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    殷赋科技  发布了新帖 如何用机器学习的方法预测蛋白- 蛋白相互作用抑制剂? 6天前

    导语蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)与许多生物效应有关,所以特异性干扰蛋白质-蛋白质识别过程的小分子在将来的药物开发中将变得越来越重要。本文通过依赖经典QSAR描述符的机器学习方法,将具有蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)抑制剂的数据集与FDA药物数据库和ZINC数据库的子集进行比较,得到一个包含三个描述符(SHP2、nRCOOR、Mor11m)的决策树,通过相关程序验证,表明它不是偶然相关的结果,而是具有预测潜在PPI抑制剂价值的。此项工作创新性地定义PPI抑制剂识别规则,有利于PPI抑制剂设计及虚拟化合物数据库的评估和预筛。图.决策树筛选PPI抑制剂的过程研究过程1.建立PPI抑制剂数据库化合物分子量大于400g/mol,化合物结构高度多样性,选取FDA批准的药物数据库为参考的来源。2.描

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    殷赋科技  发布了新帖 机器学习辅助的方法发现新型BRD4抑制剂 28天前

    导语基因表达的表观遗传调控是导致多种癌症的重要因素,其中溴代域(Bromodomain,BD)受到广泛关注,其功能是识别乙酰化的赖氨酸(KAc)。在这些含溴结构域的蛋白质中,BRD4(Bromodomain-containing protein 4)是最主要的药物干预靶标,其功能异常与血癌、实体瘤等多种癌症相关。此外,BRD4抑制剂有抗炎,预防心力衰竭等作用,并且已有药物进入临床研究。但迄今为止,未有BRD4抑制剂被批准上市。因此,发现新型BRD4抑制剂可能为临床提供新的治疗方法。图1. 机器学习辅助筛选方法的工作流程研究过程1. 基于分子对接的第一轮筛选使用Maestro 9.1对蛋白(PDB:4GPJ)进行对接前准备。并对Specs和ChemPartner分子库进行以下处理:用Pipel

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    殷赋科技  发布了新帖 AutoDock的算法方法和同类软件的对比 45天前

    导语分子对接可用于预测化合物小分子在生物大分子中的结合构象及其结合能力,在研究蛋白-配体间相互作用机制和基于结构的计算机辅助药物设计上发挥重要作用。至今,该方法仍被用于从包含成千上万个化合物的化合物库中快速筛选苗头化合物,为药物发现和发展节省大量时间和成本。通常,分子对接以一个已知的结构作为出发点,然后用来预测小分子和靶标的结合构象和结合自由能。本文主要介绍最为流行的免费的分子对接软件AutoDock以及算法方法和同类软件。一:AutoDock是什么?AutoDock是一个开源免费的分子对接软件,目前,全世界大概有29000多个用户,它被广泛用于学术机构、政府、非营利组织以及商业机构。2011年1月,ISI引文索引指出超过2700篇已发表的文献中引用了AutoDock原始方法的文章。Auto

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    殷赋科技  发布了新帖 基于药效团的虚拟筛选发现新STAT3二聚体抑制剂 54天前

    1.导语信号转导和转录激活因子3(STAT3)在细胞生长调节和存活中起重要作用。在各种实体和血液肿瘤以及类风湿性关节炎和肺纤维化等其他病症中都表现出异常的STAT3激活或表达,从而使STAT3抑制剂的研究成为一个热点领域。为了发现STAT3二聚化的新抑制剂,使用基于受体的药效团模型筛选包含超过1320000种市售化合物的数据库。该模型包括在STAT3二聚体中鉴定的关键蛋白-蛋白相互作用,分子动力学模拟研究。四个候选化合物之一的STAT3结合测试揭示了对STAT3显著地抑制活性和选择性,从而验证了虚拟筛选工作流程的可靠性。此外,这种化合物被认为是开发新的更有效的STAT3二聚抑制剂的先导化合物。2.基于受体的药效团模型生成基于受体的药效团模型是基于与DNA结合的STAT3β同源二聚体的3D结构

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    殷赋科技  发布了新帖 计算辅助鉴定新型潜在PARP1抑制剂 59天前

