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丁香客

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  • 大雄always
    大雄always  回复了帖子 利用gdc-client工具下载TCGA数据 27天前
    张辣辣啦 如果下载一半报错停止下载,下一次是需要重新在一个新文件夹开始下还是可以直接接着原来的下载呢? 建议在网速比较好的情况下重新下载
  • 大雄always
    大雄always  回复了帖子 利用gdc-client工具下载TCGA数据 34天前
    Arztsimi 请问下载manifest 和下载cart有什么区别 我这几天一直尝试下载cart (小于20M)但是一直说无法下载 求楼主帮帮忙 十分感谢 manifest文件需要用GDC专用下载软件gdc-client下载,相当于一个目录文件,而cart文件就是data了,下载后可进行下一步分析。
  • 大雄always
    大雄always  回复了帖子 利用gdc-client工具下载TCGA数据 40天前
    一叶轻安 请问这个下载之后数据怎么处理呢 用R语言把一个个的文件合并到一个文件进行处理
  • 大雄always
    大雄always  的帖子被加了1分 42天前

    利用gdc-client工具下载TCGA数据

    一、下载manifest文件 在TCGA网站选好数据,后点击manifest下载文件。 注意:Cart文件夹大于50M时,只能通过Data Transfer Tool工具进行下载,否则下载的数据很有很可能不全或下载失败。 二、下载工具及环境准备 1、打开工具下载网站:https...
  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 如何用R的ggplot2包作图 43天前

    library("ggplot2") #散点图 ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))+geom_point() #线图 ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))+geom_line() #点线图 ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))+geom_point()+geom_line() #柱状图 ggplot(mtcars,aes(cyl))+geom_bar() #cyl的频数分布       table(mtcars$cyl) #变量类型 class(mtcars$cyl) #更改为分类变量 ggplot(mtcars,aes(factor(cyl)))+geom_bar() #更具am的分类变量来分组 gg

  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 RNA结合蛋白转录后调控 43天前

    RNA结合蛋白可以通过调节细胞的功能从而导致细胞功能的改变或紊乱,继而导致疾病的发生。 这是一篇Lijun Zhao(北京大学基础医学院生化和分子生物学系)和Jianzhong Cao(北京协和医学院协和医院普外科)2018年共同发表在Nucleic Acids Research(2018IF=11.147)上的一篇核糖体蛋白的研究。 一、获得差异表达RNA结合蛋白 作者首先获得了TCGA数据库和GEO数据库的共887对有基因表达信息和临床信息的样本,分析了目前已知的RNA结合蛋白基因,分别获得了一组差异表达的RNA结合蛋白基因。然后筛选出进展相关的基因,再筛选出与一些临床表型相关的基因,这样两个数库取交集,获得42个与肿瘤临床表型相关的RNA结合蛋白差异表达基因。 接着对这42个差异表达基

  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 利用GDC-client工具下载TCGA数据 43天前

    一、下载manifest文件 在TCGA网站选好数据,后点击manifest下载文件。 注意:Cart文件夹大于50M时,只能通过Data Transfer Tool工具进行下载,否则下载的数据很有很可能不全或下载失败。 二、下载工具及环境准备 1、打开工具下载网站:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool。按照电脑系统下载相应的工具,我们以win10为例说明。 2、将下载好的gdc-client工具(解压)和manfiest文件放在同一个文件夹下,方便整理。 注意:把该工具解压到下面这个文件夹,根据图标,说明这个软件是用Python写的,然后使用Pyinstaller打包的。因此该软件不能解压到含有中文名的文件

