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【请教】logistic 回归分析在研究中的应用

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  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  发布了新帖 Linux命名--TOP 2天前

    top命令结果分析top命令的第一行top:显示的内容依次为“系统当前时间 、系统到目前为止已运行的时间、当前登录系统的用户数量、系统负载(任务队列的平均长度)三个值分别为1分钟、5分钟、15分钟前到现在的平均值top命令的第二行Tasks显示的内容依次“所有启动的进程数”、“正在运行的进程数”、“挂起的进程数”、“停止的进程数”、“僵尸进程数”。top命令的第三行Cpu(s)显示的内容依次为“用户空间占用CPU百分比”、“内核空间占用CPU百分比”、“用户空间内改变过优先级的进程占用CPU百分比”、“空闲CPU百分比”、“等待输入输出CPU时间百分比”、“CPU服务于硬件中断所耗费的时间总额”、“CPU服务软中断所耗费的时间总额”、“Steal Time”top命令第四行Mem显示内容依次

  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  的帖子被加了1分 3天前

    R语言入门及绘图(一)

    以下是第一课的内容,不过今天只讲完了一部分,还有实操下次课再讲。内容讲的深入详细。如有疑问可以交流呀~下面是讲课的时候录制的视频:链接:https://pan.baidu.com/s/1PTzIeSp3a21IgbBfetXfVg 提取码:d9t8
  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  发布了新帖 R语言入门及绘图(一) 3天前

    以下是第一课的内容,不过今天只讲完了一部分,还有实操下次课再讲。内容讲的深入详细。如有疑问可以交流呀~下面是讲课的时候录制的视频:链接:https://pan.baidu.com/s/1PTzIeSp3a21IgbBfetXfVg 提取码:d9t8

  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  :春哥走了这么多天还是想他
  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  发布了新帖 肿瘤外显子--驱动基因预测 23天前

    1,OncodriveCLUST预测驱动基因 同义突变由于不承受选择压力,其突变位置是随机、无偏好性的,均匀分布于整个基因上,而功能获得性突变(Gain-of-function mutation)则往往在蛋白的某些特定区域聚集形成突变簇,分布特征的差异说明功能获得性突变使得癌细胞获得了选择性生长优势,因而在肿瘤发生发展的过程中受到了正向选择的压力。目前多数针对正向选择压力的分析方法都仅涉及突变频率,即鉴定出突变频率高于背景突变率的基因。OncodriveCLUST [10] 分析方法(Tamborero D et al. 2013)更全面地考虑到驱动突变在位点分布上具有形成突变簇的偏好性,利用同义突变无偏分布的特点构建背景突变率模型,寻找可能的驱动突变。 参考文献: https://www

  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  的帖子被加了1分 61天前

    WGCNA图文详解(五)-GS 与MM的关联

    还是老习惯,给出官网教程,至于你是看还是不看,它就在那里,等着你的深入研究~ https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/ 往期教程:  &n...
  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  回复了帖子 WGCNA图文详解(五)-GS 与MM的关联 61天前
    加油,要把这个系列写完~
  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  发布了新帖 WGCNA图文详解(五)-GS 与MM的关联 65天前

    还是老习惯,给出官网教程,至于你是看还是不看,它就在那里,等着你的深入研究~ https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/ 往期教程:     (一)WGCNA分析中的软阈值     (二)WGCNA分析中如何选择软阈值?     (三)聚类树Cluster Dendrogram图     (四)Module-trait associations图 WGCNA分析图文详解专题中要解释的第四张图,这张图有点不好

  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  发布了新帖 资料整理--总目录 74天前

    #zhangj#更新时间20190423不要脸的求打赏求收藏求投票!!!【资料整理】-生信基础入门(一)【资料整理】-R包安装镜像设置【资料整理】-R包安装-非常强大的帖子集合【资源整理】-搜索技能篇【小技巧】一次性取多个集合的交集-超好用-R语言【R语言学习】扫盲贴1【TCGA数据库专题】-临床资料里面的那些坑【GEO数据】GEO数据下载非常慢的解决办法

  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  :以后不会再在园子里发帖了,太恶心了使用感。
  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  的帖子被加了1分 104天前

    回复:生物信息版月度风云榜奖励-2019年7月

    id: 湖心 奖励:10丁当
  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  的帖子被加了1分 104天前

