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  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 基因组共线性工具MCScanX使用说明 13天前

    MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一,2012发表至今引用数200+,作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿,在学习使用MCScanx之前推荐先看看他08年介绍gene synteny和collinearity概念的science文章以及MCScanX软件算法文章。参考文献:Tang H, Bowers J E, Wang X, et al. Synteny and Collinearity in Plant Genomes[J]. Science, 2008, 320(5875):486-488.Wang Y, Tang H, DeBarry JD, Tan X, Li J, Wang X, Lee TH, Jin H, Marler B, G

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 “LinkedOmics” TCGA第三方软件中的战斗机! 15天前

    现如今,随着癌症研究的不断深入,以及测序的持续高温,TCGA在科研界中保持极高的曝光率。大量的科研人员利用TCGA数据库来帮助自己寻找感兴趣的靶点,或是对自己的科研成果进行验证。今天,小编给大家带来一个TCGA数据库的第三方online tools,叫做“LinkedOmics”,帮助大家更加方便的使用TCGA数据库。(http://www.linkedomics.org/login.php)1.    这个网站需要大家先去注册,但是注册非常的便捷,使用自己的邮箱即可。                           

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 DNA提取笔记 28天前

    DNA提取主要是CTAB方法,其他的方法还有物理方式如玻璃珠法、超声波法、研磨法、冻融法。化学方式如异硫氰酸胍法、碱裂解法。生物方式:酶法。根据核酸分离纯化方式的不同有硅质材料、阴离子交换树脂等。 提取DNA总的原则1.保证核酸一级结构的完整性;2.核酸样品中不应存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子;3.其他生物大分子如蛋白质、多糖和脂类分子的污染应降低到最低程度;4.其他核酸分子,如RNA,也应尽量去除。 DNA样品准备1.生物组织一.最好新鲜组织,若不能马上提取,应贮存-70℃或液氮二.液氮冷冻敲碎研磨三.组织匀浆法四.液氮匀浆法 2.培养细胞悬浮生长细胞:1500g离心,4℃10分种收集细胞单层培养细胞:可用刮棒或胰酶消化后离心收集 

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 文献解读|CRISPR-Cas9系统靶向编辑DNA甲基化 34天前

    随着基因编辑工具锌指核酸酶(ZFN)、类转录激活因子效应物核酸酶(TALEs)以及CRISPR/Cas9系统的开发利用,靶定和修饰特异的基因组序列来研究相关基因功能的条件已经变得非常成熟。越来越多的研究将基因编辑工具用于表观遗传修饰以及基因调控。今天为大家解读一篇2016年发表在《Nucleic Acids Research》上的论文:“Repurposing the CRISPR-Cas9 system for targeted DNA methylation” 甲基化是影响基因表达非常重要的调控机制,是稳定的表观遗传修饰标记,能够长期影响基因表达,该特点使得DNA甲基化在基因编辑技术中用于研究基因功能甚至用于基因治疗,具有巨大的潜能。DNA甲基转移酶3(DMNT3A)是人体中最

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 功能基因组学研究利器——ChIA-PET 36天前

    首先,让我们先回顾一下分子生物学的基本知识。人类细胞中的DNA序列长度约1828.8毫米,而细胞核的直径只有5微米,那么,如何将这些DNA装入核中是细胞面临的一个巨大挑战。好在DNA并不是裸露地存在于细胞核中,它们由核小体折叠缠绕,形成可以调节的结构。这就意味着DNA序列不能简单地理解为按照一维线性排列,而应该是具有三维折叠和环套状态的结构。我们知道DNA重测序,转录组测序,甲基化组测序只是功能基因组学研究的冰山一角。人们都知道,我们的基因组中真正编码蛋白的序列比例很低。那么问题来了,那些远离基因的基因组区域在调控生命进程中起到了怎么的作用?2009年,新加坡基因组研究院(Genome Institute of Singapore,GIS)的研究人员在《nature》上发表文章,报道了一种分

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 开年联配新方法:DART 40天前

    今年一月份,老牌生信杂志《Bioinformatics》发表了一篇由台湾团队开发的RNA-seq mapping新软件的文章,针对RNA测序数据分析的效率和准确度问题做了进一步的改善,下面就让我们来了解下该软件。文章名:《DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategy》Github:https://github.com/hsinnan75/DART DART是一款用C/C ++开发的运行在Linux上的软件,良好的支持多线程运行。DART的运行需要BWT-based index file和FASTA/FASTQ作为输入数据,BWT-based index也就是BWA生成的index文件。BW

