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  • 谷禾-信息
    谷禾-信息  发布了新帖 微生物测序可变区V4和V3V4如何选择,实例数据 1天前

    目前针对扩增子测序可选择的测序平台和方案很多,不同平台的读长和适用的测序区段以及优势各有不同。16s测序主要的测序区段包括v4、v3v4,v1v2,v6,此外还有全长等不同的区段选择,不同可变区或全长由于引物的不同以及不同种属相应区段内的变异多样性差异,对菌属的丰度评估会有一定的差异。从长度来看,全长16s长度为1.5kb左右,单菌落的16s全长sanger一代测序仍然是菌种鉴定的主要手段,纳米孔和pacbio的三代测序可以高通量的获得全长序列,对于希望更高分辨率的分析菌种的研究有一定优势。三代的测序准确度目前逐渐改进,直接测序准确度可以在90%以上,纠错后可以提高到97~99%以上,已足够提供高精度的分类。三代目前主要问题在于建库成本相对较高,通过使用barcode可以降低部分但仍然偏高,

  • 谷禾-信息
    谷禾-信息  发布了新帖 可用于分析微生物与代谢产物之间相互作用的人工神经网络 10天前

    最近, 国际顶级方法学期刊《Nature Methods》发表了由加利福尼亚大学圣地亚哥分校儿科、加州大学计算机科学与工程系 、加州大学合作质谱创新中心以及加利福尼亚大学圣地亚哥分校微生物群创新中心多学科合作研究的最新成果:“Learning representations of microbe–metabolite Interactions(可用于分析微生物与代谢产物之间相互作用的人工神经网络)”,此项研究恢复微生物与代谢物之间关系的能力,并证明了该方法如何发现微生物产生的代谢产物与炎症性肠病之间的关系。摘要研究人员表示,整合多组学数据集对于微生物组研究至关重要。但是,推断整个组学数据集之间的交互具有多种统计学上的挑战。文章中通过使用神经网络(https://github.com/bioc

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