选择模板

更多 发表的帖子

1086

浏览

拿什么拯救你啊!

回帖:29    收藏:0    投票:0

1050

浏览

【讨论】关于实习

回帖:17    收藏:2    投票:0

3668

浏览

关于考研锻炼身体

回帖:24    收藏:3    投票:0

更多 最新动态

  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 考研失败后的路,该怎么走? 4天前
    好好过年总结教训来年2战现在想在好点的城市站稳脚,本科真的不行。
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 [原创]初学者分享GEO在线分析工具的操作步骤 11天前
    哈哈哈,您说的对,也说的不对。但是,GEO芯片只会越来越多,如果做很久以前的重复概率大,所以要做新的,并且出文章要快,或者找到别人不常用的套路做,重复率会大大降低。现在GEO的生信文章常规套路就是差异分析,富集分析,PPI,如果再做这些,重复率肯定大大增加,不妨换个思路。我做肿瘤,通常会结合GEO以及TCGA的数据分析,这样重复率就相当低了。
  • 康小杨
    康小杨  的帖子被加了1分 14天前

    回复:[原创]初学者分享GEO在线分析工具的操作步骤

    凉减贰 楼主你好,刚学习GEO的小白,看了很多教程,也大概知道怎么按照示例的芯片提取数据进行分析之类的,但是我一直想知道怎么在GEO数据库里找到自己想要的芯片?比如我想找基因A在癌症B中是否在某个通路中富集,怎么找到要进行分析的芯片?搜索A+B+通路吗?谢谢楼主!!GEO找芯片有...
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 [原创]初学者分享GEO在线分析工具的操作步骤 14天前
    GEO找芯片有以下几种方法:1. 进数据库库搜索自己研究的肿瘤,限定特殊的条件比如人还是细胞株,小鼠还是大鼠等。2. 多读自己研究肿瘤方向的芯片文章,文章里面一般会列出。3. 学会检索,除了pubmed还有Google学术。比如我想找基因A在癌症B中是否在某个通路中富集,怎么找到要进行分析的芯片?这个提问感觉您好像对数据挖掘不太理解,建议您多读几篇文献理解数据挖掘常规套路。想研究基因A在癌症B中是否在某个通路中富集园子里有很多教程,如GSEA,KEGG,Reactome.附送传送门:http://dxy.me/rSp2E9
  • 康小杨
    康小杨  的帖子被加了1分 37天前

    回复:[原创]初学者分享GEO在线分析工具的操作步骤

    舒涂童规 GEO2R已经分析出差异基因了,请问第二个小工具有链接吗?怎么用第二个小工具做聚类分析呢?很棒!聚类分析你点一下display。既然做到这一步了,我再帮帮你啦~把你的结果下到本地,保存为txt文件,如果是EXCEL文件,请新建一个txt文件,名称为Exp,然后把exce...
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 [原创]初学者分享GEO在线分析工具的操作步骤 38天前
    很棒!聚类分析你点一下display。既然做到这一步了,我再帮帮你啦~把你的结果下到本地,保存为txt文件,文件的行名是样本名,列名称是差异基因,中间是表达量,然后安装好R软件。附送安装传送门:http://dxys.com/ff3D9c;安装好之后就安装函数包:if(!require("pheatmap")) install.packages("pheatmap",update = F,ask = F)设置工作路径:setwd("")然后读取你的文件(txt文件):Exp<-read.table("**.txt", sep='\t',header=T,row.names=1)library(pheatmap) #加载函数包tiff(f
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 [原创]初学者分享GEO在线分析工具的操作步骤 41天前
    眼见为实,其他分析方法你都没有用,怎么知道?
  • 康小杨
    康小杨  的帖子被加了1分 49天前

    回复:生物信息版月度风云榜奖励-2018年11月

    ID:康小杨奖励:1积分
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年11月 49天前
    ID:康小杨奖励:6丁当谢谢版主
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年11月 49天前
    ID:康小杨奖励:1积分
  • 康小杨
    康小杨  的帖子被加了1分 50天前

