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丁香客

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  • 棉子糖
    棉子糖  加入了调查派 459天前
  • 棉子糖
    棉子糖  : 我在丁当抽奖抽中了SCI接收函,获得2.0个丁当。你也来试试手气吧:http://dxy.me/fUf6Zj
  • 棉子糖
    棉子糖  回复了帖子 外泌体研究,用血浆还是血清? 865天前
    你是研究什么疾病的?如果是精神类疾病,可以优先选择脑脊液,如果普通的,优先选择血浆,如果疾病与血小板相关,优先选择血清
  • 棉子糖
    棉子糖  回复了帖子 什么样的lncRNA研究能登顶Science 935天前
    多看几遍
  • 棉子糖
    棉子糖  回复了帖子 课题方向不知从何下手,看这里 972天前
    上传了说内容含敏感信息,去我博客看可以http://dxy.me/BVnYVj
  • 棉子糖
    棉子糖  回复了帖子 课题方向不知从何下手,看这里 972天前
    我重新传一份
  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 一键获取基因的TF,miRNA、lncRNA及上下游基因调控网络 992天前

    在做基因研究的时候,有时是不是苦于寻找其上下游调控基因,TF,miRNA等。数个数据库,N篇文献来回翻,才能辛辛苦苦拼起一张基因调控网络图。GCBI的调控网络功能,一键就可查实现查看某个基因的调控网络,内容涵盖其上下游调控基因,TF,miRNA,lncRNA。如想知道CXCL14的调控网络,怎么破?进入GCBI官网-基因雷达页面GCBI官网   www.gcbi.com.cn搜索CXCL14基因雷达的展现分为四个维度——科研热度(原全景雷达)、相关疾病(原疾病雷达)、调控网络和表达概况 。调控网络结果点击调控网络, 出现如下CXCL14的调控网络,如下图所示,与之相关的基因,TF, lncRNA全都展现在了图中。界面由三部分组成,图,标识说明和详细列表。图以和弦图展示,由目的基因发

  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 如何找基因的上下游 1010天前

    搞生物的羡慕搞化学的,做机制的羡慕做应用的,生物&研究机制的,此处省略100字(说多都是泪)虽说如此,但小编还是偏向于机制研究类的,一定是小时候十万个为什么看多了。今天就先来聊聊调控机制二三事……在机制探索中,通常第一步是找出关键基因,继而以它为中心展开,看其受到哪些基因调控,又调控了哪些基因,就是所谓的找其上下游基因,进而摸索出一整个调控网络。比如说这篇文献(PMID:17914389)发现基因CCL5在乳腺癌转移中具有重要作用,但文章中并未说明CCL5是如何起作用的。今天就以文献中的数据来看看如何快速找到某个基因的上下游基因。在GCBI上找到这批浸润型导管癌(乳腺癌的一种)的数据GSE8977(找数据方法看这里),对数据进行重新分析(分析方法见文末),样本中CCL5表达上调。那怎

  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 如何在现有数据上,再发1+篇文章 1103天前

    在之前我们分别介绍了研究mRNA,miRNA,lncRNA的实验思路,在各自成文后,还能否进行联合分析从中挖掘更多有意思的东西呢?这就是今天要介绍的ceRNA网络分析。ceRNAceRNA(competing endogenous RNAs),竞争性內源RNA,其不是新的RNA,而是从功能上定义的一类RNA的总称。ceRNA具有miRNA结合位点(MRE), 能够竞争性结合miRNA, 抑制miRNA对靶基因的调控。ceRNA包括mRNA、假基因、lncRNA、circRNA等。ceRNA从全新的角度解释转录体如何构建基因表达调控网络,有助于从更深层面上挖掘基因功能和调控机制。ceRNA研究思路如果要进行ceRNA研究,该从何切入?首先看个ceRNA研究示例。案例Long noncoding

  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 课题方向不知从何下手,看这里 1108天前

    在科研的道路上,似乎每一步都显得十分不易,从课题方向的选择,实验的实施,到最后文章的撰写。今天我们就来聊聊第一步,课题方向的选择问题。课题决定了研究高度,有时是不是在课题方向上不知从何下手?对此,在这给大家支简单的两招。第一招 结合热点最好是结合热点,热点,热点,重要的事情说三遍。哪里热门往哪靠,常规的做法可能是选择一个热门的领域,比如说现在很热门的外泌体,高手可能是将两个热门结合在一起。那大神会如何?看了下面这篇文章就深有体会了。文章案例Potentiating the antitumour response of CD8+ T cells by modulating cholesterol metabolism研究领域:细胞免疫治疗        

  • 棉子糖
    棉子糖  回复了帖子 外泌体的那些事part1 1110天前
  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 什么样的lncRNA研究能登顶Science 1118天前

    长链非编码RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA。LncRNA一直是研究的热点,其作用机制多元,并不像miRNA那样具有固定的模式,这也是研究的难点之一。那如何去开展LncRNA研究呢?在转录组研究中,研究思路不外乎高通量测序,差异表达分析,选择感兴趣的基因进行功能研究。在上篇推文中,作者实验加生信分析,做到功能预测这一步,就发了4.5分SCI,那如何发高一点,再高一点的SCI呢?今天就一起来看看Science上的lncRNA研究是如何做的。文章案例The STAT3-binding long noncoding RNA lnc-DC controls human dendritic cell differentiation

