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【原创】今天见到了两位传说中的牛人

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【求助】划痕实验和transwell检测细胞迁移结果不一致

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【娱乐】欢迎报考西北工业大学

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  • 火车二场
  • 火车二场
  • 火车二场
    火车二场  的帖子被加了1分 2天前

    (原创)利用单基因GSEA分析TCGA RNA-seq数据两种方法的比较

    有些战友对利用单基因GSEA分析TCGA RNA-seq数据仍有些不解,我举个例子做个简单比较说明(基于broad 的javaGSEA)。(一)目的单基因GSEA分析的目的,简单说就是寻找与你感兴趣的基因表达相关的调控通路或生物学功能。单基因GSEA中的”单基因“指的就是你感兴趣...
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 GEO数据挖掘归一化问题 2天前
    是用什么算法做的归一化?RMA,gcrma还是mas5?
  • 火车二场
    火车二场  发布了新帖 利用单基因GSEA分析TCGA RNA-seq数据的一些问题说明 2天前

    有些战友对利用单基因GSEA分析TCGA RNA-seq数据仍有些不解,我举个对比的例子做个简单说明(基于broad 的javaGSEA)。(一)目的单基因GSEA分析的目的,简单说就是寻找与你感兴趣的基因表达相关的调控通路或生物学功能。单基因GSEA中的”单基因“指的就是你感兴趣的目的基因,比如下面我将举例的EZH2。(二)方法做单基因的GSEA的方法主要有两个:1,根据你感兴趣的目的基因表达量进行分组,一般是按照中位值,也可以按照表达量前25%和75%进行分组,具体方法随个人;分组后计算两组间各个基因的表达差异,按照表达差异的fold change大小进行基因排序。2,利用感兴趣目的基因表达量建立连续表型,通过计算其它基因与兴趣基因表达量的皮尔森相关系数,然后按照相关系数大小进行基因排序

  • 火车二场
    火车二场  的帖子被加了1分 3天前

    生物信息学札记(第3版)

    没想到浙大樊龙江教授的《生物信息学札记》这么深受大家喜爱,一个03年的帖子还被大家顶起来,许多战友都在跟帖寻求这本小册子的下载信息。其实,这本讲义历经4版,目前已经有第四版出版,感兴趣的同学可以到下面红框里的网站上详细了解。园子里原来发的多数为该讲义的第一、第二版,且链接大多已经...
  • 火车二场
    火车二场  的帖子被加了1分 11天前

    回复:利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法(原创)

    wenyiexin 谢谢指导,问上面这个问题的原因是经常看到文献上,用miR预测出靶基因后再用cytoscape做PPI,然后用不同颜色表示上下调,比如在图的注释里说红色表示上调,蓝色表示下调。但在做类似分析时,总是碰到一个问题,cytoscape上色的方法是用注释文件对靶基因的...
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法(原创) 16天前
    有的注释基因上下调信息的研究是基于基因芯片的分析结果,但是同miRNA分析结果结合在一起做共表达网络就很扯。原因是,miRNA对基因表达调控在转录后,而基因芯片是转录水平的结果,两者根本就是不搭边的。很难理解这样的文章也大量的被发表。
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 【求助】5-氮胞苷(5-AZA)的配置问题 17天前
    常温溶解即可,方法同普通试剂配制,分装后冻存。配制过程中戴手套,可戴口罩。
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 投稿 光格式就让编辑退回来4遍 17天前
    仅格式原因被编辑退回4次,只能说明楼主对自己文章不够重视。
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年08月 17天前
    ID:火车二场奖励:2丁当 谢谢版主!
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年08月 17天前
    ID:火车二场奖励:10丁当 谢谢版主!
  • 火车二场
    火车二场  的帖子被加了1分 17天前

    回复:利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法(原创)

    wenyiexin 老师你好,谢谢您的解答node2我注释过了,我又随机选了一些基因,重新跑了一遍流程,发现还是在string网页运行的时候就会自动添加了一些新的基因进去。不知道我有没讲明白,假设我选了10个基因做string(基因集A),这10个基因的上下调关系都是已知,然后放...
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法(原创) 18天前
    1, 如果你只想要你输入基因的互作图谱,可以试下图下方的“-less"按钮,减少额外添加的互作蛋白节点。2,即便有新添加的互作蛋白节点,没有被上色,这也能解释得过去,因为A集里的蛋白(基因)都是你的mirRNA调控的基因,B集里新添加的蛋白只是A集蛋白的互作蛋白,并非miRNA的靶基因,不进行上下调关系的注释也是对的。
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法(原创) 18天前
    你打开tsv文件看下,你会发现有node1和node2两个节点,你设置注释文件的时候可能只注释了source node,导入cytoscape后,target node是没有上下调信息的,所以显示的是白色。
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法(原创) 20天前
    理论上是这样的,但你只能在讨论里说mRNA A可能下调,B可能上调。不能作为你的研究结果。
  • 火车二场
    火车二场  的帖子被加了1分 23天前

    回复:手把手教你如何使用GSEA

    wenyiexin 请教下各位大神,由于在网上找到的某些病种的样本比较少,做出来的fdr比较难看,p值还可以。从实际操作的角度讲,是否可以只看p值,而fdr的不理想结果用什么方法圆场?The nominal p value estimates the significance o...
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 手把手教你如何使用GSEA 23天前
    The nominal p value estimates the significance of the observed enrichment score for a single gene set. However, when you are evaluating multiple gene sets, you must correct for multiple hypothesis testing. The FDR is the estimated probability that a gene set with a given enrichment score (normalized for gene set size) represents a false positive fi
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法(原创) 23天前
    在利用单基因分组进行gsea时,pearson算法只是将dataset里所有基因按照与目的基因的相关性进行排序,即主要目的是生成一个基因的rnk文件,以便于下一步的富集分析。您问的”是否可以出来评价co-expression的数据来导入cytoscape做共表达的图?“, 意思是想用GSEA评价co-exprssion的结果?比如你推测A 和 B在某肿瘤可能共表达,倒是可以用gsea从功能或通路水平进行验证。
  • 火车二场
    火车二场  回复了帖子 western 小分子蛋白及内参歪歪扭扭 23天前
    不好意思,现在才回复你。我个人觉得可能是你制样的问题,严重影响到了sdspage。1,用loading buffer裂解细胞几乎能够提取细胞全部蛋白和核酸成分,再加上你12孔板用200ul裂解液进行裂解,提取物浓度应该很高的。若你再按照平时的上样量进行上样(10-15ul),绝对是跑不好SDS-page电泳的。2,你可以用水稀释5*loading为1*loading,而不是lysis buffer。3,其实,你若不是有特殊要求,我不建议用loading buffer直接裂解细胞,虽然收样简单和提取重复(我之前也这么做过),但提出的样品对低浓度的sds-page(7.5%以下)蛋白电泳行为影响较大,会直接影响wb的条带。4,对你现有的样品和结果,你可以把上样量减少到5ul以下。

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