    回复:手把手教你如何使用GSEA

    narutao 楼主介绍了GSEA具体分析操作步骤很详细。1.有几个问题需要说明一下,样本分类文件normal和tumor有时候会报错。可以修改为将normal改为0,tumor改为1.2.有个问题请教,不知道楼主用的什么数据跑的GSEA,我们在TCGA可以下到Count,FPK...
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 手把手教你如何使用GSEA 50天前
    前辈这个问题问的非常好,这也是我以前考虑过的问题,生信分析到底用什么类型的数据做比较合适,由于我专业背景不是生信信息学,不会算法,我所获取的知识都是在网上搜索得到的,以下是个人见解,仅供参考,不对之处还请及时指出。TCGA数据类型确实比较多,但当前转录组的主流分析为EdgeR,Deseq2,Limma.前两个函数包分析的主要类型为count数,而limma分析的矩阵类型主要以FPKM为主。那么count数与FPKM有什么关系呢?count数就是比对到某基因的reads数,是某个转录本/基因的测到的原始reads条数。FPKM是每千个碱基的转录每百万映射读取的fragments。两者解释请移步:http://dxys.com/xaQ0RD
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 [原创]初学者分享GEO在线分析工具的操作步骤 55天前
    是的,可以用R语言中的sva包, http://dxys.com/HWlUVC祝好运喽~
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 [原创]初学者分享GEO在线分析工具的操作步骤 55天前
    首先,录入几个数据集需要去除不同芯片之间的批次效应,然后做差异分析。差异分析得出来的差异基因取交集产生的基因说明在这几个芯片中都有重要作用,是可以一块做富集分析的。个人见解,仅供参考,希望有帮助到你,祝好运~
  • 康小杨
    康小杨  的帖子被加了1分 77天前

    回复:生物信息版月度风云榜奖励-2018年10月

    id: 康小杨奖励:1积分   
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年10月 78天前
    id: 康小杨奖励:6丁当谢谢版主~   
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年10月 78天前
    id: 康小杨奖励:1积分   
  • 康小杨
    康小杨  的帖子被加了1分 78天前

    回复:geo2R分析结果是否可靠,或用什么方法去验证

    GEO网站的GEO2R本身就是R运行出来的,只不过是个流程化,你改不了具体的参数罢了,R分析芯片有很多函数包,如limma, EdgeR, Deseq2,每一种函数包的算法都不一样,结果肯定是有出入的。前期数据挖掘出来的结果,只是一种预测,最终还是得靠实验去证明,比如PCR, W...
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 geo2R分析结果是否可靠,或用什么方法去验证 78天前
    GEO网站的GEO2R本身就是R运行出来的,只不过是个流程化,你改不了具体的参数罢了,R分析芯片有很多函数包,每一种函数包的算法都不一样,结果肯定是有出入的。前期数据挖掘出来的结果,只是一种预测,最终还是得靠实验去证明,比如PCR, Western blot等。如果没有条件做实验,就从多方面证实。首先挖掘出来的基因,可以去同一种疾病相同模型的芯片去证实,是否高表达,或低表达,但得去除批次效应。再者,去更多的样本中证实,比如肿瘤可以去oncomine, TCGA, SEER数据库下载文件进一步验证,做该基因的生存分析,或者分析该基因与肿瘤临床分期或病理分级的相关性。最后结合多芯片进行综合分析,如果一个基因在很多GSE中都有表达,不妨使用meta分析的方式,进行综合效应的分析。希望有帮助到你,祝
  • 康小杨
    康小杨  回复了帖子 细胞核会随着细胞形态改变吗 86天前
    谢谢前辈回复,我养的是HK-2细胞,正常情况下是铺路石样,给与TGF-β刺激后,细胞变成了长梭形,做P-P65的荧光,发现有的细胞核发生了变化,但有的没有,所以在想到底要放变形的核入文还是不变形的。经查阅相关文献,发现大多数文献里细胞核未发生形态变化,但我细胞的核变刺激后变成很长的那种椭圆(很明显),担心后期审稿人质疑,毕业在季,不想投稿来回折腾。

关于我们|联系我们|版权声明|资格证书|丁香志|加盟丁香园|友情链接 丁香园旗下网站: 丁香园|丁香通| 人才|会议|药学|博客