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  • 小生小声
    小生小声  发布了新帖 转录因子---小分子大作用(一) 15小时前

    高通量测序经过近十年来的迅猛发展,已经深入到生命科学的各个领域,不仅有力地推动了基础研究的发展,也在逐渐征服临床应用。通常时候,我们进行高通量测序分析的基本套路是:通过一系列分析找到目标基因(Candidate Gene),然后进行下游靶基因的验证。其实我们可以进行上游的研究,来丰富机制研究的深度。这里小编给大家介绍一下有关转录因子的概念,研究方法和进展,可能要分几期进行解说。首先,我们介绍一下什么是转录因子?转录因子(Transcription factor,TF)是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度、时间、空间去表达的蛋白质分子。真核生物的RNA聚合酶不能直接识别启动子,需要转录因子。转录因子可以调控核糖核酸聚合酶(RNA聚合酶)与DNA模板的结合。转

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    小生小声  发布了新帖 植物circRNA系列|文献阅读1|植物环状RNA的鉴定的序幕 7天前

    自circRNA首次在拟南芥中报道后,植物circRNA中的研究便拉开序幕。今天要分享的文章是一篇早期植物circRNA鉴定的文章,题目是Widespread noncoding circular RNAs in plants。该篇文章发表于New Phytologist(影响因子7.33),ISI期刊引文报告排名:9/211(植物科学)。背景:1. 早在上世纪,陆续有报道显示真核细胞中环状 RNA 的存在,但在当时被认为是剪切错误的产物。随着高通量测序技术和生物信息学分析的发展,Salzman 等人首次指出环状 RNA 由 mRNA 前体可变剪切得来,是一类 3’ 与 5’端共价闭合,广泛大量存在于真核生物体内的内源性RNA,参与转录后调控过程。2. circRNA形成的模型如图1所示,在

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    小生小声  发布了新帖 案例介绍|调节肠道微生态可以治疗脱发 8天前

    肠道微生物指人肠道中存在的数量庞大的微生物,这群微生物依靠人体的肠道生活,同时帮助寄主完成多种生理生化功能。肠道不仅是人体消化吸收的重要场所,同时也是最大的免疫器官,在维持正常免疫防御功能中发挥着极其重要的作用。人体肠道为微生物提供了良好的栖息环境,成人肠道内的微生物数量高达1014个,接近人体体细胞数量的10倍;质量达到1.2kg,接近人体肝脏的质量;其包含的基因数目约是人体自身的100倍,具有人体自身不具备的代谢功能。另外,人的其它4个身体部位(如口腔,皮肤,阴道和鼻/肺)的微生物学特征也是研究的重点。正常情况下,肠道菌群保持着相对稳定的组成结构和平衡,不仅可调节宿主代谢、促进营养物质的吸收,还可清除有害物质以抵抗内源性致病菌和外源性致病微生物、影响肠道免疫系统及肠道黏膜屏障作用,肠道中

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    小生小声  发布了新帖 CNV分析工具之一:CNVkit 9天前

    CNV分析的工具有好多,令人眼花缭乱,但是有个突出的问题就是目前来说没有哪一个分析工具取得明显的优势,对于笔者这种抱有想挑一个最好的工具使用的心态人来说,研究CNV时感觉莫名的苦恼,只能一个一个的试工具并学习这些分析流程。有段时间被CNVnator搞得头大,因为该软件安装异常的麻烦,各种报错、debug,所以分析工具是否容易安装也是其是否流行的重要因素。最近笔者发现2016年发表在PLOS computational biology(IF=4.542)上的CNVkit目前引用率达到了74次,并被很多高分文章引用,该软件主要用python编写,容易安装,结果可视化也做的不错。2017年jimmy大神也写过一篇CNVkit的推文,好东西不嫌多写,这里笔者也写一篇CNVkit的推文以表对CNVki

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    小生小声  发布了新帖 用Atom优雅地写Python 14天前

