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【分享】Roche的荧光定量PCR的一些资料,大家分享下

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  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 HRM筛查中的困惑 124天前
    这么高频应该不会测不出来吧,建议贴下测序引物序列出来看看
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 158天前
    可以先看下不能做的点是什么情况,私信你了
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 158天前
    建议少量病例样本直接sanger吧,三个基因也不多,设计上百个位点的检测探针成本就很吓人了,不划算,sanger测完需要验证大批量样本的时候再选择其他方法进行分型。
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 158天前
    千人的当然是有纯合杂合之分的,是放在一起计算频率的。
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 234天前
    几个碱基的插入缺失 ,直接用荧光PCR即可区分
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 taqman 探针 ,snp ,相关疑问求助 293天前
    1,具体的分型结果,有时候机器能自动判读(显示为红色 蓝色 或者绿的圆点,如下图),有时候不能判读,显示Undetermined,(黑叉叉 ,如下图),这是怎么回事呢 。看了下你的信号值有点低啊,所以软件不能自动判读,另外软件在没有三种基因型的时候似乎也不会自动判读。2,看结果时我只看了自动显示的具体分型,如到底是C/C,C/T,还是T/T.  完全没看曲线。这种方法正确可靠吗 ?非常不可靠,自动判读出来的你的样本量有点少,没有明确的cluster分区,也没有放置阳性样本,所以这样读出来的数据并不可靠,譬如第一张图中的蓝色点应该也是杂合子。3,若显示为黑叉叉时,认为实验失败,重做,直到显示具体分型(红色 蓝色 或者绿的圆点) 为止。我这样做是不是错了。显示为黑叉并不是实验失败,只是
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 求大神,关于AS-PCR的一些问题 293天前
    你得把你的序列,引物,实验条件都贴出来才好分析原因吧
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 急急急!使用Haploview筛选出来的tagSNP,下一步该如何判断其中哪些是有功能的? 293天前
    SBT分型是进行HLA基因分型的常规方法,有现成的试剂盒,至于你的问题应该是对于现在找出来的位点进行功能预测,推荐你一个网站SNPinfo,http://dxy.me/umiY3i
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 293天前
    检测就是分型,没有必要纠结字面的意思
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 303天前
    【10】 SNPSCAN分型法    SNPSCAN分型法采用连接酶连接反应的高特异性实现对SNP位点等位基因的识别,然后通过在连接探针末端引入不同长度的非特异性序列以及通过连接酶加接反应获得位点对应的不同长度连接产物,利用标记荧光的通用引物对连接产物进行PCR扩增,通过荧光毛细管电泳扩增产物进行电泳分离,最后通过GeneMapper软件分析获取各个SNP位点的基因型。    重绘了一下原理图,帮助大家理解这种方法:--------------------------------------------------------------------------------   &n
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 303天前
    【9】基因芯片法     DNA基因芯片技术是近年来新开发的一种DNA序列变异检测工具,其原理是利用目标DNA与支持物上所固定的密集的寡核苷酸探针阵列进行等位基因特异性反应,根据反应信号的有无和强弱确定SNP位点。近年来随着复杂性疾病研究的深入,以及可利用的基因组数据的增加,基于各种原理的SNP芯片反应被开发出来,以适应不同目的、规模和条件的基因分型,那么市面上现在常见的基因芯片Illumina SNP芯片分型平台(包括Infinium®技术和GoldenGate®技术)和Affymetrix基因分型平台(Affymetrix GeneTitan®技术),这两大公司的基因分型平台是目前应用最为广泛的基因分型平台,适用于大样本不同标记密度的
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 303天前
    【8】 改进的连接酶检测法(iMLDR)    iMLDR技术是基于传统的连接酶反应经过改进后的多重SNP分型技术,相比于传统的连接酶反应技术,iMLDR提高了准确性和分型的成功率,该方法的特色在于采用了一个双连接反应,将区分基因型的荧光使用连接方法加到连接产物上,这样一来可以轻松的增加该分型方法的通量。    重新绘制了下该方法的原理图,分型方法的原理图上已经描述的很清楚啦:----------------------------------------------------------------------------该方法的优点在于准确性较于LDR来说有了一定的提升,检测通量较高,但是缺点和L
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 303天前
    【7】 LDR连接酶检测反应法     LDR法是基于核酸特异杂交原理,设计两条3'端碱基不一样的鉴别引物用以鉴别SNP位点的两种Allele,同时设计一条在位点另一侧的通用的引物,在高温连接酶的作用下,当左右两条寡核苷酸探针(鉴别引物以及通用引物)与目的DNA序列完全互补,并且两条探针之间没有空隙时才能发生连接反应,通过温控循环该特异性连接反应可反复进行,达到线性扩增的效果,最后通过荧光扫描片段长度(在通用引物的合成时已经在一端进行了荧光修饰),实现对SNP 位点的检测。原理图如下,图中可以看出同一个位点的两个Allele通过引物的长度不同进行了区分,不同的位点之间则是通过位置进行的区分。------------------------------------
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 303天前
    【6】SNaPshot法    SNaPshot技术又称为小测序技术,是由美国应用生物公司(ABI)开发的主要针对中等通量(<20)的SNP分型项目的分型技术。既然叫小测序技术,那么他的原理就跟一代测序很类似了,在一个含有测序酶,四种荧光标记的ddNTP(注意:这里只有ddNTP,并没有测序反应中的dNTP),紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止。经ABI测序仪跑胶后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,针对不同的SNP位点设计不同长度的延伸引物来做到多个SNP在一个反应体系中进行分型。    重新绘制了下SNaPshot的原理图如下:
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 368天前
    以NCBI调取的fasta序列为准
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 368天前
    你看下页面下方 submitter records for RefSNP Cluster 里的条目,只有一条上传信息是A/C/G,其余的都是A/G ,这种情况下一般认为这条数据要么是上传有误,要么是该位置在上传者实验的样本中存在了一个突变,位点基因型应该是A/G,1000genomes的信息显示该位点就是A/G
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 368天前
    两种方法 1.1000genomes数据库可以调取相关信息挑选。2.snpinfo网站上可以直接挑选tagsnp
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 368天前
    野生型和HGVS命名没有必然的联系
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 SNP分型方法总结 368天前
    ensemble数据库里可以对序列进行注释,单倍型使用haploview软件分析
  • 1DGENE
    1DGENE  回复了帖子 求助,EGFR的T790M突变: 2369 C>T,这个突变位点所在的序列怎么查呢? 443天前
    一般这种体细胞突变在COSMIC里查找,下面链接中有具体的位置:http://dxy.me/Fzuyiy

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