要分析研究的基因。
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 GEO下载的系列矩阵文件解压不出来 5天前
    换几个GSE下载打开试一试就知道啦
  • 2017-8-17
    2017-8-17  的帖子被加了1分 8天前

    回复:DAVID分析时的报错问题请教

    1、可以通过调整筛选差异基因的标准来控制其数量,例如p值、校正p值、logFC的大小。2、DAVID分析前需要选择正确的物种和基因名称的来源,如下图红框中,要选择正确哦,否则会出现楼主上述问题。
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 DAVID分析时的报错问题请教 8天前
    1、可以通过调整筛选差异基因的标准来控制其数量,例如p值、校正p值、logFC的大小。2、DAVID分析前需要选择正确的物种和基因名称的来源,如下图红框中,要选择正确哦,否则会出现楼主上述问题。
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 小鼠旷场实验里面的修饰次数是什么意思呀? 8天前
    楼主首先要清楚旷场实验的评估指标。修饰次数:单位时间内,实验动物小鼠的前肢向上抬举、抓痒、洗脸、舔足等动作的次数。多次测定取平均值±标准差(或标准误差)
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 GPL15314平台的id和gene symbol注释文件 8天前
    楼主查看附件,可以使用excel导入文本文件查看即可
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 affy官网下载 30天前
    是不同的注释文件
  • 2017-8-17
    2017-8-17  的帖子被加了1分 35天前

    回复:生信问题求助大神

    楼主上的图不清楚,按照我的理解:1、A、B、C三个箱线图中位值的纵坐标数值大于0可认为上调,小于0可认为下调,不一定显著哦。横坐标看不清楚,如果都是肺癌细胞系是不能从此图看出foxa系列是否上下调;如果是肺癌只是其中一个,才能看出foxa1是否上下调。例如图C,如果横坐标都是肺癌...
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 生信问题求助大神 35天前
    楼主上的图不清楚,按照我的理解:1、A、B、C三个箱线图中位值的纵坐标数值大于0可认为上调,小于0可认为下调,不一定显著哦。横坐标看不清楚,如果都是肺癌细胞系是不能从此图看出foxa系列是否上下调;如果是肺癌只是其中一个,才能看出foxa1是否上下调。例如图C,如果横坐标都是肺癌细胞系的话,只能说foxa3在肺癌绝大多数细胞系中表达下调了。2、D图是热图形式表现基因表达情况,首先先看标签数值代表的意思,表达量越高颜色越蓝,表达量越低颜色越浅。同样,横坐标如果都是肺癌细胞系,foxa1(第三行)在绝大多数肺癌细胞系中是高表达的。按照这个思路,就可以解释四个图了。注意:文章作者在图注部分也可能出错的,我见过不少的(与正文里不对应)。
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 DAVID 功能富集 35天前
    楼主是输入基因数量太少啦,图中看出只识别了3个基因,当然无法进行下一步了。你可以随机输入100个基因试一试就清楚了。
  • 2017-8-17
    2017-8-17  的帖子被加了1分 45天前

    回复:求助!如何用R做热图时将同一组样本排在一起?

    列聚类能看出实验组和对照组的数据(50个基因或其他数量的基因表达情况)是否能很好归为一类(实验组或对照组),从上图看,部分实验组归到对照组里去了,可以分析讨论说明(例如:定义为肿瘤患者---实验组,那么肿瘤患者还涉及肿瘤分期、病理情况、性别、年龄等等因素都可能会使某个肿瘤样本归到...
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 怎样查询某个miRNA在某种肿瘤里的表达情况? 45天前
    试一试miRCancer : microRNA Cancer Association Databasehttp://dxys.com/TYs8aa
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 芯片数据和RNAseq数据能不能放在一起分析 45天前
    如果寻找差异基因的话,可以分开分析之后,取两者的交集作为共同差异基因。合并分析的话,难度不小,相当于楼主创造一种新方法来解决这个问题(平台不一样)。
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 火山图求助 45天前
    不存在真假,就是个标签而已,你没有自己定义标签。红色表示没有显著变化的基因,蓝色表示显著上调或下调的基因(log2FC<-2或者>2),看看代码。
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 求助!如何用R做热图时将同一组样本排在一起? 45天前
    列聚类能看出实验组和对照组的数据(50个基因或其他数量的基因表达情况)是否能很好归为一类(实验组或对照组),从上图看,部分实验组归到对照组里去了,可以分析讨论说明(例如:定义为肿瘤患者---实验组,那么肿瘤患者还涉及肿瘤分期、病理情况、性别、年龄等等因素都可能会使某个肿瘤样本归到正常里去。具体问题具体分析),而不是人为把实验组或对照组放一起,那楼主画此图意义何在?楼主试着运行不同的差异基因数量(50,200,500,或更多)来做聚类热图,看看实验组和对照组的分布情况,就明白了。
  • 2017-8-17
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 关于审稿人的一个问题,急求大神帮助解答,小白在这里先表示感谢了! 56天前
    为了控制假阳性(false positives)的次数,一般需要对p值进行多重检验校正,提高阈值。可以采用Bonferroni校正或FDR校正,使用FDR校正(q-value)多一些。既然楼主差异基因分析结果中有了q-value,我就不清楚了。静候其他战友解答
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 关于审稿人的一个问题,急求大神帮助解答,小白在这里先表示感谢了! 57天前
    楼主的差异基因分析结果里出现校正P值了吗?
  • 2017-8-17
    2017-8-17  回复了帖子 R语言做KEGG分析的时候,一直报错, 58天前
    library(clusterProfiler)gene<-unique(dif[!is.na(dif$EntrezID),"EntrezID"])ekk_BH <- enrichKEGG(gene=gene,organism = "hsa",pAdjustMethod = "BH",pvalueCutoff=0.01)barplot(ekk_BH, showCategory=15,title="KEGG_BH")dotplot(ekk_BH,title="KEGG_BH_dot")clusterProfiler包应该没问题,去年我还用着呢,这是当时代码,其他文件找不到了,无法展示数据结构。仅供参考

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