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  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 文献精读——精神分裂症中环状RNA表达谱分析(下) 178天前

    上一期的推送中我们简要介绍了一篇发表在《Neuropsychopharmacology 》上的精神分裂症环状RNA研究,文章通过对来自DLPFC脑区的转录组测序数据进行分析,揭示了精神分裂症相关环状RNA的表达图谱。接着上期的内容,我们来继续探讨文章后半部分更为高级的生信分析内容。环状RNA的表达变化是否与宿主基因相关联?为了回答这个问题,研究人员通过Total RNA建库的数据将环状RNA表达相对变化与其宿主基因表达的相对变化进行比较。他们发现尽管只有半数的差异环状RNA的宿主基因体现出相同的变化趋势(如下图A),但环状RNA表达下调与对应宿主基因的表达差异具有微弱的相关性(P=0.022,如下图A)。但是这种相关性在全部环状RNA集合中便不再存在了(如下图B)。说明环状RNA在

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 文献精读——精神分裂症中环状RNA表达谱分析(上) 178天前

    环状RNA的研究依旧如火如荼,但在精神分裂症(schizophrenia ,SCZ)中的研究还是比较匮乏的。今年2月,发表在《Neuropsychopharmacology 》上的一篇文章首次系统的分析了精神分裂症中环状RNA的表达图谱。这篇文章几乎全是生信分析,且从投稿到接受仅仅只用了三个月的时间,由此可见其行文的严谨性。那么,究竟是什么打动了编辑和reviewers? 让我们用两期的推送仔细品读一下该文章。workflow首先用一张图描绘一下文章的分析流程。如下图,可以看到作者采用了两种建库方式进行测序,分别得到total RNA来源的circRNA reads和线性酶消化后富集的circRNA reads。这两种建库方式各有优势,相辅相成,帮助作者完成图中的各项分析任务。病例

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 寻因溯果 — — 浅谈孟德尔随机化及其在GWAS研究中的应用 178天前

    要聊起今天的话题就得从流行病学讲起。人们通常采用随机对照试验(random control trial, RCT)研究暴露因素X与疾病结局Y之间的直接关联证据,但该方法往往受限于人类医学伦理与诸多的试验设计,再加上近年来广泛出现的大样本GWAS数据,表观遗传学以及各种“组学”数据,使得在因果关系推断的研究中面临诸多挑战。借助孟德尔随机化(Mendelian Randomization, MR)的设计思想,将基因或者表观遗传标记作为待研究暴露因素的工具变量,为解决上述问题提供了有效的途径。本文以笔记的形式简要介绍孟德尔随机化的理论基础和基于GWAS数据的R包实践。MR法研究设计原理首先,通过回忆高中物理知识大家都知道孟德尔遗传的基本思想遵循"亲代等位基因随机分配给子代",在基因型决定表型的前提

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 R语言制作热图的一个小实例 242天前

    热图(heatmap)用不同的颜色和颜色的深浅来展示数据之间的差异,直观、美丽、大方,深受科研工作者的喜爱,尤其是转录组类的文章里,几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作,比如我们最常使用的excel;还有一款比较好用的制作热图的工具是CJ大神开发的工具TBtools,在公众号生信札记有比较详细的教程,感兴趣的可以自行搜索相关教程;今天这篇文章主要介绍利用R语言的 pheatmap 包和 ggplot2 包制作热图的简单小例子。pheatmap是R语言中专门用来制作热图的工具包;ggplot2是R语言中最常用的可视化工具包。R语言中还有一个专门用来绘制热图的工具包ComplexHeatmap,功能比pheatmap强大,帮助文档非常详细,感兴趣的可以自行查阅帮助文

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 16S测序分析系列(一)菌属丰度表获取 243天前

    Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从Miseq测序数据中快速提取出可以用来统计分析的菌属相对丰度表”的工作流程。该丰度表是做菌群研究最为基本的数据,要想发文章还必须做大量的统计分析。在以后的文章中我们会继续推出一些统计分析方法,敬请期待! 软件准备Linux环境:1.       FastQC质检下机数据软件地址:https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/2.       Cutada

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 Circ-Vav3作为gga-miR-375海绵能够促进上皮-间质转化 243天前

    ALV-J 是一种能够在鸡群中通过水平传播、垂直传播或者通过遗传传播的高危致死性病毒,目前为止,还没有为 ALV-J 开发有效的疫苗,主要还是通过抗性筛选的方式繁殖鸡群。作者就该问题,通过建立circRNA文库及RNA-seq获得相关数据,结合实验验证 ALV-J 病毒侵染过程中关键途径的响应,提供一个新的治疗靶点。 该篇文献于19年1月4日在线发表在 RNA Biology上,通过实验验证该团队在17年发表的circRNA数据文章中预测的结论。对circRNA – miRNA – mRNA 的实验验证手段有一定的参考价值。 研究背景miR-375是一个研究明确的肿瘤 (肿瘤大小与入侵) 抑制miRNA,涉及多种类型的癌症。Yes-associated protein 1