    导语所谓合成致死(Synthetic lethality)是指两个非致死基因同时失活导致细胞死亡的现象。如果发现肿瘤中存在特定基因失活,那么用药物抑制它的合成致死搭档,就可以特异性的杀死癌细胞,不危害健康细胞。这样的策略有望实现更有效毒性更低的个性化癌症治疗,是抗癌药物研究的一个新方向。PARP-1是一种可以检测并且对于DNA结构损伤进行信息反馈的蛋白质,而且对我们遗传信息有致命性的伤害,如果PARP-1的活性受损,DNA螺旋的断裂并不会被修复,相反会转换成更多的危险类型的DNA损伤。在正常组织中,一种称为同源重组的修复机制可以将重获DNA碎片来进行DNA损伤修复。但是在携带有BRCA突变的癌症中,像特定的乳腺癌和卵巢癌,同源重组被抑制了。因此,癌症细胞依赖于PARP-1所进行的DNA修复过

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    殷赋科技  回复了帖子 计算机辅助鉴定潜在的TYK2抑制剂 60天前
    本研究利用学术免费的分子对接软件DOCK6和分子动力学软件GROMACS进行计算研究,发现了TYK2的潜在选择性抑制剂。
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    殷赋科技  发布了新帖 计算机辅助鉴定潜在的TYK2抑制剂 60天前

    导语形成非受体蛋白酪氨酸激酶的一个亚组的Janus激酶(JAKs)家族包含四个成员JAK1,JAK2,JAK3和酪氨酸激酶2(TYK2)。JAK1,JAK2和TYK2在各种哺乳动物细胞中普遍表达,而JAK3的表达似乎限于造血细胞。所有四个成员通过JAK-STAT途径在细胞因子受体信号转导级联中发挥关键作用。TYK2是响应于各种细胞因子而激活的JAKs家族蛋白酪氨酸激酶的成员。TYK2通过转录因子STAT激活,在各种细胞因子受体下游转导信号中起关键作用。因为这些细胞因子受体参与免疫疾病,所以TYK2的抑制可能显示出免疫治疗的益处。新型TYK2抑制剂提供了在治疗炎性疾病方面达到临床疗效的机会,表明可以实现TYK2选择性,并且TYK2抑制剂具有治疗益处。最近,W.D.Jang等研究人员在基于片段的

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    殷赋科技  发布了新帖 分子动力学模拟及ECD计算文章汇总 62天前

    分子动力学模拟分子动力学模拟是一套分子模拟方法,是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟,可以得到体系原子的运动轨迹,可观察到原子运动过程的各种微观细节。分子动力学模拟(简称MD模拟)是基于结构的药物设计的有用工具。一些情况下,在对接之前已经进行了蛋白质靶标的MD模拟以产生与晶体结构不同的可用蛋白质构象异构体。推荐文章:药物设计中的分子动力学过去十年来,计算能力大幅增长,使得计算机方法能够加速药物发现过程。分子动力学模拟,在基于结构的药物设计、探索蛋白质的能量和鉴定其生理构象方面尤其有价值,这个系列主要讲述MD模拟的相关知识和应用。推荐文章:分子动力学驱动的药物发现(一)分子动力学驱动的药物发现(二)分子动力学驱动的药物发现(三)这次的研究将使用 FTMAP算法对 MD集合中的个体结构

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    殷赋科技  发布了新帖 虚拟筛选相关文章汇总 65天前

    实体的药物筛选方法有严重的缺点:成本高、效率低、速度慢、样品量大、阳性率低(< 0.1‰)。相比之下,虚拟筛选方法具有很大的优势。采用高通量虚拟筛选方法可从大型化合物库(如约20万个化合物的SPECS库,超过1亿个可购买化合物的ZINC库)中迅速筛选出有潜在活性的药物分子,阳性率一般在5%~20%从原理上来讲,虚拟筛选可以分为两类,即基于受体的虚拟筛选和基于配体的虚拟筛选。在过去的几十年中,计算算法和计算机处理能力的进步使基于结构的虚拟筛选成为早期药物发现和开发中的流行工具。推荐文章:1.蛋白质配体对接:虚拟筛选应用于药物发现2.通过基于结构的虚拟筛选进行药物重新定位3.高通量虚拟筛选发现西尼罗河病毒NS3蛋白酶的非肽抑制剂4.基于查耳酮骨架的p53-MDM2相互作用抑制剂的设计、合成

