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  • 丁香学术
    丁香学术  发布了新帖 怎么在论文里正确引用软件,来了解一下 16天前

    写论文是每一只科研狗的必修功课,今天小编想谈一个在论文中很容易被大家忽略的问题,那就是软件的引用问题。在论文中,不论是数据处理,还是图件制作,都少不了要用到一些科研或者商业软件。那么,该如何正确地描述和引用这些软件呢?这个时候,有些大佬们肯定报以微笑,觉得这个是个很傻的问题,直接引用软件的相关论文不就好咯?但是,并非所有的研究软件都有可以被论文作者引用的相关论文,有些软件开发者就一心研发软件,不是很 care 是不是发了论文!另一种情况就是,即使论文确实存在,我们在论文中描述的软件版本,实际使用的版本以及当前可用的版本之间可能存在不一致。本文可能在撰写本文时描述的软件是正确的,但在发布或阅读时,该软件版本可能不再可用!下面,小编就来教你如何正确的引用软件!来自出版商的推荐引用格式许多机构都会

  • 丁香学术
    丁香学术  发布了新帖 基因组注释不用愁,这款在线神器送给你! 16天前

    当我们得到一株菌株的全基因组序列后首先要做什么?基因组注释!那有什么方便又好用的注释神器吗?下面为大家介绍一款超好用的在线基因组注释神器 ——RAST,让大家随时随地都可以自己进行注释分析。RAST 网址为 rast.nmpdr.org,是基于 Subsystem 技术的一个针对细菌和古菌基因组的快速注释工具。它可以用来预测 ORF、rRNA、tRNA 以及相应的功能基因,并可以利用这些信息构建代谢网络。首先我们通过邮箱注册一个账号,登陆,开始一个新的项目。点击 Your Jobs 后再点击 Upload New Job,就可以上传序列了。图片来源于作者可以从 NCBI 上下载你所需要的(未进行注释的)基因组数据(FASTA 或者 GenBank 格式)。上传后,进入下一步。输入分类 ID搜

  • 丁香学术
    丁香学术  发布了新帖 这是一款高效看文献的神器 16天前

    对于科研狗的我来说,文献是每日必备、实验是每日必备、甚至点拨点拨师弟师妹也成了每日必备……然而,我每天只有 24 小时啊,于是各种「科研神器」、「实验技巧」成了我的生活必备。今天和大家安利的是一款实现文献图文一页,快速阅读文献的小软件。注意:文中可免费下载软件。以前, 我是这样看文献的下图左边是 Fig3 对应的文字描述,位于 10653 页;而右边的 Fig3 在 10657 中,图文是同文不同页。所以我是看两行文字,翻几页去看看图片,再翻回去看几行文字,再翻下去看看图片……一篇文章看下来,我的食指是不停歇地滑动鼠标,文献是上来下去,上来下去……上上下下看文献坐在旁边的师姐实在看不下去了,告诉我,可以用「肩并肩」的方法看文献。即安装两个阅读器,分别打开同一篇文章,然后分别调整位置,使文章的

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    丁香学术  发布了新帖 学会 「5Q&A」 方法,轻松撰写 SCI 论文的 abstract! 16天前

    前言:本篇讲的是 SCI 论文的 abstract 写作问题,为什么写的只是 SCI 论文呢?因为除了 SCI 论文,我也没有写过其他类型的英文科技论文了,无法提供相关的个人经验。解剖 abstract 的目的,是为了获取写作其的套路。所谓「abstract 写作套路」是指精心策划的撰写 abstract 的方式方法,使用该方式方法的作者,往往已经对该方式方法熟练掌握,并且形成条件反射,逻辑上倾向于惯性使用这种文不加点的方法应对各种 SCI 论文的 abstract 撰写,心理上往往已经产生对此方法的依赖性,使用不刊之论的 abstract 撰写方式,对 abstract 的撰写形成「路数」,是名为套路。在准备撰写 SCI 论文时,不要直接开始写 abstract,直到作者对论文的结构和内容