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 原来,CircRNA也可以这么分析 243天前

    环状RNA(circular RNAs, circRNA)是一类由 mRNA 前体经反向可变剪切而来的共价闭合且保守的单链转录本,长度跨度从几十bp到几千bp,在表观遗传及各种细胞过程中发挥重要作用。 circRNA主要作用机制:(1)    能够通过miRNA sponge方式作为一种内源性竞争RNA(ceRNA)参与转录后调控。(2)    核内circRNA能够结合Pol II 复合物或者与启动子相互作用,调控转录过程。(3)    mRNA 前体的可变剪接由于介入环化的外显子,导致基因表达的改变。(4)    circRNA能够直接与蛋白互作形成特定的ci

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 进化树分析发现:新型R.gnavus进化支富集于IBD患者肠道内 272天前

    IBD(炎症性肠病)是一种慢性胃肠道炎症,该疾病可能是宿主对肠道微生物的免疫应答导致的。IBD和活性氧和活性氮的产生增加有关系。而活性氧和活性氮能引起宿主细胞和肠道微生物群的氧化应激反应。有研究发现,IBD病人肠道微生物中微生物氧化应激有关的功能通路的丰度会增加。但是该通路有关微生物未知。本文试图探索两个重要的问题:1. IBD高氧化应激肠道环境是如何影响肠道微生物的?2. IBD相关菌株是如何适应IBD高氧化应激肠道环境的(机制)? 文章简介:期刊:Genome Medicine影响因子:8.8通讯作者:Curtis Huttenhower时间:2017年单位:Broad Institute of MIT and Harvard名称:A novel Ruminococcus gn

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 如何选择合适的call SNP软件? 277天前

    说起基因组分析,人们第一想到的往往是作为黄金标准的GATK。GATK最新出到了4.0.12版本,准确度上有了进一步的提高,其引用率从2010年到现在更是达到了9000+,可见其受欢迎的程度。但是,随着技术的进步和大量生信人员发文章的需求,总会有一些软件出来挑战GATK的地位,本次笔者依据18年发表在SCIENTIFIC REPORTS的一篇文章来为大家介绍下两个很有潜力的软件,DeepVariant和SpeedSeq。DeepVariant是基于谷歌的TensorFlow训练开发的,通过卷积神经网络(CNN)模型对已知样本进行训练得到了一个可以在低覆盖度测序样本分析时显著提高准确度的软件。该软件18年发表在nature biotechnology上,笔者认为,基于TensorFlow深度学习

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 经验分享|GATK4 Mutect2与 GATK3 MuTect2的应用区别 290天前

    相信经常做SNP或者SNV突变位点研究的人,对GATK的名字一定很熟悉,它的全称是Genome Analysis ToolKit,是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件。GATK主要用于人类的全基因组和外显子组的测序数据,目前大部分数据来源于Illumina测序平台。当然,随着技术不断发展,现在也可以用于其他物种的分析,也支持Copy Number Variation和Structure Variation的检测。目前最新版本是4.0.4.0, 即GATK4,与之前的版本相比,版本4在算法上进行了优化,运行速率有所提高,同时也整合了picard软件的功能。GATK软件提供了5套完整分析流程,我们一般叫它 GATK Best Practices: 1) Germline SNPs + In

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    小生小声  发布了新帖 不做实验也能发SCI 360天前

    背景:帕金森疾病(Parkinson’s Disease,PD)是第二常见的神经退行性疾病,发病机制复杂。其中,遗传因素是重要的原因。目前,已经发现了大量的基因突变与PD相关,但背后的联系和机制仍然悬而未决!因此,采用网络和通路分析可能在回答这些科学问题上有一定的作用。于是,作者开始了相关的研究,文章于2016年发表于Mol Neurobiol(IF=5),比较新,也比较不错,具有借鉴价值。 研究路线:1.收集PD相关的致病基因通过关键词在PUBMED (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)上检索已经发表的文献。最终,作者找到了242个基因与PD相关,称之为PD-related genes set ( PDgset )。然后,作者对PDgset中

  • 小生小声
    小生小声  回复了帖子 你真的能做好环状RNA敲除实验吗? 361天前
    《circRNA高分文章解读——高通量分析篇(上)》是这篇的上篇,Circ-ZNF609 Is a Circular RNA that Can Be Translated and Functions in Myogenesis
  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 circRNA 综述系列|文献阅读 2| 两篇综述带你全观circRNA的研究进展(二) 374天前

    上一篇综述型文献主要讲述了circRNA在过去几十年中的研究状态停滞的原因以及近几年爆发式增长的研究进展,集中描述了circRNA在生物合成途径以及潜在的生物学功能,本篇文献阅读将分享来自同一团队在2018年8月发表在Molecular CellI上的综述,文章题目为The Biogenesis, Functions, and Challenges of Circular RNAs,文章主要聚焦近几年的circRNA研究进展,逐一展开circRNA表达过程中所受的调控,同时概括最新发现的circRNA所发挥的功能,文章链接为https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.06.034。背景随着测序手段的不断发展,目前已报道超过10,000条circRNA,分别存在

