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    美吉生物  的帖子被加了1分 29天前

    RNA测序取样方法

    随着测序技术越来越成熟,转录组测序研究中,RNA制备已经逐渐成为限制我们科研僧发表SCI的绊脚石。众所周知,mRNA占比少又娇滴滴(容易降解),简直比娘娘还难伺候,万一降解了,又得千辛万苦的重新制备样品,真的是为此伤透了脑筋,发际线不保啊~今天就来跟大家分享下转录组测序中,常见样...
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    美吉生物  发布了新帖 RNA测序取样方法 29天前

    随着测序技术越来越成熟,转录组测序研究中,RNA制备已经逐渐成为限制我们科研僧发表SCI的绊脚石。众所周知,mRNA占比少又娇滴滴(容易降解),简直比娘娘还难伺候,万一降解了,又得千辛万苦的重新制备样品,真的是为此伤透了脑筋,发际线不保啊~今天就来跟大家分享下转录组测序中,常见样品采样的一些小知识,希望能帮到大家。我们将常见样品分为五大类:植物、动物、血液、微生物和互作类型,接下来就按分类一一讲述。1 植物样品首先我们要准备好液氮预冷的无酶管,并做好取样器械的消毒和去RNA酶处理,尽量选取新鲜幼嫩、生长旺盛部位的样本进行迅速采集,然后用RNase-free水对样品表面进行快速的清洗,吸干表面液体之后放入无酶管中液氮速冻(时间不要太短哦),待彻底冷冻后,转移至-80℃冰箱保存。2 动物样品若在

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    美吉生物  发布了新帖 医学新热:代谢组学介绍 29天前

    代谢组学(Metabonomics or Metabolomics)是继基因组和蛋白组学之后发展起来的新兴组学技术,是系统生物学的重要组成部分,据统计,近些年来代谢组学的研究越来越活跃,美国国家健康研究所将代谢组学的发展规划纳入了国家生物技术发展的路线图计划中,许多国家的科研单位也先后开展了代谢组学的研究工作。然而,代谢组学毕竟兴起的时间短,老师们对其还不甚了解,小编就收到了许多老师的关于代谢组学方面的疑问,这里就将这些问题进行了整理,希望对大家能有所帮助。1. 什么样的研究可以采用代谢组学?首先代谢组学是通过考察生物在一特定生理时期内受到刺激或扰动前后所有小分子代谢物的组成及其含量变化,从而表征生物体系的整体代谢特征。其研究对象是分子量1000Da以下的小分子物质,如糖、有机酸、脂质、维生

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    美吉生物  发布了新帖 代谢组学取样和分析 29天前

    代谢组学成为很多医学研究者比较关注的研究手段,但是如何通过代谢组学得到我们理想中的结果,其实还是有很多影响因素在里面的,比如取样的方法的条件,比如我们做什么样的分析等等。下面就一一给大家介绍一下。1、做代谢组学应该选取什么类型的样本?取样后应该做什么处理呢?代谢组学研究的样本选取和处理主要是遵循“保持最鲜活状态”的原则,采集样本后立即通过置于液氮、干冰或者-80°C冰箱中,组织样本离体后的进一步代谢活动,并保证样本在实验前一直处于-80°C以下。2 、代谢组学的结果包含哪些内容?结果包含的内容与项目的协议有关。目前我们提供的代谢组学服务有全物质鉴定,非靶向代谢组学和靶向代谢组学服务。全物质鉴定服务,即检测样本中有哪些代谢物,结果我们只能提供一份定性物质列表的信息。非靶向代谢组学服务,即普筛或

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    美吉生物  发布了新帖 蛋白质组学如何做验证 29天前

    蛋白质组学在近十多年间经历了飞速发展和普及的历程,从当初的2D凝胶电泳到iTRAQ\TMT,从WB到PRM,从单蛋白鉴定到全谱定性,我们与广大的科研院所进行了合作,其中不乏科研界的大牛们。在此希望能够更多地分享一些自己的经验,为各位老师的蛋白质组学研究之路提供有益的帮助。今天就与大家来聊一聊关于蛋白质组后续验证的常规套路。众所周知,组学分析是一个大规模数据采集的过程,假阳性概率很高,其中不可避免地出现不准确的数据。因此,老师是否对蛋白质组学结果进行了验证,是蛋白质组学数据能否通过编辑关的重要凭借之一。在蛋白质组研究模式刚开始的阶段,是很少有文章进行验证的,即便是《Molecular & Cellular Proteomics》中也能找到很多。但是随着组学研究的普及,从文章发表的要求来

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    美吉生物  发布了新帖 代谢组学取样和分析 29天前