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    丁香学术  发布了新帖 维生素D能抑制Wnt/beta-catenin信号通路降低癌细胞的侵袭能力 16天前

    黑色素瘤是恶性程度非常高、发病率增长最迅速的肿瘤之一。我国每年有大约 2 万新增的黑色素瘤确诊病例,而且近年来发病人群逐渐呈现年轻化态势。根据英国癌症协会的统计数据,只有大约 55% 的晚期黑色素瘤患者能够存活 1 年以上。医生一般建议黑色素瘤患者避免太阳曝晒。由于晒太阳可以补充维生素 D,这导致黑色素瘤患者体内的维生素 D 含量比常人偏低。尽管先前有研究表明,较低的维生素 D 血清浓度与较大的原位性黑色素肿瘤、较差的黑色素瘤预后效果存在关联性,但是其中的分子机制有待进一步研究。2019 年 11 月 5 日,英国癌症协会(Cancer Research UK)的科学家与英国利兹大学 Newton Bishop 教授和她的团队在知名期刊 Cancer Research 上发表题为 《Vita

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    丁香学术  发布了新帖 EndNote 标注不这么做,导师修改时怕是要气哭 16天前

    辛辛苦苦完成的论文,自己认为「不能增减一字」后,让导师修改。论文中必然带有文献标注,最常见的是 EndNote。不过导师电脑上没有你的 EndNote 库,那么他在修改时,只要有文献位置发生变化,EndNote 就会出现各种错误提示,会使你的导师修改兴致大减,或者直接把你的 EndNote 论文标注给删了,自己加个括号,叫你以后自己添加。如果你的文献数量在 30 篇以上,论文又有大改动,估计你会校对得发疯。What?你想叫导师在他的电脑上也装上你的 EndNote 库?图样图森破。文献是一定要在论文中作标记的,但又不能带有 EndNote 格式,这个局怎么破?接着看下去。图 1 所示是常规带有 EndNote 格式的论文(随便插入了两个文献),此时如果把鼠标箭头放在文献序号上面,会有一个小方

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    丁香学术  发布了新帖 我分析了 100 种博士找对象的方法...原来这个最靠谱 16天前

    有博士快毕业了还没谈过恋爱的吗?挥动你们的双手,让小编看到~图片来源:微博截图博士人群早已是单身的重灾区了。交际圈子小、科研压力大常常是博士生们抱怨自己找不到对象的原因。下文里小编就几个常见的择偶方式进行评估,供大家参考。学校组织的校园联谊会靠谱指数:★★★★★图片来源:微博截图往前一步是幸福,退后一步是孤独。校园联谊会这种由官方组织发起的活动,绝对是单身狗们的福音。不用支付昂贵的参会费用、来自本校的联谊者知根知底,单单这两点就已经很优秀了。最主要的是,大概率地避免异地恋(学校面积大得惨绝人寰者除外)。今年,小编的博士师兄喜提婚事一桩,而与他携手未来的妻子就是在联谊会上认识的外院师姐。「见到她之前,我没想过结婚;遇到她之后,结婚这事我没想过和别人。」师兄在毕业论文上洋洋洒洒地致谢妻子,却没发

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    丁香学术  发布了新帖 除了 Sci-hub,还有哪些文献下载神器? 16天前

    作为一个爱看文献的科研狗,不能下到想看的文献一直是一件很头疼的事情,好在我们一直有 Sci-hub 这个神器,麻麻再也不用担心蛙蛙看不到文献了。但是…...Sci-hub 经常会打不开,打不开,打不开~那我们应该如何是好呢?这不,学霸君今天给大家寻觅了一个神器~事情的经过,还要从这个月发生的一件大事说起。科睿唯安大家想必都很了解,就一个字,牛!科睿唯安(ClarivateAnalytics)是全球专业信息提供与分析服务领域的领导者。科睿唯安旗下拥有诸多业界知名品牌,包括 Web of ScienceTM 平台(含科学引文索引,即 Science Citation IndexTM,简称 SCI)、InCitesTM 平台、Derwent InnovationTM 平台、德温特世界专利索引(De

