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  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 16S从实验到数据分析最全流程 3天前

    本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程,也是我自己近期的一个小总结,初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多,在此也和大家分享一些我的见解,当然我也只是一个初学者,还有很多不完备之处,希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分:实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分:DNA提取与质检1. DNA提取[1]QIAamp fast DNA stool Mini. Ref:51604Protocol: Isolation of DNA from stool for Pathogen Detection.1.1 注意事项:① 如果检测细胞较难溶解(G+菌),可在step3中将水浴温度增加到95℃。② 离心条件:室温,14000rpm。1.2 准备:① 提

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    小生小声  发布了新帖 “抑郁症”治疗也要分男女 6天前

    抑郁症(Major Depression Disorder, MDD)的危害在现如今得到社会各界广泛的关注。从影视明星到普通大众,不论身份,很多人都受到抑郁症的影响和危害。根据最新的流行病学统计可知,抑郁症作为全球第四大疾病,约3.5亿人饱受抑郁症的折磨。尽管抑郁症会侵袭的人群不分社会身份的高低,那么,它的影响是否会区分性别呢?在抑郁症患者中呈现出较为明显的性别之间的差异。和男性患者相比,女性患者数量高出2-3倍;并且女性患者表现出的症状更为严重、更多的非典型抑郁症状、更严重的功能损伤以及高比例的伴发性焦虑。因此,男性和女性的抑郁症治疗方法都有区别。尽管之前一直有文献报道,男女抑郁症患者的症状程度、脑部组织影像学、生理指标以及关键基因的表达情况,在男女之中都有显著的差异。但是由于之前的MDD

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    小生小声  发布了新帖 影响因子轻松上5分,让人“眼红”的lncRNA研究套路 10天前

    近几年来lncRNA研究火热,看着别人研究得如火如荼,自己是不是也想“跟风”一把,凑个热度?下面我们就一篇影响因子6.287,发表在皮肤病学顶尖杂志Journal of investigative Dermatology上的一篇文章为例,剖析一下lncRNA的研究套路先来简要介绍一下lncRNA的背景,长链非编码 RNA,Long non-coding RNA, 简称 lncRNA。lncRNA 是长度大于200个碱基的非编码RNA,不编码蛋白,是一种调控性分子。lncRNA的发现其实要比miRNA早,最早是1990年在哺乳动物的细胞中鉴定了第一个lncRNA——H19。刚发现的时候并没意识到它是普遍存在的调控分子,近十年来因为受到小RNA研究的启发以及新的测序技术推动,lncRNA 被大量

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    小生小声  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年09月 13天前
    ID: liuqedison奖励:6丁当谢谢!
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    小生小声  发布了新帖 circRNA 数据库系列| CIRCpedia v2:circRNA注释及表达比较综合数据库(第二版) 25天前

    该篇文章由上海生科院计算所杨力团队(德国马普计算生物学伙伴研究所 )最新在线发表在GBP上的数据库升级文章,文章题目为:CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Compariso.本次更新内容包含六个不同物种的180多个RNA-seq数据进行circRNA注释,包括人类和小鼠间circRNA的保守分析,在线地址 http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia,允许用户搜索、浏览及下载各种细胞/组织类型的circRNA表达谱。数据库概况1.       CIRCp

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    小生小声  发布了新帖 实例|博士后基金申请流程及经验分享 31天前

    又快到年底了,科研工作者们又要开始各种基金申请的写作了。本人之前非常幸运的中过中国博士后科学基金面上一等资助。借此机会,今天就和大家聊聊博士后基金的那些事。可能有一些人还不知道什么是博士后基金?这里我们首先给大家科普一下博士后基金的来由。话说那是1984年10月7日,李政道先生在北京电子对撞机开工奠基仪式上向***同志建议在中国设立博士后制度的同时,设立博士后科学基金,将财政部一次性拨付的博士后专款存入中国国际信托投资公司等金融机构,以每年的存款利息或投资所得收益作为当年博士后科学基金的资助金额,并希望将此项基金叫做“***博士后科学基金”。对此,小平同志表示:这种做法很好,我赞成,但不要以我的名字命名。1985年7月,国务院批转国家科委、教育部、中国科学院《关于试办博士后科研流动站报告的通

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    小生小声  发布了新帖 植物 circRNA 系列|文献阅读 5|拟南芥 circRNA 热胁迫响应 31天前

    本篇为植物 circRNA 系列文献阅读第五篇,模式植物拟南芥 circRNA 数据型文章第三篇。 今天分享的文章题目为:Heat stress alters genome-wide profiles of circular RNAs in Arabidopsis,文章链接为 https://doi.org/10.1007/s11103-017-0684-7背景:1.       环境温度波动是影响植物稳定产量的主要威胁之一。过去几十年里,全球气候加剧变化,热胁迫导致作物的产量严重下降。2.       大量研究表明,植物对热胁迫的响应主要通过热休克蛋白和热休克因子(hea