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 Science告诉你circRNA也能成为microRNA的“神助攻”! 42天前

    文献:名称:Loss of a mammalian circular RNA locus causes miRNA deregulation and affects brain function.译名:哺乳动物环状RNA的缺失导致miRNA下调并影响脑功能通讯作者:Nikolaus Rajewsky单位:基因调控元件系统生物学实验室,柏林医学系统生物学研究所,MaxDelbrück分子医学中心,柏林。期刊:Science时间:2017.8 背景Cdr1as是第一个被证明通过ceRNA机制发挥功能的circRNA,是由Cdr1的mRNA反义链转录形成的环状RNA。本文通过CLIP-Seq(紫外交联免疫沉淀高通量测序)发现在小鼠脑组织中Cdr1as能够吸附miR-7和miR-

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    小生小声  发布了新帖 MAGMA很好的GWAS数据通路富集方法|别样的公共数据库挖掘(内有练习资料) 47天前

    目前,有很多可以用于GWAS数据分析的软件和方法。比如说GSA-SNP,FORGE,MRPEA,INRICH,DGAT,ALIGATOR, MAGENTA, Set screen test method等等。当然,它们各有自己的优势和缺陷。大家可以根据自己的需要自行选择合适的。 这里我们和大家分享一个最近Nature, Nature Genetics, Nature Neuroscience等大文章中常用的分析软件MAGMA。这个软件的英文介绍是MAGMA is a tool for gene analysis and generalized gene-set analysis of GWAS data. It can be used to analyses both raw ge

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 MAGMA很好的GWAS数据通路富集方法|别样的公共数据库挖掘(内有练习资料) 47天前

    目前,有很多可以用于GWAS数据分析的软件和方法。比如说GSA-SNP,FORGE,MRPEA,INRICH,DGAT,ALIGATOR, MAGENTA, Set screen test method等等。当然,它们各有自己的优势和缺陷。大家可以根据自己的需要自行选择合适的。 这里我们和大家分享一个最近Nature, Nature Genetics, Nature Neuroscience等大文章中常用的分析软件MAGMA。这个软件的英文介绍是MAGMA is a tool for gene analysis and generalized gene-set analysis of GWAS data. It can be used to analyses both raw ge

  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 快来算算你的遗传关联分析的power够不够- 47天前

    最近小编的一篇候选基因关联分析文章被reviewer质疑样本量太小。对于第一次投稿的我看到这个致命的问题自然惊慌失措,惶恐不安,但后来还是自信从容地回复质疑者说我的研究有足够的power检测到遗传易感位点。以上由危转安的改变得力于一个小工具的使用,那就是——Quanto,一款由南加州大学开发用于计算样本量和power的神器。 (一)   Quanto的获取输入网址http://biostats.usc.edu/Quanto.html,填入邮件地址等信息后点击下载。如图一图1, Quanto下载界面 (二)   Quanto的安装Quanto的安装非常简单,解压下载后的文件,里面包含一个安装程序,双击后一路安装指示点击下一步即可。(三

  • 小生小声
    小生小声  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2017年11月 48天前
    ID:liuqedison奖励:20丁当谢谢~~
  • 小生小声
    小生小声  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2017年11月 48天前
    ID:liuqedison奖励:20丁当谢谢~~
  • 小生小声
    小生小声  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2017年10月 48天前
    ID:liuqedison奖励:16丁当谢谢~~
  • 小生小声
    小生小声  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2017年10月 48天前
    ID:liuqedison奖励:16丁当谢谢~~
  • 小生小声
    小生小声  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2017年9月 48天前
    ID:liuqedison奖励:20丁当谢谢~~
  • 小生小声
    小生小声  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2017年9月 48天前
    ID:liuqedison奖励:20丁当谢谢~~
  • 小生小声
  • 小生小声
    小生小声  回复了帖子 生物信息版2017年度风云榜奖励(年终奖来了~) 49天前
    ID:liuqedison奖励:40丁当
  • 小生小声
    小生小声  回复了帖子 生物信息版2017年度风云榜奖励(年终奖来了~) 49天前
    ID:liuqedison奖励:40丁当

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