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    丁香学术  的帖子被加了1分 16天前

    证明你是个好博士的 20 个细节

    36 年前,是我国高等教育界值得铭记的重要一年。那年,新中国首批 18 位博士生在人民大会堂被授予博士学位,18 位有志学术的青年满含热泪地从国家领导人手中接过印有金色国徽的紫红色博士学位证书36 年前,那一批博士们俯首甘为孺子牛,为祖国现代化建设作出杰出贡献;36 年后,当代的...
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    丁香学术  发布了新帖 手把手教你用软件便捷地统计染色图中不同区域的数据 17天前

    老话重提,统计图,和科研领域里的大多数图像数据伴生,是一种大家喜闻乐见的,直观表现数据结果的形式。当您需要对单张染色图特定区域进行分析时您仍然可以使用这个软件。正之前所说的,它非常强大:你想怎么处理数据,只要你愿意,都可以如愿以偿。这次的教学目的就是您画一个特定区域,指定一个特定通道,让软件帮你计数!下面再次向大家介绍这款十分有用的软件 Imaris,可以轻松地帮你统计指定区域的细胞数目,并且计算相关共定位的数据。一起来看看吧。1. 打开软件,出现一个含有标题栏(包含 File,  Edit,  View,  Image Processing 等标题)及工具栏(Open 栏,Slice, Surpass 工具),及左右两侧各一个窗口。这时我们可以打开 Edit>(下图)栏。这个栏目的功能是调

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    丁香学术  发布了新帖 证明你是个好博士的 20 个细节 17天前

    36 年前,是我国高等教育界值得铭记的重要一年。那年,新中国首批 18 位博士生在人民大会堂被授予博士学位,18 位有志学术的青年满含热泪地从国家领导人手中接过印有金色国徽的紫红色博士学位证书36 年前,那一批博士们俯首甘为孺子牛,为祖国现代化建设作出杰出贡献;36 年后,当代的博士们又是怎样的精神面貌呢?鲁迅先生说过:「我一向是相信进化论的,总以为将来必胜于过去,青年必胜于老人。」1. 保持自我风格便是时尚女博士:基础款为牛仔裤+T恤+运动鞋,秋天加运动卫衣,冬天加毛衣。男博士:俺也一样。男博士女博士,全身上下都包得严严实实。没有性生活,审美走性冷淡风。2. 不刻意追求奢侈品好衣服穿给谁呢?是给我养的耗子看呢?还是给实验室里的同学看呢?奢侈品能扛得住实验室里试剂的侵蚀吗?奢侈品能提高实验成

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    丁香学术  发布了新帖 又是一年择专业时:劝退一人学生物,胜发 7 篇 CNS?! 17天前

    生物学,是二十一世纪的朝阳产业,二十一世纪就是生物的世纪 —— 生物制药将解决癌症等威胁人类健康的重大疾病,生物技术能够引领人们进入新时代……可是,又有那么多人说生物是「万年坑专业」「劝退专业」?作为一只生物汪,笔者在生物专业从本科到博士毕业,摸爬滚打十年。如果你问生物专业值不值得选,笔者要以十年的经历告诉你真相...且听笔者慢慢道来。劝退一人学生物,胜发 7 篇 CNS?!生化环材,四大天坑专业,生物位居首位。在各大论坛活跃着一批生物劝退博主,比如在知乎网站上,就有一个生物劝退专题,号称:劝退一人胜发 7 篇 CNS(Cell, Nature, Science)!图片来源:知乎截图连北京大学教授、中科院院士欧阳颀在专访中也说:「21 世纪是生物的世纪,但是千万别进生物系。」欧阳颀出身清华大

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    丁香学术  发布了新帖 超三成博士焦虑抑郁!时隔两年 Nature 再次进行博士生大调查... 17天前