    Atom是由 GitHub 的程序员们打造的称为“属于21世纪”的代码编辑器。它开源免费跨平台(支持 Windows、Mac、Linux 三大桌面平台),并且整合 GIT 并提供类似 SublimeText 的包管理功能,人们可以非常方便地安装和管理各种插件,并将 Atom 打造成真正适合自己的开发工具。作为一个现代的代码编辑器,Atom 支持各种编程语言的代码高亮(HTML / CSS / Javascript / PHP / Python / C / C++ / Objective C / Java / JSON / Perl / CoffeeScript / Go / Sass / YAML / Markdown 等等)、 与大多数其他编辑器相比,Atom的语言支持已经算是覆盖非常全面

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    小生小声  发布了新帖 数据模拟软件ART 15天前

    有些时候,我们需要用到一些数据模拟工具生成模拟数据对软件进行测试,下面我就为大家介绍一款比较流行的模拟数据软件ART。该款软件于2012年发表在Bioinformatics上,目前被引次数高达476次。ART可以模拟生成三大主流二代测序平台Illumina's Solexa, Roche's 454和Applied Biosystems' SOLiD的single-end, paired-end/mate-pair reads,同时也可以对序列比对、无参组装、call SNP等进行打分,可以说是功能相当全面。ART在1000 Genomes Project里被用作主要的模拟数据工具,采用C++编写,同时内置了Perl脚本,有着优化的算法和极高的效率,但目前并不支持多线程。输出的格式有FAST

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    小生小声  发布了新帖 VSE—连接遗传位点和功能基因组的桥梁 16天前

    后GWAS时代人们最关心的问题是如何解释显著遗传位点的生物学功能。一般来讲,由GWAS找到的显著位点大部分落在不编码蛋白的基因组区域,然而我们对这些区域的了解目前还十分有限。随着ENCODE, FANTOM等数据库的逐渐完善,基因组中的非编码区段正在被各种新的组学技术揭开神秘面纱。具有某些特定功能的基因组非编码区段是否与GWAS易感位点在位置上具有显著的交互关系就显得尤为重要。为了帮助研究以上科学问题,我给各位读者介绍一款不错的工具——Variant Set Enrichment (VSE). 首先,这是一个非常有名的R包,曾在《Nature Genetics》被多次引用。其核心算法是比较真实的遗传位点集合是否比随机匹配的模拟集合更加富集与某一特定的功能基因组区段上。下面我就带领大家利用示例

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    小生小声  发布了新帖 亲子鉴定知多少 17天前

    亲子鉴定想必大家都已经耳濡目染,尤其是影视剧里经常会出现。但是我相信绝大多数人并不了解亲子鉴定究竟是如何判断父母与孩子的亲缘关系的,因此本文将对亲子鉴定的原理与过程进行简单叙述,以扩展知识面。关于亲子鉴定,我国历史悠久。古语有云:不孝有三,无后为大。国人对于自己的血脉能否传承尤为看重,因此在古代,就出现了滴血认亲这种判断血统关系的方法。早在三国时期就有实例记载,将活人的血滴在死人的骨头上,观察是否渗入,如能渗入则表示有父母子女兄弟等血统关系;在明代,人们将两人刺出的血滴在器皿内,看是否凝为一体,如凝为一体就说明存在亲子兄弟关系。当然,现在我们知道,这种“滴血认亲”的鉴定方式并没有科学依据,两人的血液只要血型相同就可以融合,完全不能判断是否有血缘关系。在现代,亲子鉴定已经成为了司法鉴定的重要组

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    小生小声  发布了新帖 公共数据库挖掘必备-QTL分析 21天前