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    殷赋科技  回复了帖子 殷赋科技 “Dock6 计算平台 1.0”产品发布会 66天前
    你好,我们有教程的呢,链接:http://dxy.me/Ajemea
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    殷赋科技  回复了帖子 定量构效关系及药效团文章汇总 67天前
    之前的几篇文章,可能是直接复制下来的,所以会出现图片看不了的情况。实在抱歉,以后不会出现这样的情况了。希望大家能持续关注我们~
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    殷赋科技  发布了新帖 定量构效关系及药效团文章汇总 67天前

    一:定量构效关系定量构效关系(简称QSAR),QSAR研究基于生物活性变化与一组化合物中的结构和分子变化相关联,从相关性产生统计模型,以开发数学模型预测新型化合物的生物学特性。推荐文章:药物设计工具之QSAR定量分子设计通过缩小千万级分子空间的虚拟搜索发现新的候选药物分子。它准确地计算靶点和候选药物之间的键合力,并且可以过滤它们的毒性和类药性质。推荐文章:定量分子设计加速新药发现尽管计算工具广泛用于非共价药物设计,但共价药物的计算方法很少。已经为非共价药物推出了数以千计的定量构效关系(QSAR)模型和对接研究,但对于共价药物却鲜有报道。推荐文章:计算机辅助共价抑制剂设计药物设计过程意味着化合物的优化,我们常常会使用大量的计算方法来预测毒性,包括定量构效关系(QSAR)模型、专家系统、3D-Q

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    殷赋科技  发布了新帖 分子对接相关文章汇总 67天前

    分子对接的本质是两个或多个分子之间的识别过程,涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。对接软件将小分子放在靶标分子的活性位点处,通过不断优化受体化合物的位置、构象、分子内部可旋转键的二面角和受体的氨基酸残基侧链和骨架,寻找受体小分子化合物与靶标大分子作用的最佳构象,并预测其结合模式和亲和力。推荐文章:1.乙酰酯酶和丁酰酯酶抑制剂的设计、合成、分子对接研究和活性评价2.基于分子对接、分子动力学和MM-PBSA计算预测双重抑制剂3.片段和结晶添加剂是否与类药性配体有相似的结合蛋白质-蛋白质相互作用与识别的研究是生命科学领域的重要研究内容,用计算的方法来进行蛋白-蛋白对接是对实验测定复合物结构的重要补充。用于治疗疾病的药物分子通常调节或阻断蛋白-蛋白相互作用,因此蛋白-蛋白相互作用位点也代表了一类重要的

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    殷赋科技  发布了新帖 殷赋科技 “Dock6 计算平台 1.0”产品发布会 70天前

    经过好几个通宵的赶工,我们的CADD计算平台终于得以准时发布面世,很感谢大家一直以来的支持!乔布斯开创了产品发布会这个模式,多年以后,人们回忆这场发布会:在 Apple Park 参加发布会,就像接受了一次宗教般的洗礼,这是乔布斯留给世人的最后一件作品。人们会记得 iPhone X、乔布斯剧院、Apple Park 和他的录音,乔布斯的精神遗产,不仅仅是苹果的基因,同样也激励了无数充满热爱的产品人。发布会本身不重要,它只是在向重要的产品致敬,向打造这个产品的日日夜夜致敬,向你们——每一个专心科研者致敬!还记得易中天先生早年清贫时候写的一副对联:学富五车,才高八斗,叹人间从此惜年少;身跻九流,家徒四壁,问天意何时重斯文。有次节目,一个学生代表问了他这幅对联。易中天先生给予了这样的回答:“这幅对

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    殷赋科技  发布了新帖 基于蛋白结构的ADMET预测 78天前