    「拿起电话,唤醒希望?」图片来源:作者提供还记得当年笔者在读博时第一次见到这张海报时,对其只是嗤之以鼻,觉得科研这么让自己热爱的事,怎么会让人绝望呢?后来,笔者终于才明白,自己确实在一些时候需要寻求外界的帮助,唤醒希望,或许,现在捧着手机的你,也会有同样的感受吧?时隔两年,Nature 再一次对博士生进行了一次大型调查。图片来源:Nature结果显示,36% 的博士生曾因博士学业焦虑或抑郁,21% 的受访者称自己曾被欺凌,21% 的人还表示遭遇过骚扰或歧视。图片来源:微博截图而广大网友对提出了不同的看法,一言以蔽之,数据太保守,抑郁人数或远大于三成!@高冷:我觉得这个数据还是保守数据吧应该不止三成。@丫头 of 有哥:应该是只有不到三成的博士没心理问题。从中不难看出,当前博士抑郁情况确实令人

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    丁香学术  发布了新帖 Nature 子刊揭示运动可通过影响造血干祖细胞的活性来抑制外周炎症细胞的生成 17天前

    当前,尽管心血管疾病的疗法发展迅速,但在全球范围内,动脉粥样硬化及其并发症患者的数量却在持续上升。其中,生活方式的改变,包括不健康的饮食,低体力活动和肥胖等是导致了这一全球流行病的重要原因。虽然当前的治疗策略改善颇多,但仍有很大一部分动脉粥样硬化患者发展为心肌梗塞、中风、心力衰竭或肢体缺血等症状,严重威胁患者的生命。先前的很多研究揭示,炎症是导致上述危险的重要内在分子机制,引起动脉壁炎症的细胞主要为白细胞,特别是巨噬细胞、单核细胞和中性粒细胞,这些白细胞均来自于造血干祖细胞(HSPCs)。在某些细胞因子及生长因子等信号的作用下,HSPCs 可能通过加速细胞增殖而增加白细胞的产生。众所周知,久坐的生活方式是心肌梗死的一个危险因素,而体育活动似乎可以预防心血管疾病,但其中的内在机制仍不清楚,尤其

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    丁香学术  发布了新帖 这款软件神器,让你读文献的效率翻一倍! 18天前

    做科研的小伙伴们经常需要阅读英文文献,自然也少不了一个翻译软件的配合使用。自从某一天一个朋友给我推荐了这款软件「知云文献翻译」,从此我就爱上了它。好东西不敢独享,今天特意分享给大家!以下是我使用软件的具体感受:1、免费软件没有任何收费的项目,最开始我以为是知网出品的。后来我发现不是。但是咱们作为用户,管它谁出品的,只要好用我们就买账,而且还是免费的,没有理由拒绝。而且界面上没有任何广告。2、方便软件本身就是一款 PDF 阅读器,可以同时打开多篇 PDF。选中一个词或者一段话,不需要点击任何按键,右侧立即给出翻译,翻译速度飕飕地快。软件支持在 EndNote 中直接用知云打开文献,从 Endnote 中直接用知云打开文献就开读,读不懂就让它翻译,从未感觉过科研变得如此轻松!3、翻译质量接近人工

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    丁香学术  发布了新帖 手把手教你用 Imaris 计算细胞面积 18天前

    老话重提,统计图,和科研领域里的大多数图像数据伴生,是一种大家喜闻乐见的,直观表现数据结果的形式。只要是个图如果没有伴随统计,reviewers 总会叨叨「请给出统计结果」。加上统计数据的文章看起来的确更具说服力呢!之前我们推出的第一个教程《手把手教你用软件便捷地数细胞》,既教你认识这个软件 Imaris,又教你怎么数密密麻麻的细胞,区分不同的 marker 阳性的细胞以及计数它们。那么问题来了,如果有人并不关心细胞数量,而关心细胞的面积,那该如何是好呢?一般在研究细胞生长时候非常实用,如评估同等量细胞的生长速度,通过比较体外培养细胞的汇合率来得到初步结论;或研究不同类型细胞的表面积,给细胞分型。举个栗子(为了保护自己的数据隐私,我只是随便拿个废弃的不咋好看的图来演示如何使用软件)1. 打开