    现如今,由于二代测序的普及化、公共数据库的便利化,越来越多的科研工作者可以将不同的组学数据进行大数据的整合分析。今天,小编就为大家讲解如何进行QTL的分析流程。首先,我们要理解什么是QTL。数量性状基因座(Quantitative Trait Loci, QTL)是指染色体上一些能特定调控mRNA(eQTL)、甲基化水平(mQTL)的SNP位点,其mRNA、甲基化的表达水平量与数量性状成比例关系。有很多文章都用到了QTL的分析,比如小编上一期讲解的“Modulation of long noncoding RNAs by risk SNPs underlying genetic predispositions to prostate cancer”,用到了eQTL的分析;以及“Associa

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    小生小声  发布了新帖 基因芯片数据分析(一)--芯片数据预处理 22天前

    基因芯片(Gene chip)(又称DNA芯片、生物芯片)最初是80年代中期提出的。它是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列,其工作的基本原理是通过碱基互补配对检测生物信息。即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法,在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG,与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时,通过确定荧光强度最强的探针位置,检测到一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。目前已有许多数据库,包括NCBI的GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/), ArrayExpress数据库(https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/),和TCGA数据库(https://cancergenome.nih.gov/)

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    小生小声  发布了新帖 实用工具:Win10下的bash shell打开教程 22天前

    Macbook可以在终端里直接使用命令行对系统进行各种操作,这个对于习惯了linux系统的人是一个很大的便利。但是macbook高昂的价格和相对的低配在人群中的持有量并不高,所以能在最常见的windows平台使用类似的终端是一个很实用的工具。我们知道Linux下的sed、awk等工具可以极大的方便我们完成某些数据处理任务,下面就给大家介绍下如何在64位的win10系统下安装ubuntu的bash shell。一、确定系统版本可安装bash shellWindow10的版本最少为64位的14316,并且不能是网上精简版的win10,查看版本方法如下,通过【WIN+R】调出运行工具,输入dxdiag,回车即可打开DirectX诊断工具,从图上可以看到本系统的当前版本。二、bash shell安装

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    小生小声  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年04月 22天前
    ID:liuqedison奖励:10丁当
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    小生小声  发布了新帖 公共数据库也能发NG—lncRNA研究新思路 26天前

    lncRNA功能和机制的研究,成为了现如今科学界的“新宠”。超高的关注率,说明在这个领域能发表一篇高水准的科学论文,需要付出更多的努力和超前的思路。今天,就为大家带来Nature Genetics的一篇关于lncRNA的文章,让小编给大家一步步解释作者是如何通过整合公共数据库的结果,验证了作者的科学假设,发表了大N G。简单介绍:论文题目:Modulation of long noncoding RNAs by risk SNPs underlying genetic predispositions to prostate cancer发表杂志:Nature Genetics发表年份:2016年10月影响因子:27.959这篇文章中,作者并没有自己进行测序,而是用一些新的思路和巧妙的构思,结

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    小生小声  发布了新帖 使用asperasoft高速下载SRA数据 28天前

    除了使用SRA Toolkit或者直接用FTP来下载NCBI中的SRA数据以外,我们还可以使用asperasoft来高速下载SRA数据,小编实测下载速度惊人:关于如何用SRA Toolkit下载SRA数据可详见生信草堂的往期文章:如何快速下载NCBI-SRA的测序原始数据(这边插入超链接)使用教程软件下载:wget [http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz](http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz)

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    小生小声  发布了新帖 宏基因组:扩增子测序常用数据库整理与介绍 29天前

    微生物扩增子测序是研究微生物组成的重要方法,且成本较低,是许多课题组的首要选择。扩增子测序数据分析最主要的一个材料就是扩增子数据库,用来与测序数据进行比对,并进行物种注释,主要收录了微生物的16S,18S个ITS序列信息。扩增子数据库版本较多,本期就对主流的扩增子数据库进行一个详细的整理和介绍,以便大家选择使用。1. GreenGenes网址:http://greengenes.secondgenome.com/GreenGene是一个最经典的16S物种数据库,专门针对细菌、古菌16S rRNA基因。该数据库是基于人工整理,数据更加比较准确。分类上采用的是通用的界门纲目科属种七级,方便使用者理解和阅读。可惜的是,该数据库很久未更新了,目前的最新版本还是2013年更新的。但是很多实验室还是热衷

