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  • 大梅子--
    大梅子--  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2017年11月 132天前
    哇 开心 谢谢
  • 大梅子--
    大梅子--  的帖子被加了1分 182天前

    回复:Tumor mutation burden 计算方法

    dxy_kpynk5x8 楼主你好,我最近也在研究这个TMB的计算,但是在NCBI上查找了很多文献都没有看到详细的关于TMB的计算方法和怎样的测序分析,楼主能发我几篇关于方法的文献吗?期待并谢谢您的解答。目前就只剩一篇文献了,还有一个2016年ASCO的摘要,里面也提到了TMB,...
  • 大梅子--
    大梅子--  回复了帖子 Tumor mutation burden 计算方法 182天前
    目前就只剩一篇文献了,还有一个2016年ASCO的摘要,里面也提到了TMB,希望可以帮到你。另外我对于TMB的计算方法就是 TMB=区域内突变数量(somatic mutation)/区域长度(以MB为单位)不同的公司可能稍有差别,但总体上差不多。测序分析的话好像不限制平台,illumina和life好像都有,这个应该不是重点。
  • 大梅子--
    大梅子--  发布了新帖 TCGA数据库中下载的甲基化数据经过了什么处理 189天前

    如上图所示,是我从TCGA下载的甲基化数据(附件也有),我想知道这些数据经过了什么处理,如果要做甲基化分析还需要做什么工作。刚接触这一块,一点都不懂,请大神指点。

  • 大梅子--
    大梅子--  回复了帖子 如何用R语言分析TCGA中的甲基化数据 189天前
    亲,您现在知道怎么分析了吗?TCGA下载的甲基化数据是什么数据呢,经过了什么分析呢,最近在做这方面的,下载了一些数据但是完全一头雾水,希望得到您的答复。
  • 大梅子--
    大梅子--  回复了帖子 Tumor mutation burden 计算方法 202天前
    刚看到,不好意思。差不多就是mutations per megabase,每MB的突变数量,区域就是你要测定的区域呀,比如全外显子区域,或者你们自己的panel区域
  • 大梅子--
    大梅子--  回复了帖子 Tumor mutation burden 计算方法 202天前
    对于TMB高低的界定,我觉得需要大量的临床试验才能得出,不能单纯的对分析结果划分;不同肿瘤的TMB水平不同,我觉得应该有不同的标准;以上是我在做TMB的时候得出的结论,参考文献是有的,可是我不知道是哪一篇了,当时看了很多文章。关于TMB高低的划分可以参考FoundationOne的相关文献。
  • 大梅子--
    大梅子--  回复了帖子 关于plink处理全基因组关联性分析的问题 273天前
    亲我现在遇到同样的问题,你会了吗,求指导
  • 大梅子--
    大梅子--  回复了帖子 Tumor mutation burden 计算方法 400天前
    恩,知道了,TMB=区域内somatic mutation的数量/cds区域的长度(MB)    
  • 大梅子--
    大梅子--  发布了新帖 Tumor mutation burden 计算方法 449天前

    Tumor mutation burden (TMB, also known as mutation load) is a measure of the number of somatic protein-coding base substitution and insertion/deletion mutations occurring in a tumor specimen.Tumor Mutation Burden (TMB) is determined by measuring the number of somatic mutations occurring in sequenced genes on the FoundationOne and Foundati

  • 大梅子--
    大梅子--  发布了新帖 数据校正 617天前

    本人刚接触生物信息没多长时间,现想分析一批数据,数据中存在背景突变(即阴性样本也有突变频率),想请问有没有什么方法可以对该背景突变进行校正,使样本的突变频率更接近真实水平,类似于GC校正,SNP校正(没接触过)之类的,麻烦各位大神详细说明一下,十分感谢!   

  • 大梅子--
    大梅子--  回复了帖子 数据校正 617天前
    好的,谢谢
  • 大梅子--
    大梅子--  回复了帖子 数据校正 618天前
    我这个对照是背景,主要是排除一些环境影响或者实验操作的影响,样本组和对照组肯定存在差异得,我想要的结果是最真实的样本组的数据,简单的说就是减去对照组存在的一点点的突变,但是只用相减的办法似乎不太精确,可信度不高。(比如说样本的突变频率为10,对照组为0.5,理论上来说这0.5是不应该存在得,既然对照组有,样本组也会有,用什么样的方法校正一下样本数据,才能使样本数据更真实。)
  • 大梅子--
    大梅子--  回复了帖子 数据校正 618天前
    差不多是这种情况,我再查询一下具体算法,非常感谢您的回复。
  • 大梅子--
    大梅子--  发布了新帖 数据分析 618天前

    本人刚接触生物信息没多长时间,现想分析一批数据,数据中存在背景突变(即阴性样本也有突变频率),想请问有没有什么方法可以对该背景突变进行校正,使样本的突变频率更接近真实水平,类似于GC校正,SNP校正(没接触过)之类的,麻烦各位大神详细说明一下,十分感谢!   

  • 大梅子--
    大梅子--  发布了新帖 数据校正 618天前

    本人刚接触生物信息没多长时间,现想分析一批数据,数据中存在背景突变(即阴性样本也有突变频率),想请问有没有什么方法可以对该背景突变进行校正,使样本的突变频率更接近真实水平,类似于GC校正,SNP校正(没接触过)之类的,麻烦各位大神详细说明一下,十分感谢!

  • 大梅子--
    大梅子--  :有哪位知道从血液中提取肠道微生物DNA的方法或者试剂盒吗,着急用,知道的回答一下吧,万分感激。

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