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    小生小声  发布了新帖 疾病共发生|吸烟行为与精神分裂症之间关系 31天前

    吸烟不仅是一种不良习惯,而且是一种物质成瘾。吸烟是许多严重疾病的首要风险因子,尤其对于肺癌来说,其产生的影响更为显著。全世界每年大约有600万人直接或间接地死于吸烟,给个人和社会都带来了巨大的经济损失。因此,我们必须提高公众对吸烟危害的广泛认知,并且开展一系列有效的措施来降低吸烟率。之前的几期推文中我们介绍了吸烟与癌症发生的关系及相关研究。另外,吸烟者通常会表现出大脑异常,并伴有各类精神疾病,包括抑郁症以及精神分裂症。由于吸烟行为在精神病患者中很普遍,所以本期介绍一下吸烟与精神分裂症之间的关系。我们时常会听到精神分裂症的家属反映:精神分裂症患者本来不吸烟,可得病后却不停地、大量地吸烟,每天吸烟数量可达到数盒。这些精神分裂症患者,常常对周围任何事物包括家人都漠不关心,唯一的要求就是吸烟。有的病

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    小生小声  发布了新帖 植物 circRNA 系列|文献阅读 4|拟南芥叶片发育过程中circRNA的鉴定 45天前

    本篇为植物 circRNA 系列文献阅读第四篇,模式植物拟南芥 circRNA 数据型文章第二篇。今天分享的文章题目为:Identifying and Characterizing the Circular RNAs during the Lifespanof Arabidopsis Leaves,文章链接为 https://doi.org/10.3389/fpls.2017.01278背景1.       叶子作为主要的固碳器官能够将能量转化储存。不同的发育阶段其具有不同的生理形态及功能。在生长阶段,叶片利用光合作用积累化学能和营养;而在衰老阶段,叶细胞在代谢和细胞结构上显着变化,而这个过程受到了多层复杂的调节。2. &

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    小生小声  发布了新帖 人工智能在生物医药领域的应用 46天前

    随着计算能力的发展和海量数据的产生和积累,人工智能(Artificial Intelligence, AI)技术近两年内在生物医药领域,从科研到应用都取得了巨大的进展。特别是以卷积神经网络和循环神经网络为核心算法的深度学习技术,更是深刻重塑了生物医学领域的现状和未来。目前,人工智能主要指深度学习技术(deep learning),其核心算法为卷积神经网络(Convolutional Neural Networks,CNN)和循环神经网络(Recurrent Neural Networks, RNN)。其主要原理是输入高质量的标注后的数据,经过AI系统多层次的训练,最终输出分类结果,用于新场景的预测(图1)。由于输入数据量大和训练层次深等特点,AI在多个领域表现出准确率高的优势。下文主要是摘录

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    小生小声  发布了新帖 变异位点的准确识别 46天前

    目前,随着成本的降低,二代测序技术在遗传学及医学中的研究和应用越来越普遍。得益于不同方式的测序(panel/WES/WGS),以及大样本的测序数据的积累,大量的致病基因及位点被发现,极大的促进了相关领域的科学发现,也使基因检测日益成熟。其中,如何从测序数据中准确的进行变异检测,是后续生物学及医学研究的基础。变异位点通常包括:点突变(SNV),短的插入缺失(Indel),拷贝数变异(CNV)及结构变异(SV)等。不同的变异类型的变异检测方法和准度均存在差异。本文主要从三个方面论述变异位点的相关问题:1,变异识别的准确度估计通常,Sanger等一代测序技术作为金标准,用于对二代测序的位点进行验证。但是由于人类基因组变异位点的数量极为庞大,对这些位点进行大规模的验证是不可取的。那么,对于一个变异数

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    小生小声  发布了新帖 变异位点的准确识别(二) 46天前

    上期谈到二代测序中关于变异检测的一些问题,主要涉及变异检测中错误出现的一些来源分析。其实,在实践中,我们更关心的是,最终的变异检测VCF文件中,对变异位点如何才能有更高比例的精确度和召回率。下面将结合文献来介绍一种策略:整合多种分析流程的结果。其基本思路是:1)多个流程各自进行变异检测;2)比较各个流程的结果,结果可以分为两部分,即流程一致性结果和流程特异性结果;3)流程一致性结果的处理:被多个流程共同检测到的变异位点(一致性结果)一般为真阳性突变,予以保留;4)流程特异性结果的处理:这种类型的突变的准确率显然低于流程一致性突变,但是仍然有较高比例的真阳性突变;问题的关键是如何甄别真阳性和假阳性突变;显然,如果能把各个流程特异性的真阳性突变位点结合起来,必然在阳性突变检测的敏感度上有所上升。

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    小生小声  发布了新帖 肠道微生态与心血管疾病之间的关系 56天前