    代谢组学成为很多医学研究者比较关注的研究手段,但是如何通过代谢组学得到我们理想中的结果,其实还是有很多影响因素在里面的,比如取样的方法的条件,比如我们做什么样的分析等等。下面就一一给大家介绍一下。1、做代谢组学应该选取什么类型的样本?取样后应该做什么处理呢?代谢组学研究的样本选取和处理主要是遵循“保持最鲜活状态”的原则,采集样本后立即通过置于液氮、干冰或者-80°C冰箱中,组织样本离体后的进一步代谢活动,并保证样本在实验前一直处于-80°C以下。2 代谢组学的结果包含哪些内容?结果包含的内容与项目的协议有关。目前我们提供的代谢组学服务有全物质鉴定,非靶向代谢组学和靶向代谢组学服务。全物质鉴定服务,即检测样本中有哪些代谢物,结果我们只能提供一份定性物质列表的信息。非靶向代谢组学服务,

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    美吉生物  发布了新帖 代谢组学取样及分析 29天前

    代谢学成为很多医学研究者比较关注的研究手段,但是如何通过代谢组学得到我们理想中的结果,其实还是有很多影响因素在里面的,比如取样的方法的条件,比如我们做什么样的分析等等。下面就一一给大家介绍一下。1. 做代谢组学用该选取什么类型的样本?取样后应该做什么样的处理呢?代谢组学研究的样本选取和处理主要遵循的是“保持最鲜活状态”的原则,采集样本后立即通过置于液氮、干冰或者-80°C冰箱中,组织样本离体后的进一步代谢活动,并保证样本在实验前一直处于-80°C以下。2 代谢组学的结果包含哪些内容?结果包含的内容与项目的协议有关。目前我们提供的代谢组学服务有全物质鉴定,非靶向代谢组学和靶向代谢组学服务。全物质鉴定服务,即检测样本中有哪些代谢物,结果我们只能提供一份定性物质列表的信息。非靶向代谢组学

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    美吉生物  发布了新帖 代谢组学取样及分析 29天前

    代谢学成为很多医学研究者比较关注的研究手段,但是如何通过代谢组学得到我们理想中的结果,其实还是有很多影响因素在里面的,比如取样的方法的条件,比如我们做什么样的分析等等。下面就一一给大家介绍一下。1. 做代谢组学用该选取什么类型的样本?取样后应该做什么样的处理呢?代谢组学研究的样本选取和处理主要遵循的是“保持最鲜活状态”的原则,采集样本后立即通过置于液氮、干冰或者-80°C冰箱中,组织样本离体后的进一步代谢活动,并保证样本在实验前一直处于-80°C以下。2 代谢组学的结果包含哪些内容?结果包含的内容与项目的协议有关。目前我们提供的代谢组学服务有全物质鉴定,非靶向代谢组学和靶向代谢组学服务。全物质鉴定服务,即检测样本中有哪些代谢物,结果我们只能提供一份定性物质列表的信息。非靶向代谢组学

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    美吉生物  发布了新帖 医学新热:代谢组学 31天前

    代谢组学(Metabonomics or Metabolomics)是继基因组和蛋白组学之后发展起来的新兴组学技术,是系统生物学的重要组成部分,据统计,近些年来代谢组学的研究越来越活跃,美国国家健康研究所将代谢组学的发展规划纳入了国家生物技术发展的路线图计划中,许多国家的科研单位也先后开展了代谢组学的研究工作。然而,代谢组学毕竟兴起的时间短,老师们对其还不甚了解,小编就收到了许多老师的关于代谢组学方面的疑问,这里就将这些问题进行了整理,希望对大家能有所帮助。1. 什么样的研究可以采用代谢组学?首先代谢组学是通过考察生物在一特定生理时期内受到刺激或扰动前后所有小分子代谢物的组成及其含量变化,从而表征生物体系的整体代谢特征。其研究对象是分子量1000Da以下的小分子物质,如糖、有机酸、脂质、维生

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    美吉生物  发布了新帖 做蛋白质组学几大验证方法 31天前

    蛋白质组学在近十多年间经历了飞速发展和普及的历程,从当初的2D凝胶电泳到iTRAQ\TMT,从WB到PRM,从单蛋白鉴定到全谱定性,我们与广大的科研院所进行了合作,其中不乏科研界的大牛们。在此希望能够更多地分享一些自己的经验,为各位老师的蛋白质组学研究之路提供有益的帮助。今天就与大家来聊一聊关于蛋白质组后续验证的常规套路。众所周知,组学分析是一个大规模数据采集的过程,假阳性概率很高,其中不可避免地出现不准确的数据。因此,老师是否对蛋白质组学结果进行了验证,是蛋白质组学数据能否通过编辑关的重要凭借之一。在蛋白质组研究模式刚开始的阶段,是很少有文章进行验证的,即便是《Molecular & Cellular Proteomics》中也能找到很多。但是随着组学研究的普及,从文章发表的要求来

