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【请教】logistic 回归分析在研究中的应用

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  • 夏木1220
    夏木1220  的帖子被加了1分 14天前

    回复:生物信息版月度风云榜奖励-2018年08月

    ID: 夏木1220奖励:1分  12丁当
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年08月 14天前
    ID: 夏木1220奖励:1分  12丁当
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年08月 14天前
    ID: 夏木1220奖励:1分  12丁当
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 生物信息版月度风云榜奖励-2018年08月 14天前
    ID: 夏木1220奖励:1分  12丁当
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 版内《生信问题及解决方案》目录汇总 21天前
    每次跟新的时候 能不能带上之前的是一个总的目录啊,这样的话 就不用爬楼那么辛苦了 或者 直接对原贴进行编辑然后写上更新日期~~~感觉每次跟新再加一个新帖 分散开了
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 GEO数据下载非常慢的解决办法 21天前
    你仔细看一下ftp链接的特点会找到一些规律~~~
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 GSEA原理以及软件的运行以及常见的错误及解决办法 23天前
    你是用的数据里面的gene symbol 或者gene id是否和这个软件自带的gmt(也就是你选择注释的数据库中的symbol)是一致的?
  • 夏木1220
    夏木1220  的帖子被加了1分 26天前

    一次性取多个集合的交集-超好用-R语言

    发现一个命令,可以取多个集合的交集,以前都是用intersect,一次只能取两个集合的并集,然后多次重复,下面这个一次就好了,真的很好用啊啊啊啊啊Reduce(intersect,  list(v1 = c("a","b","c","d"),  &n...
  • 夏木1220
    夏木1220  发布了新帖 一次性取多个集合的交集-超好用-R语言 26天前

    发现一个命令,可以取多个集合的交集,以前都是用intersect,一次只能取两个集合的并集,然后多次重复,下面这个一次就好了,真的很好用啊啊啊啊啊Reduce(intersect,  list(v1 = c("a","b","c","d"),                        v2 = c("a","b","e&qu

  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 GEO数据下载非常慢的解决办法 26天前
    恩,我试过:1,迅雷下载(包括开通会员)2,IMD下载3,还有腾讯的一款下载软件qq旋风4,还有R语言的GEOquery包有些数据集合这几种办法都不行,比如上面这几种,一开始以为是我的网络问题,让别人帮忙下载也是一会就断掉,针对这种情况,我试了上面的办法,就挺好使的。
  • 夏木1220
    夏木1220  的帖子被加了1分 27天前

    GEO数据下载非常慢的解决办法

    办法一    使用服务器下载1,根据数据链接的特点生成每一个数据下载链接的ftp,如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE21nnn/GSE21653/suppl/GSE21653_RAW.tar...
  • 夏木1220
    夏木1220  的帖子被加了1分 27天前

    回复:关于GEO数据挖掘详细流程

    这三个问题都可以归结为一个问题,series.matrix 中的数据如何处理的要看这个文件的表头就是那些注释行,里面有详细的怎么处理数据的步骤,不一定是log2转话的之类的,要具体情况具体看RMA算法里面有三步,背景校正,分位数标化以及log转换,如果你运行的时候用的RMA的默认...
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 关于GEO数据挖掘详细流程 27天前
    这三个问题都可以归结为一个问题,series.matrix 中的数据如何处理的要看这个文件的表头就是那些注释行,里面有详细的怎么处理数据的步骤,不一定是log2转话的之类的,要具体情况具体看RMA算法里面有三步,背景校正,分位数标化以及log转换,如果你运行的时候用的RMA的默认参数,那么处理之后得到的表达谱是经过log转换的可以看这个网页说得更详细:http://dxys.com/OdhyYC
  • 夏木1220
    夏木1220  发布了新帖 GEO数据下载非常慢的解决办法 27天前

    办法一    使用服务器下载1,根据数据链接的特点生成每一个数据下载链接的ftp,如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE21nnn/GSE21653/suppl/GSE21653_RAW.tarftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE19nnn/GSE19615/suppl/GSE19615_RAW.tarftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE6nnn/GSE6532/suppl/GSE6532_RAW.tar2,使用命令wget下载,生成.sh文件批量投递下载wget    ftp

  • 夏木1220
    夏木1220  的帖子被加了1分 28天前

    回复:关于皮尔森用于共表达的问题

    wenyiexin 感谢高手指导,谢谢生信初学者,问错了还请您别见怪。关于共表达的视图化很多都是用cytoscape,做出来确实是1个node有很多degree,所以50个lnc+600个mRNA倒是可以理解,但这不就是非1v1关系了?如果是1v1,不应该是50个lnc+50个m...
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 小白关于筛查DEGs的疑问,求助 28天前
    可以找人做的吧
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 关于皮尔森用于共表达的问题 28天前
    你的1对1理解错了计算一个基因和另一个基因的相关性 是在同样的一组样本中gid sample1 sample2 sample3g1  value1    value2    value3g2  value11    value22    value33那么x =c(value1,value2,value3)y=c(value11,value22,value33)cor.test(x,y)50个lnc+600个mRNA两两组合就有50*600个共表达关系对,然后从这些关系对中根据r和p值选择显著共表达关系对
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 请教lncrna共表达的问题 28天前
    每一个DEG在10个样本中的表达量和每一个lncRNA在同样的十个样本中的表达量计算pearson,然后挑选相关系数|r|>0.9 以及 pvalue<0.05的关系对则认为此DEG和此lncRNA的表达是显著共表达当然阈值可自己调整
  • 夏木1220
    夏木1220  回复了帖子 GEO中Illumina beadchip原始数据处理 30天前
    好像确实是没有p 值那一列额   如果没有的话,还没研究过怎么处理
  • 夏木1220
    夏木1220  的帖子被加了1分 40天前

    回复:各位老师,怎么查找X/Y染色体上的特异表达基因?

    基因是有染色体定位信息的,比如常用的基因注释gtf文件,NCBI的gene数据库里面有,可以找出x和y染色体上的基因,就我知道的话,只有同源染色体上才会有一样的基因,即一个基因的2个copy如果想找x特有的,y特有的,只需要去掉x,y上同源的部分就好了仅供参考,认知有限~~~

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