  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 细胞信号通路及明星分子基础 48天前

    一、基本概念 磷酸化:给靶蛋白添加磷酸基团,使之产生活性。(也有部分情况会使之失活) MMPs:基质金属蛋白酶,能降解细胞外基质。TIMPs为其抑制剂。 BCL-2家族:可分为两大类,一类是抗凋亡的,主要有:BCL-2、BCL-XL、BCL-W、MCL-1、CED9等。另一类是促进细胞死亡,主要有:BAX、BAK、BCL-XS、BAD、BIK、BID等。主要定位在核膜(胞质面)、线粒体膜、内质网膜上。可以阻止细胞色素C的释放,抑制Caspase的活性,还可以损害nlrp1-炎性小体激活而减弱炎症,从而导致CASP1和IL1B释放。 Caspase家族:促进凋亡的蛋白。 p53、p27、p21:细胞周期依赖性激酶抑制剂家族成员,通过抑制周期素激酶(CDKs)复合物活性,协调细胞周期、DNA复制

  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 文献阅读及科研思路 55天前

    一、为什么要加快阅读 1、时间紧张,需要读大量文献,寻找实验设计和实验思路的方法。 2、建立自信心。 3、看完记不住,思维混乱。 二、文章结构和科研套路 1、医学研究性文献的四大要素:疾病,表型,分子,机制。 一个疾病包含很多临床问题,一个临床问题包含多个科学问题,一个科学问题包含多个表型,所以表型是最细小的单位,表型本身就是一种生理或病理过程。 表型,分子,机制是连在一起的,谁少了文章就有缺陷。表型就是用分子机制来解释其发生。 文章的灵魂在于科学假设。 实验四步骤:动物、组织、细胞、分子。从四个方面来论证文章的科学假设。 5分以下单变量论证体系总结来说就是:表达差异,正反回复,细胞动物。 2、影响因子 IF<3:基本就是做表型,分子。某分子与某疾病有关,可能通过什么作用?间接机制? 3<I

  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 细胞内到底发生了什么? 55天前

    一、细胞内的基因表达调控 DNA启动子区域结合转录因子,影像DNA转录,形成前体mRNA,内含子剪切后留下外显子,拼接形成mRNA。 组蛋白的乙酰化修饰可以影响组蛋白和DNA的结合,进而影响DNA的转录。例如:p53。 一些小RNA例如:circRNA、microRNA、lncRNA可以调控mRNA的翻译过程。 蛋白质修饰mRNA。 蛋白质:细胞膜的改变、外泌体、代谢产物、胞内功能。 miRNA:长度只有20个碱基,2001年首次提出,结合在mRNA 3'UTR区碱基,导致mRNA无法继续翻译,丧失功能,最后被降解。 lncRNA:长度大于200个碱基,1990年首次发现,功能涉及基因表达调控的方方面面。 circRNA:环状RNA,2012年发现,本质上属于lncRNA的一个分类,会经常

  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 关于选题 55天前

    新颖及重要性对于选题是最重要的。 选题的创新表现为2个方面: 1)原始创新:研究积累及学科交叉。 2)跟踪创新:读国际一流学术期刊,听学术报告。

  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 RNA结合蛋白转录后调控 55天前

    RNA结合蛋白可以通过调节细胞的功能从而导致细胞功能的改变或紊乱,继而导致疾病的发生。 这是一篇Lijun Zhao(北京大学基础医学院生化和分子生物学系)和Jianzhong Cao(北京协和医学院协和医院普外科)2018年共同发表在Nucleic Acids Research(2018IF=11.147)上的一篇核糖体蛋白的研究。 一、获得差异表达RNA结合蛋白 作者首先获得了TCGA数据库和GEO数据库的共887对有基因表达信息和临床信息的样本,分析了目前已知的RNA结合蛋白基因,分别获得了一组差异表达的RNA结合蛋白基因。然后筛选出进展相关的基因,再筛选出与一些临床表型相关的基因,这样两个数库取交集,获得42个与肿瘤临床表型相关的RNA结合蛋白差异表达基因。 接着对这42个差异表达基

  • 大雄always
    大雄always  的帖子被加了1分 55天前

    GEO数据库

    一、基因芯片 通过微阵列技术,利用核酸杂交的原理,将大量探针分子固定在支持物上,然后与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号的强度和分布进行分析。 二、GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS(基因表达数据库),是由美国国立生物技术信息中心NCB...
  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 GEO数据库 55天前