    小鬼的WGCNA图文详解(四)-模块性状相关性

    还是老习惯,给出官网教程,至于你是看还是不看,它就在那里,等着你的深入研究~https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/往期教程:(一)WGCNA分析中的...
  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  发布了新帖 小鬼的WGCNA图文详解(四)-模块性状相关性 105天前

    还是老习惯,给出官网教程,至于你是看还是不看,它就在那里,等着你的深入研究~https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/往期教程:(一)WGCNA分析中的软阈值(二)WGCNA分析中如何选择软阈值?(三)聚类树Cluster Dendrogram图WGCNA分析图文详解专题中要解释的第三张图,所有结果中最主要的结果图恐怕就是这张了:官方注释:Figure 1: Module-trait associations. Each row corresponds to a module eigengene, column to a trait. Each cell 

  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  的帖子被加了1分 109天前

    小鬼的绘图人生三境界《一》

    小编见过太多网上的教程:世人都只教你如何绘图(细心的贴出一堆代码),却不告诉你这幅图作何解释。王国维《人间词话》中提到了人生三境界:古今之成大事业、大学问者,必经过三种之境界:‘昨夜西风凋碧树。独上高楼,望尽天涯路’。此第一境也。‘衣带渐宽终不悔,为伊消得人憔悴。’此第二境也。‘...
  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  发布了新帖 小鬼的绘图人生三境界《一》 109天前

    小编见过太多网上的教程:世人都只教你如何绘图(细心的贴出一堆代码),却不告诉你这幅图作何解释。王国维《人间词话》中提到了人生三境界:古今之成大事业、大学问者,必经过三种之境界:‘昨夜西风凋碧树。独上高楼,望尽天涯路’。此第一境也。‘衣带渐宽终不悔,为伊消得人憔悴。’此第二境也。‘众里寻他千百度,蓦然回首,那人却在,灯火阑珊处’。此第三境也。 小编戏称作图也有三个境界:画,看,归纳总结。画,我们就不说了,网上随便一搜很多帖子很多高手都会教你如何绘制一幅精美的MA图。这里我们今天讲第二个境界:看。以常见的MA图为例进行说明。看图说话应该是小学一开始学习语文时就获得的技能,那么你还记得自己第一篇看图说话的作文是什么么?好了,言归正传,从上面这幅图中你能得到一些什么信息?小编下面来好好给你

  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  的帖子被加了1分 116天前

    回复:生物信息学---差异基因表达分析

    仯杪mm 想请教非癌症类型的疾病相分析差异基因的表达情况该用什么数据库进行分析??对于这句话,我觉得你应该想表达的意思是:1,数据在哪里进行检索?你可能知道TCGA里面存储的数据都是与癌症相关的,所以才会有这样的疑问。其实还有其他的公共数据库比如最常见的GEO(什么疾病类型的数据...
  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  回复了帖子 -20190320更 123天前
    11 链特异性建库的理解
  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  发布了新帖 小鬼的画图专题--总目录 128天前

    #zhangj#业余时间,沉浸在画图中不可自拔#更新时间20190422不要脸的求打赏求收藏求投票!!!【画图专题】火山图Volcano Plot--差异表达分析结果展示系列1【画图专题】barplot--功能富集结果展示之柱状图【画图专题】热图pheatmap()函数【画图专题】pheatmap函数画热图--进阶篇之行注释条【画图专题】热图ComplexHeatmap()函数【画图专题】PCA分析作图【画图专题】venn图【画图专题】小提琴图vioplot【画图专题】cytoscape画图技巧【画图专题】需求征集【画图专题】基因结构序列图GSDS

  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  发布了新帖 cytoscape画图技巧 128天前

    #20190131 记:每次画图除了自动调整网络的布局外,要想将图调整的好看一个度,需要自己每个点每个点手动去移动,问了挺多人,他们说都是自己手动移动的,简直能把自己累死,并且一次性画超級多张图片的时候,................。开贴收集资源,cytoscape画图技巧收集整理~1,资料整理1.1 cytoscape从入门级到骨灰级: http://www.360doc.com/content/18/0918/12/54670480_787635594.shtml1.2 cytoscape官网画图详细讲解:http://manual.cytoscape.org/en/3.6.0/Navigation_and_Layout.html比如画出来下面这样的

  • ScorpioGirls
    ScorpioGirls  发布了新帖 基因结构序列图GSDS 131天前

    1,在线网址http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php2,这次根据gtf文件绘制五个新预测出来的lncRNA序列结构图,最后结果如下网页版的可以输出pdf,png,svg格式的结果图片,还支持在线修改图片,很友好~

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