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 circRNA 综述系列|文献阅读 1| 两篇综述带你全观circRNA的研究进展(一) 374天前

    研究表明,circRNA广泛表达,超过10%的测试细胞及组织中都具有表达circRNA的能力,已成为前沿研究的热点。综述主要讨论了circRNA的识别、生物合成、潜在的生物学功能,例如miRNA吸附、调控转录本以及干扰mRNA前体剪切,并进一步指出研究中的主要挑战。文章题目为The biogenesis and emerging roles of circular RNAs。 背景:由于circRNA缺少poly(A) 尾巴导致其在以往的RNA表达研究中极少能被发现,由 RNase R处理后的文库可以极大程度的富集circRNAs,同时借助特异的生物信息分析流程在多个物种中获得超过上万条circRNA,包括后生动物如果蝇、蠕虫、小鼠和人类,植物中拟南芥、水稻等,以及其他生物如原生生

  • 小生小声
    小生小声  回复了帖子 如何在Linux下配置matlab编译环境 375天前
    可以的
  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 公共数据挖掘|已有GWAS数据的下载及挖掘(一) 382天前

    前几年,全基因组关联分析(GWAS)研究非常火热,全世界范围内发起了许许多多的GWAS课题。其研究的复杂性状也覆盖甚广,包括常见疾病,疾病风险因素,基因表达量和DNA甲基化,脑影像学表型,社会及行为学特征。文章发表在Nature, Science, Cell, Nature Genetics,Nature Methods等等国际顶级杂志上。GWAS利用SNP芯片扫描样本获得的数据,基于常用权威软件如PLINK1.9(http://www.cog-genomics.org/plink2)和PLINK1.07(http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/download.shtml#download),通过统计分析的方法(如:Linear regression analys

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    小生小声  发布了新帖 circRNA 数据库系列| TRCirc:一个新的circRNA转录调控信息网站 390天前

    该篇文章为数据库系列文章的第二篇,文章由哈尔滨医科大学Chunquan Li’s Lab 8月发表在Briefings in Bioinformatics杂志上文章题目为TRCirc: a resource for transcriptional regulation information of circRNAs,主要关注于circRNA的调控信息检索及可视化,下载地址http:// doi.org/10.1093/bib/bby083;在线网址为http://www.licpathway.net/TRCirc。 研究背景circRNA由于其独特的拓扑结构及组织时空特异性表达受到广泛关注,自ciRS-7研究中报道了circRNA具有海绵(sponges)功能后,越来越多的circ

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 16S从实验到数据分析最全流程 394天前

    本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程,也是我自己近期的一个小总结,初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多,在此也和大家分享一些我的见解,当然我也只是一个初学者,还有很多不完备之处,希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分:实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分:DNA提取与质检1. DNA提取[1]QIAamp fast DNA stool Mini. Ref:51604Protocol: Isolation of DNA from stool for Pathogen Detection.1.1 注意事项:① 如果检测细胞较难溶解(G+菌),可在step3中将水浴温度增加到95℃。② 离心条件:室温,14000rpm。1.2 准备:① 提

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 “抑郁症”治疗也要分男女 397天前

    抑郁症(Major Depression Disorder, MDD)的危害在现如今得到社会各界广泛的关注。从影视明星到普通大众,不论身份,很多人都受到抑郁症的影响和危害。根据最新的流行病学统计可知,抑郁症作为全球第四大疾病,约3.5亿人饱受抑郁症的折磨。尽管抑郁症会侵袭的人群不分社会身份的高低,那么,它的影响是否会区分性别呢?在抑郁症患者中呈现出较为明显的性别之间的差异。和男性患者相比,女性患者数量高出2-3倍;并且女性患者表现出的症状更为严重、更多的非典型抑郁症状、更严重的功能损伤以及高比例的伴发性焦虑。因此,男性和女性的抑郁症治疗方法都有区别。尽管之前一直有文献报道,男女抑郁症患者的症状程度、脑部组织影像学、生理指标以及关键基因的表达情况,在男女之中都有显著的差异。但是由于之前的MDD

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 影响因子轻松上5分,让人“眼红”的lncRNA研究套路 401天前

    近几年来lncRNA研究火热,看着别人研究得如火如荼,自己是不是也想“跟风”一把,凑个热度?下面我们就一篇影响因子6.287,发表在皮肤病学顶尖杂志Journal of investigative Dermatology上的一篇文章为例,剖析一下lncRNA的研究套路先来简要介绍一下lncRNA的背景,长链非编码 RNA,Long non-coding RNA, 简称 lncRNA。lncRNA 是长度大于200个碱基的非编码RNA,不编码蛋白,是一种调控性分子。lncRNA的发现其实要比miRNA早,最早是1990年在哺乳动物的细胞中鉴定了第一个lncRNA——H19。刚发现的时候并没意识到它是普遍存在的调控分子,近十年来因为受到小RNA研究的启发以及新的测序技术推动,lncRNA 被大量

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