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基因组注释

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结构变异structural variant的一些不解

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  • 彭春方
    彭春方  的帖子被加了1分 1152天前

    回复:序列比对种子序列

    seea sequence,就是种子序列。但是在不同数据库和软件的用法和定义还有些不一样。比如在rfam数据库中,seed sequence 的定义为The "seed" alignment is a hand-curated alignment of kno...
  • 彭春方
    彭春方  加入了调查派 1235天前
  • 彭春方
    彭春方  : 结构变异structural variant的一些不解 http://dxy.me/JJvY7f 最近在看一些结构变异的文章,有很多问题非常不解,望相关的专业研究员能帮忙解答一下: 1: 结构变异的长度:不同的文章对于结构变异的长度说法不一。有些认为结构变异应该是基因组中较长范围...
  • 彭春方
    彭春方  回复了帖子 基因组注释 2851天前
    或许在基因预测之后,重新检查基因集是否有遗漏(比如跟近缘物种已经订好的基因集进行比较),如果所遗漏的基因位于N区或者contig/scaffold的末端,那么很可能是组装不完整造成的。之后可以用人工校正的方法做一下弥补
  • 彭春方
    彭春方  回复了帖子 序列比对种子序列 2951天前
    seea sequence,就是种子序列。但是在不同数据库和软件的用法和定义还有些不一样。比如在rfam数据库中,seed sequence 的定义为The "seed" alignment is a hand-curated alignment o...
  • 彭春方
    彭春方  回复了帖子 Repeat Sequence 求助 2954天前
    我也推荐一下如果是找串联重复序列,建议用TRF如果是找LTR,建议用LTR-finder
  • 彭春方
    彭春方  回复了帖子 转座子鉴定 2954天前
    cdragon,请问你建议微生物基因组用以上的分析方法的理由是不是:微生物基因组中大部分重复序列都是由IS或者MITE组成的,其他类型的转座子很少?
  • 彭春方
    彭春方  回复了帖子 转座子鉴定 2955天前
    denovo+repeatmasker/proteinmasker
  • 彭春方
    彭春方  发布了新帖 基因组注释 2955天前

    基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。1:重复序列的识别。重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列(Interpersed repea...

  • 彭春方
    彭春方  回复了帖子 求助关于repeatmasker的问题 2964天前
    各列分别的意义是:比对上的smith-waterman得分替代率缺失率插入率ScaffoldIDScaffoldmatch起始点Scaffoldmatch终止点Scaffold剩余未被屏蔽的长度C=表示匹配的是库中重复序列的互补链重复序列名称重复序列分类重复序列家族重复序列上的起...

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