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    丁香学术  发布了新帖 科研股民如何精准预测一本期刊是否即将会有 IF? 18天前

    每年 6 月底 JCR 公布 IF 后,很多人都会关心又有哪些期刊新被收录,也肯定有不少人想:要是能提前知道这些新收录的期刊,特别是高分新收录期刊,早早在上面发一堆文章,那就真的「一夜暴富」了~~究竟有没有办法能提前预测新收录的高分期刊(以便于投资)呢?学霸君研究了今年新收录的十多本 IF>5 的生化医药类的期刊,还真是找到一些规律。不过,咱得先补补基功,了解一下 SCI 收录新出版学术期刊的大致规则。SCI 收录新期刊的大致规则很可惜SCI收录新期刊的大致规则,非常宽泛,目前还没有总结出规律。——所以需要本文总结。但是,在被 SCI 收录之前,一本新杂志首先要被 ISI(The Institute for Scientific Information,科学信息研究所)收录。以下是几个收录标

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    丁香学术  发布了新帖 这款建树速度超快的工具,盘它! 18天前

    随着基因组数目的增加,挑选「同源基因」和「序列联配计算」的难度都在增加。如何更加充分地利用全基因组信息并且使分类变得更加准确一直困扰着许多科研工作者。今天介绍的这款工具,是由复旦大学基于组分矢量构树法开发的一款软件,组分矢量构树法(Composition vector tree,简称 CVTree)。CVTree 的特点1首先统计基因组中特定长度短串组,为每个物种构造了一个「高维代表矢量」,然后用矢量之间的余角余弦计算物种间的遗传距离,最后使用邻接法进行构树。使用起来方便简单,不需要自己来挑选同源基因,也不进行序列比对,所以从根本上避开了人为干预对结果可能产生的影响.具有比传统方法更高的分辨能力,为了更加方便用户使用以及适应基因组数据的增加,该研究组又开发并更新了现如今的 CVTree3 网

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    丁香学术  发布了新帖 Nature 子刊揭示最新特异性抗癌药物组合能有效杀死白血病癌细胞 18天前

    癌细胞通常比正常细胞在代谢上更为活跃,为了获取更多的能量,癌细胞会改变其能量代谢的方式,例如增强线粒体代谢速率、提升代谢酶表达量,或是对糖酵解过程产生依赖性。然而线粒体靶向化疗药物并非适用于所有类型的癌症治疗。例如卵巢癌细胞对常见线粒体药物的敏感性就偏低,而急性骨髓性白血病的肿瘤细胞对线粒体药物十分敏感。最近,莱斯大学生物科学院 Natalia Kirienko 教授的科研团队与德克萨斯大学 MD 安德森癌症中心(MD Anderson Cancer Center)在 Nature 子刊 Cell Death and Disease 上发表了题为《A mechanism for increased sensitivity of acute myeloid leukemia to mitoto

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    丁香学术  发布了新帖 曹雪涛院士今日提供原始图片,已对受质疑的 6 篇论文进行解释… 18天前

    刚刚过去的一周,学术圈最大的瓜恐怕是曹雪涛院士涉嫌论文造假的新闻。一场震惊中国学界的「找相同游戏」11 月 13 日,前斯坦福大学助理研究员伊丽莎白·比克博士(Elisabeth M. Bik)在知名学术举证网站 PubPeer 上开始了一场引起国内学界震惊的「找相同游戏」。她从中国工程院院士、南开大学校长曹雪涛为通讯作者的多篇学术论文中找到了相似的图片,认为多篇论文涉嫌用 PS 来代替实验数据造假。14 日,比克的推文经转发后,引起国内关注。而此时,比克仍在「孜孜不倦」地在曹雪涛组的论文中寻找相同。15 日,曹雪涛院士回应《中国新闻周刊》的记者询问,他说:我现在刚到上海实验室,要把这些事情查一下。我知道大家关注这个事情,查完了,我会给大家一个回复。随后,曹雪涛院士还在 PubPeer 上回

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