    导语药物化学项目最理想的目标是实现高效力和理想的安全性,为了达到这些目标,候选分子必须与主要靶点或靶标形成最佳的相互作用,并避免与反靶点不必要的相互作用。与非靶标的相互作用导致不期望的毒理事件。吸收(absorption)、分布(distribution)、代谢(metabolism)、排泄(excretion)和药代动力学(pharmacokinetics,PK)对功效和安全性都有显着影响,它们通常缩写为ADMET。大多数药物属于口服给药,首先将药物溶解在胃肠道中,通过肠壁吸收,然后通过肝脏进入血液循环。在分布过程中,活性药理成分通过生物屏障,到达身体各个部位、组织和器官;中枢神经系统药物通过血脑屏障进入大脑;分布使得药物能够结合其分子靶标,例如酶、受体或离子通道以发挥其药效学作用。然后将

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    殷赋科技  发布了新帖 多个生物医药计算问题及精彩解答,免费送上! 80天前

    小殷除了会专心的做科研计算,还有逛论坛的习惯。有时候太忙了,看到很多论坛上有关生物医药计算的问题,都很少人去解答,久而久之,问题帖子就这样空在那里了。于是,小殷想到在我们的微信公众号上做一个“问题集中专栏”,大家在生物医药计算上有什么困扰,都可以在我们的相关媒体平台上留言告诉我们,我们都会一一用心的回答!每周,我们都会整理出最为典型的几个问题,展示给大家。一来,鼓励大家踊跃提问;二来,也可以给有同样问题的朋友提供参考;第三,也希望能够得到各路大神的指正,还有讨论!Question:Q     Answer:A(下同)Q1:AMBER没有葡萄糖的参数文件,要用GAUSSIAN计算,只算一个葡萄糖的单体。A:一种有效的方法是:用Gaussian计算葡萄糖ESP电荷后,再用An

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    殷赋科技  发布了新帖 分子对接项目分析报告 87天前

    只是和大家分享下“分子对接”的项目分析,并没有企图打广告的因素。未经允许,禁止转载,谢谢。

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    殷赋科技  发布了新帖 计算机辅助共价抑制剂设计 88天前

    关注殷赋科技,科研计算更简单!导语非共价相互作用,包括静电相互作用、氢键、范德华相互作用和疏水性接触都有助于配体与受体、酶和离子通道的亲和力和特异性。因此,药物的开发主要依靠优化非共价相互作用来提高对靶标的效力和选择性。然而,许多制药公司和学术团体采用的这种方法忽略了一类药物:可以与酶或受体形成共价键的药物。虽然特异性一直是成功的药物化学项目关注的重点,但数年来的统计数据显示,市场上销售的药物平均达到六个靶标。对蛋白质、核酸和其他关键生物分子的非特异性修饰以及与谷胱甘肽缀合的毒性引起的恐惧长期以来抑制了共价药物的发展。尽管大多数药物化学研究计划被废弃,但是各种共价药物已经进入市场,包括大片药物(图1)。这种明显的悖论是由于它们的治疗应用被发现之后,其作用模式被解开,一个著名的例子是阿司匹林,

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    殷赋科技  发布了新帖 天然先导化合物到候选抗癌药物的优化策略(三) 88天前

    除药效和ADMET性质之外,将天然产物开发为治疗药物的另一瓶颈是化学可及性。本文主要讲述天然先导化合物到候选抗癌药物的优化策略之提高化学可及性。提高化学可及性许多天然产物的供应常常受到限制,在环保问题的压力下情况可能更糟。另一方面,虽然全合成可以作为生产天然产物的替代方法,但是由于许多天然结构的复杂性,更有可能成为学术上的胜利,而不是药物供应的替代来源。生物合成技术可能是一个潜在的解决方案,但在真正适用于工业规模之前,仍面临严峻的技术挑战。值得注意的是,可再生天然前体的半合成是解决化学可及性问题的实际策略。一个典型的例子是高三尖杉酯碱,在2012年批准用于治疗慢性骨髓性白血病(CML)的蛋白质合成抑制剂,三尖杉碱直接酯化得到高三尖杉酯碱,三尖杉碱比高三尖杉酯碱更容易获得。基于复杂天然结构的简

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    殷赋科技  回复了帖子 天然先导化合物到候选抗癌药物的优化策略(二) 89天前
    谢谢,有不懂的,大家可以一起讨论哦!

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