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    美吉生物  发布了新帖 蛋白质组学如何做验证 31天前

    蛋白质组学在近十多年间经历了飞速发展和普及的历程,从当初的2D凝胶电泳到iTRAQ\TMT,从WB到PRM,从单蛋白鉴定到全谱定性,我们与广大的科研院所进行了合作,其中不乏科研界的大牛们。在此希望能够更多地分享一些自己的经验,为各位老师的蛋白质组学研究之路提供有益的帮助。今天就与大家来聊一聊关于蛋白质组后续验证的常规套路。众所周知,组学分析是一个大规模数据采集的过程,假阳性概率很高,其中不可避免地出现不准确的数据。因此,老师是否对蛋白质组学结果进行了验证,是蛋白质组学数据能否通过编辑关的重要凭借之一。在蛋白质组研究模式刚开始的阶段,是很少有文章进行验证的,即便是《Molecular & Cellular Proteomics》中也能找到很多。但是随着组学研究的普及,从文章发表的要求来

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    美吉生物  发布了新帖 RNA抽提指南 192天前

    我们在工作中时常遇到这种情况,千辛万苦取到了几个样本,兴高采烈地送去做测序,本以为很快就能拿到结果,结果辛辛苦苦抽提的RNA降解了。今天就为大家带来满满的干货,RNA提取小课堂开课啦,我们就来聊一聊关于RNA抽提的那些事儿吧~希望对于正在进行实验的小伙伴们提供一些帮助,前排搬好小板凳,敲黑板划重点啦~RNA是以DNA的一条链为模板,以碱基互补配对原则,转录形成的一条单链,主要功能是使遗传信息能够翻译成蛋白行使生物学功能,是遗传信息向表型转化过程中的桥梁。当我们研究基因的表达和调控时,第一步需要做的就是从组织或细胞中分离和纯化RNA。1 首先了解一下RNA提取的几个小原则保证RNA的完整性;获得高纯度的RNA;操作简便,稳定性强。2 明确抽提RNA的使用目的RNA用于不同的后续实验,其质量要求

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    美吉生物  发布了新帖 RNA抽提指南 192天前

    我们在工作中时常遇到这种情况,千辛万苦取到了几个样本,兴高采烈地送去做测序,本以为很快就能拿到结果,结果辛辛苦苦抽提的RNA降解了。今天就为大家带来满满的干货,RNA提取小课堂开课啦,我们就来聊一聊关于RNA抽提的那些事儿吧~希望对于正在进行实验的小伙伴们提供一些帮助,前排搬好小板凳,敲黑板划重点啦~RNA是以DNA的一条链为模板,以碱基互补配对原则,转录形成的一条单链,主要功能是使遗传信息能够翻译成蛋白行使生物学功能,是遗传信息向表型转化过程中的桥梁。当我们研究基因的表达和调控时,第一步需要做的就是从组织或细胞中分离和纯化RNA。1 首先了解一下RNA提取的几个小原则保证RNA的完整性;获得高纯度的RNA;操作简便,稳定性强。2 明确抽提RNA的使用目的RNA用于不同的后续实验,其质量要求

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    美吉生物  发布了新帖 转录组测序之样品采集指南 192天前

    随着测序技术越来越成熟,转录组测序研究中,RNA制备已经逐渐成为限制我们科研僧发表SCI的绊脚石。众所周知,mRNA占比少又娇滴滴(容易降解),简直比娘娘还难伺候,万一降解了,又得千辛万苦的重新制备样品,真的是为此伤透了脑筋,发际线不保啊~今天就来跟大家分享下转录组测序中,常见样品采样的一些小知识,希望能帮到大家。我们将常见样品分为五大类:植物、动物、血液、微生物和互作类型,接下来就按分类一一讲述。1 植物样品首先我们要准备好液氮预冷的无酶管,并做好取样器械的消毒和去RNA酶处理,尽量选取新鲜幼嫩、生长旺盛部位的样本进行迅速采集,然后用RNase-free水对样品表面进行快速的清洗,吸干表面液体之后放入无酶管中液氮速冻(时间不要太短哦),待彻底冷冻后,转移至-80℃冰箱保存。2 动物样品若在

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    美吉生物  发布了新帖 转录组测序之样品采集指南 194天前

    随着测序技术越来越成熟,转录组测序研究中,RNA制备已经逐渐成为限制我们科研僧发表SCI的绊脚石。众所周知,mRNA占比少又娇滴滴(容易降解),简直比娘娘还难伺候,万一降解了,又得千辛万苦的重新制备样品,真的是为此伤透了脑筋,发际线不保啊~今天就来跟大家分享下转录组测序中,常见样品采样的一些小知识,希望能帮到大家。我们将常见样品分为五大类:植物、动物、血液、微生物和互作类型,接下来就按分类一一讲述。1 植物样品首先我们要准备好液氮预冷的无酶管,并做好取样器械的消毒和去RNA酶处理,尽量选取新鲜幼嫩、生长旺盛部位的样本进行迅速采集,然后用RNase-free水对样品表面进行快速的清洗,吸干表面液体之后放入无酶管中液氮速冻(时间不要太短哦),待彻底冷冻后,转移至-80℃冰箱保存。2 动物样品若在