    一、基因芯片 通过微阵列技术,利用核酸杂交的原理,将大量探针分子固定在支持物上,然后与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号的强度和分布进行分析。 二、GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS(基因表达数据库),是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。 网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 平台(platform):描述一连串在特定实验中被检测或定量的因素,平台数据包含阵列或序列以及阵列平台的简要描述,每个平台都分配了一个特有的检索号,例如

  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 基于TCGA官网下载RNAseq数据 55天前

    一、基于TCGA官网下载RNAseq数据 1、 TCGA数据库简介 TCGA数据库全称为The Cancer Genome Atlas,主要储存关于各类肿瘤的一个基本信息,包括RNAseq,miRNAseq,DNA甲基化,CNV,SNP等信息,它是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对全面的一个,在各个领域得到了广泛的应用,为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的基因组数据和与其关联的临床数据,这为挖掘有意义的基因组变化和发现影响肿瘤起始、发展、分化、转移等生物学机制提供了海量数据基础。 2、下载数据 2.1、进入TCGA网址,点击 Repository,进入数据存储地。 网址:https://portal.gdc.cancer.gov/ 2.2、点击 Case,选择肿瘤原发部位、项目、

  • 大雄always
    大雄always  的帖子被加了1分 85天前

    细胞的冻存

           细胞深低温保存的基本原理是:在-70℃以下时,细胞内的酶活性均己停止,即代谢处于完全停止状态,故可以长期保存。细胞低温保存的关键,在于通过0~20℃阶段的处理过程。在此温度范围内,水晶呈针状,极易招致细胞的严重损伤。 总的原则...
  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 细胞的冻存 85天前

           细胞深低温保存的基本原理是:在-70℃以下时,细胞内的酶活性均己停止,即代谢处于完全停止状态,故可以长期保存。细胞低温保存的关键,在于通过0~20℃阶段的处理过程。在此温度范围内,水晶呈针状,极易招致细胞的严重损伤。 总的原则是缓慢冻存!!! 一 材料: 生长良好之培养细胞 ,新鲜培养基, DMSO ,无菌塑料冷冻保存管,血球计数盘与盖玻片 。 二步骤: 2.1 冷冻前一日前更换半量或全量培养基,观察细胞生长情形,最好细胞应该处于对数生长期。 2.2. 配制冷冻保存溶液(使用前配制):将DMSO 加入新鲜培养基中,最后浓度为5-10%,混合均匀,置于室温下待用。  2.3. 依细胞继代培养之操作,收集培养之细胞与冻存管内,取少量

  • 大雄always
    大雄always  回复了帖子 周小鸽淋巴瘤病理总结 195天前
    您没有权限阅读该帖子
  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 刚刚进入研究生生活,如何做好科研的基本功——文献阅读 199天前

    对于一个研究生来说,要做好科研,读文献是基本功,那么如何规划各个阶段应该读一些什么文献?如何阅读文献?我在丁香园找了一个很老的帖子,觉得总结的还不错,重新整理一下,供大家参考!原帖定期读几篇cell ,nature,science还是很重要的,不要认为和自己专业无关的就不关心,其实目前生物医学界的许多方法和思路是相通的,nature,science上最新的方法用到自己的领域上完全可能豁然开朗。对于你从事的领域的重点杂志(NO.1)(<<国外医学>>各个分册每其都有许多可读的综述,注意自己专业的核心刊的专辑,增刊,很重要!),应该是每一期的每一篇文章都阅读一下,然后是重点阅读。如果没有那么多的时间,至少每篇的title & abstract应该阅读的。特别要注意

  • 大雄always
    大雄always  发布了新帖 如何看我的基因在onconmine中的表达情况? 733天前

    各位大神求指导这个基因在结直肠癌中是高表达还是低表达的?怎么看的?

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