    之前一期推文,我们给大家分享了一个临床案例:“调节肠道微生态可以治疗脱发”,引起了很多人的注意,大家觉得肠道微生物真的好神奇。如果能有相关的产品面市,将是无数脱发男人的福音。是的,肠道微生态的功能真的很强大,近些年来有很多的研究发现,包括肥胖、糖尿病、癌症、自闭症、心血管疾病、哮喘、食物过敏、AD/湿疹、荨麻疹、银屑病、疱疹样皮炎、自身免疫性疾病、代谢性疾病、炎症性肠病等在内的超过50多种疾病都有证据表明与肠道微生态失衡有关。我们从出生、幼年、少年到成年,无时无刻不和微生物密切相关。从出生开始,微生物开始在我们人体肠道里定植,到我们日常接触的食物、空气都存在大量微生物,我们的皮肤、口腔、肠道诸多部位都存在大量的微生物,可以说,人体就是一个含有微生物的超级生命体。人体肠道为微生物提供了良好的栖

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    小生小声  发布了新帖 植物circRNA系列|文献阅读3|拟南芥circRNA的全基因组鉴定 60天前

    本篇为植物circRNA系列文献阅读第三篇,接下来几篇内容都将围绕模式植物拟南芥circRNA数据型文章报道,通读以后能够快速了解不同的circRNA数据常规分析流程。今天分享的文章题目为:Genome-Wide Identification of Circular RNAs in Arabidopsis thaliana,文章链接为 https://doi.org/10.3389/fpls.2017.01678。CircRNA的概括1.       非编码RNA涵括多种功能RNAs,例如转运RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、microRNA(miRNA),小干扰RNA(siRNA)、反式作用小干扰RNA(tasiRNA

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    小生小声  发布了新帖 RSEM,老牌的工具依旧是笔者的第一选择 61天前

    笔者之前写过一些转录组分析工具的使用方法,有比较流行的,也有最近才发表的,这一期为大家带来的是2011年发表的目前引用量高达3800+的包含联配(调用bowtie/bowtie2/star)、组装定量打包分析的工具RSEM。为什么要写这一篇已经出来7年的工具,两个原因,一是笔者最近在做了众多权衡之后换成RSEM做日常的分析,二是最近生信草堂要出一本推文集,这也是这篇推文写作的价值之一。安装RSEM我们首先进入rsem的github地址:https://github.com/deweylab/RSEM ,在 Clone or download区找到下载地址,开始下载。笔者在不同时间测试了下下载速度,可能由于国内对github做了限制的原因,下载速度比较慢,翻墙后下载速度正常。make &nbs

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    小生小声  发布了新帖 强大的并行工具 GNU Parallel 62天前

    你是否曾经计算过一个非常大的数据(几百GB)?或是在里面搜索,或其它操作(一些无法并行的操作比如grep, bzip2, wc, awk, sed),然而这些不能并行运算的软件都只能使用一个CPU内核,不能发挥出计算机的真正实力,所以往往会造成一核有难,N核围观的局面。本期就要强烈安利一个真·并行工具 —— GNU Parallel,它是一个shell工具,可以在一台或多台计算机上并行的执行计算任务,一个计算任务可以是一条shell命令或者一个以每一行做为输入的脚本程序。GNU Parallel会把输入分块,然后通过管道并行执行。如果你会使用xargs和tee命令,你会发现GNU Parallel非常易于使用,因为GNU Par

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    小生小声  发布了新帖 《Cell》:肠道微生物拯救社交障碍? 74天前

    研究背景:许多研究已经发现,怀孕期母亲肥胖会显著改变子代的肠道微生态,并且有的子代会出现神经发育异常,易患自闭症等精神疾病。研究目的:本文通过构建亲代肥胖的小鼠模型,研究肠道微生物如何影响子代的社交及其他与自闭症相关的行为。思路概览:总结该文章的思路,首先通过高低饮食组证明MHFD小鼠的社交行为和肠道微生物发生了改变,然后通过Co-housing和FMT进一步证明是微生物的改变影响了社交行为的改变。之后为了探究是具体哪一些菌的改变影响了行为,对两组小鼠的粪便进行了宏基因组测序,鉴定出L. Reuteri的含量发生了很大改变,通过饮水添加L. Reuteri证明该菌能单独影响小鼠的行为。最后进一步进行机制的探索,通过文献检索锁定催产素和多巴胺神经系统,用免疫组化和电生理实验证明微生物可能通过催

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    小生小声  发布了新帖 嫌picard去重复太慢?快来试试这两个高效快速的工具吧~ 74天前

    今天给大家推荐两款sam文件处理小工具samblaster和sambamba,它们具有排序、比对信息查看等常用功能之外,最棒的是可以用来代替picard去除重复序列,在筛选标准不变的前提下速度能提升30倍以上,赶紧来试试吧~这两款软件比picard快30倍SAMBAMBAhttp://lomereiter.github.io/sambamba/功能介绍sambamba主要有filter,merge,slice和duplicate等七个功能来处理sam/bam文件。一、安装 (支持mac OS/linux 64位)git clone --recursive https://github.com/lomereiter/sambamba.gitcd sambambamake也可以在download

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