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    美吉生物  发布了新帖 转录组测序样品采集指南 194天前

    随着测序技术越来越成熟,转录组测序研究中,RNA制备已经逐渐成为限制我们科研僧发表SCI的绊脚石。众所周知,mRNA占比少又娇滴滴(容易降解),简直比娘娘还难伺候,万一降解了,又得千辛万苦的重新制备样品,真的是为此伤透了脑筋,发际线不保啊~今天就来跟大家分享下转录组测序中,常见样品采样的一些小知识,希望能帮到大家。我们将常见样品分为五大类:植物、动物、血液、微生物和互作类型,接下来就按分类一一讲述。1 植物样品首先我们要准备好液氮预冷的无酶管,并做好取样器械的消毒和去RNA酶处理,尽量选取新鲜幼嫩、生长旺盛部位的样本进行迅速采集,然后用RNase-free水对样品表面进行快速的清洗,吸干表面液体之后放入无酶管中液氮速冻(时间不要太短哦),待彻底冷冻后,转移至-80℃冰箱保存。2 动物样品若在

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    美吉生物  发布了新帖 GO,KEGG注释不理想?试试这款可视化软件--MapMan 228天前

    组学技术现在已经被广泛用于生命科学研究的方方面面。而面对大量的组学输入,数据又实在是太多了,这时,我们往往需要使用各种功能注释来进行可视化。最常见的莫过于GO和KEGG pathway注释,但是对于做植物研究的小伙伴会发现,我们在分析时,往往会觉得GO注释太过宽泛,KEGG注释信息又太少或者总注释出一堆其他的物种信息来。这时,不防试试我们这款老牌的,专门针对植物的分析软件--MapMan。MapMan大部分由人工整理的植物通路分析软件,在应用上,在以上两点完全地超越了GO和KEGG。那么,怎么才能掌握MapMan软件使用方法、以及如何对自己的数据进行处理呢?本文将略过MapMan软件的安装,直接详解软件的使用。01 MapMan的作用物种MapMan是GABI Primary Da

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    美吉生物  发布了新帖 GO,KEGG注释不理想?试试这款可视化软件--MapMan 228天前

    组学技术现在已经被广泛用于生命科学研究的方方面面。而面对大量的组学输入,数据又实在是太多了,这时,我们往往需要使用各种功能注释来进行可视化。最常见的莫过于GO和KEGG pathway注释,但是对于做植物研究的小伙伴会发现,我们在分析时,往往会觉得GO注释太过宽泛,KEGG注释信息又太少或者总注释出一堆其他的物种信息来。这时,不防试试我们这款老牌的,专门针对植物的分析软件--MapMan。MapMan大部分由人工整理的植物通路分析软件,在应用上,在以上两点完全地超越了GO和KEGG。那么,怎么才能掌握MapMan软件使用方法、以及如何对自己的数据进行处理呢?本文将略过MapMan软件的安装,直接详解软件的使用。01 MapMan的作用物种MapMan是GABI Primary Da

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    美吉生物  发布了新帖 GO,KEGG注释不理想?试试这款可视化软件--MapMan 228天前

    组学技术现在已经被广泛用于生命科学研究的方方面面。而面对大量的组学输入,数据又实在是太多了,这时,我们往往需要使用各种功能注释来进行可视化。最常见的莫过于GO和KEGG pathway注释,但是对于做植物研究的小伙伴会发现,我们在分析时,往往会觉得GO注释太过宽泛,KEGG注释信息又太少或者总注释出一堆其他的物种信息来。这时,不防试试我们这款老牌的,专门针对植物的分析软件--MapMan。MapMan大部分由人工整理的植物通路分析软件,在应用上,在以上两点完全地超越了GO和KEGG。那么,怎么才能掌握MapMan软件使用方法、以及如何对自己的数据进行处理呢?本文将略过MapMan软件的安装,直接详解软件的使用。01 MapMan的作用物种MapMan是GABI Primary Da

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    美吉生物  发布了新帖 转录组RNA常用概念介绍 263天前

    1. 转录组测序转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。2. 转录本重构转录本重构就是用测序的数据组装成转录本,分成两类:(1). de-novo构建;de-novo组装是指在不依赖参考基因组的情况下,将有overlap的reads 连接成一个更长的序列,经过不断的延伸,拼成一个个的co

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