  • 棉子糖
  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 教你如何做趋势分析 1151天前

    在实验的设计中,我们经常需要了解基因随时间,温度,药物浓度等变化的表达趋势。当生物体按照一定顺序发生变化或者受到外界环境刺激(如受到不同浓度的化学药物诱导)时,基因表达变化也会呈现趋势特征。 趋势分析趋势分析(STC, Series Test of Cluster)就是发现基因表达的趋势特征,将相同变化特征的基因集中在一种变化趋势中,从而找到实验变化过程中最具有代表性的基因群,揭示生物样本在变化过程中所特有的规律。 应用场景举例观察基因随时间的变化是趋势性分析应用较多的场景,下面我们就以此来看看趋势性分析的具体应用。案例Genes related to the very early stage of ConA-induced fulminant hepatitis: a

  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 外泌体研究,用血浆还是血清? 1173天前

    上次课程有句话让楼主印象深刻,Exosomes are secreted by all mammalian cell types in culture.那如何去选择我们的实验样本?取样的时候需注意些什么?外泌体又如何保存呢?上周四刚好赶上中秋,GCBI公众号也放了个小假,小编回来后赶忙补上上周高老师讲的外泌体样本收集与保存的课程,视频详情请戳:外泌体的分离方法介绍你研究的是哪种样本,需要特别注意哪些方面呢?一起来看看高老师的建议吧。1 细胞培养上清 2血液受限于样本,血样一般取2ml。那血浆or血清?血浆=血液-血细胞血清=血浆-纤维蛋白原-凝血因子血清是血液凝固之后收集的液体,所以其中少了纤维蛋白原,凝血因子,以及多了很多凝血产物。纤维蛋白原可转化为纤维蛋白,具有凝血功

  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 外泌体的那些事part1 1177天前

    外泌体在1980年首次被发现后,其被认为是细胞排泄废物的一种方式。随着研究不断加深,发现外泌体功能多样,其可参与到机体免疫应答、抗原提呈、细胞迁移、细胞分化、肿瘤侵袭等方方面面。近年来外泌体研究热度持续增长,从2011年后发表的文章数量激增。在应用方面,外泌体被广泛应用于液体活检。由ExosomeDiagnostics开发的全球首个基于外泌体RNA的液体活检产品于今年1月份上市,其可灵敏、准确、实时检测非小细胞肺癌(NSCLC)患者的EML4-ALK突变。外泌体如此之火,科研敏感度极高的高老师立马在石榴课堂策划了一系列关于外泌体的讲座。上周四高老师就带大家认识了外泌体,从定义、形成、功能和分离详细介绍了关于外泌体的基础知识。课程视频请戳http://college.gcbi.com.cn/kecheng/869.jhtml

  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 分分钟get权威文献 1180天前

    您没有权限阅读该帖子

  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 实验经验tips——血清血浆之miRNA 1200天前

    这是我们GCBI实验室在做miRNA芯片的时候发现的在血清血浆中稳定表达或不表达的miRNA 41个,在这里和大家分享一下。软文发在GCBI知识库公众号,以后我们也会定期分享一些实验经验和生物医学前沿动态,欢迎大家过来交流。GCBI实验室,带你轻松get实验小经验! 小GWuli实验室小伙伴经历了N次miRNA实验的历练之后,凭着敏锐的生物嗅觉,在茫茫的实验数据中竟然闻到了一丝不同寻常的气息,难道生物小农从此要翻身……顿时启动开挂模式,经过严谨的分析确证之后,仰天长笑三声,虽然nature无望,但也是前无古人的发现呀。本着科学无国界,学者一家亲的原则,小伙伴要在这里和广大科研同胞们分享他的小秘密啦。那小伙伴到底发现了啥有意思的东西呢?原来小伙伴用 Affymetrix miRNA4.0基因

  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 Hot or not,从国自然看近年生物研究热点 1200天前

    上周2016国自然揭晓,看着审批下来的项目就想总结一下近年的生物研究热点,参考了很多资料,但自身知识受限,目前主要拎了四个点,不足之处还望指教,欢迎大家讨论和补充。软文发在GCBI知识库公众号,上面我们会定期分析新的东西,感兴趣的同学可以关注一下。8月17日,科学界翘首已盼的2016国家自然科学基金项目评审结果终于揭晓,在181.8亿元的大蛋糕中,生命科学和医学科学资助金额分别达10%和20%左右。早前,科技部发布了36个国家重点研发计划重点专项,其中有6个专项与生物医学领域直接相关,具体包括:1)“蛋白质机器与生命过程调控”重点专项2)“精准医学研究”重点专项3)“生殖健康及重大出生缺陷防控研究”重点专项4)“生物医用材料研发与组织器官修复替代”重点专项5)“生物安全关键技术研发”重点专项

  • 棉子糖
    棉子糖  发布了新帖 跑SDS泳道背景深 1656天前

    大家帮我看看,跑的SDS,这张胶图出现的问题,泳道背景深,且有严重的竖条,原因是什么呢?求指教,在此谢过了。

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