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    小生小声  发布了新帖 得了高血压会更容易得抑郁吗?——高血压和情感障碍都与一个功能性SNP相关联。 30天前

    高血压和抑郁都是现代社会比较关注的疾病,一个是心血管疾病,一个是情感障碍疾病。如果说它们之间存在一定的关系,似乎有些让人不那么信服。但是,2015年,在New England Journal of Medicine杂志上,就有文章指出抑郁在Tako-Tsubo心肌病患者中有很高的流行率。另外,Mancia等人(2007年)早就发现高血压患者的抑郁和焦虑分数明显高于正常人。那么它们之间具体是如何联系在一起呢?今天小编就通过一篇2016年发表在Molecular Psychiatry 的文章,来和大家浅谈这里的奥秘。当然,和大家分享这篇文章还有另一个原因就是小编觉得这篇文章的研究思路还是挺值得学习的。总的来说,这篇文章先通过候选基因关联分析,发现了一个显著的SNP,然后功能研究发现这个SNP是通

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    小生小声  发布了新帖 circRNA及其数据库 36天前

    circRNA是什么circRNAs(Circular RNAs,环形RNA分子)是一类不具有5’ 末端帽子和3’ 末端poly(A)尾巴,并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。circRNA是由非经典剪接方式进行反向剪接而形成。环状的RNA主要特征1. 不具有5’末端耗子和3’末端ployA尾巴,并以共价键形成环状结构;2. 大部分属于ncRNA;3. 主要由外显子衍生而来,且由一个或多个外显子构成;4. 同一基因位点或许可通过选择性环化衬衫多种circRNAs;5. 环化过程与pre-mRNA剪接彼此竞争;6. 其形成过程收到剪接因子的调控;7. 比线性RNA稳定,不易被核酸外切酶RNase R降解;8. 

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    小生小声  发布了新帖 deepin,也许是目前最好的生信练习平台 37天前

    生信学习中很重要的一块就是对linux系统环境下的学习,所以笔者之前写过几篇怎么安装linux系统的文章,并且建议大家多多熟悉纯粹命令行的操作方式。这里笔者并不是排斥linux的桌面操作环境,而是从稳定性角度考虑如果要长时间的跑程序,纯命令行交互的linux系统可能会更稳定。不可否认的是在初学者的学习阶段,有一个漂亮的界面,并且能看视频,打开PPT和pdf文件,浏览网页,甚至可以使用网易云音乐的linux可能会更吸引人,并且最重要的事,要是系统安装很方便那就更好了。真有这么一个系统,并且还是国产优化的,它就本期的主题:deepin操作系统。deepin是武汉的深度科技公司基于linux开发的国产操作系统(这里往往会有争议,很多人会认为只是在linux的框架上做了优化,但即便这样的工作量也是很

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    小生小声  发布了新帖 数据库|DGIdb:挖掘可成药基因组 38天前

    今年小编向大家介绍一个很有用的药物基因相互作用数据:DGIdb数据库(Drug-Gene Interaction database)。它是一个用于挖掘现有资源,产生关于突变基因如何在治疗上被靶向或者优先用于药物开发的假设。它提供了针对一个药物-基因相互作用和潜在“可成药”基因汇编搜索基因列表的一个界面。它可以很好的帮助科学家解释药物基因组学(“Druggable Genome”)的GWAS研究中发现的结果。首先,向大家介绍一下什么药物基因组学?用一句话来解释药物基因组学,就是它是研究DNA如何影响药物反应。从专业定义上来讲,药物基因组学是从基因组角度探讨基因的遗传变异对药物治疗效果的影响。药物在人体内的吸收、分布、代谢、排泄和作用靶点,主要和蛋白质有关,这些蛋白质包括药物受体、转运体和代谢酶

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