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  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  加入了调查派 71天前
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 最好用的LncRNA数据库 76天前

    LncRNA自从发现至今,相关研究仍然热度不减。很多老师反馈,lncRNA序列等相关信息查询非常困难,小编就此整理一套lncRNA常用、好用的数据库,供各位老师们参考。 什么是LncRNA?长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码RNA。 研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,成为遗传学研究热点。LncRNA的作用机制(1)编码蛋白的基因上游启动子区(橙色)转录,干扰下游基因(蓝色)的表达;(2)抑制RNA聚合酶II或者介导染色质重构以及组蛋白修饰,影响下游基因(蓝色)的表达;(3)与编码蛋白基因的转录本形成互补双链(紫色),干扰mRNA的剪切,形成

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 搞懂【铁死亡】很有必要! 77天前

    细胞生命的终结亦是细胞死亡,细胞死亡是生命现象不可逆停止及生命的终结。随着医学生物领域研究的日新月异,除了坏死以外,科学家们陆续发现了其他细胞死亡形式,大致可分为程序性细胞死亡包括细胞凋亡、细胞焦亡和自噬,以及非程序性细胞死亡包括副凋亡、细胞有丝分裂灾难和胀亡等。2012年,Dixon等正式提出并命名了一种区别于细胞凋亡、细胞焦亡、细胞自噬的新的细胞死亡形式:铁死亡!铁死亡相关特征:形态学特征:超微结构显示,铁死亡时细胞膜断裂和出泡,线粒体萎缩、线粒体脊减少甚至消失、膜密度增加、细胞核形态正常,但缺乏染色质凝集;电镜下观察到胞内线粒体变小、膜密度增高。生物学特征:活性氧、铁离子聚集,激活丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)系统,胱氨酸摄取减少、谷胱甘肽耗竭,抑制ystemXc-;基因水平:主要受到

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 连发4篇Cell,长非编码RNA重要研究系统解读 77天前

    人类基因组包含超过30亿个碱基对,其中大约75%会转录,然而,只有不到2%的序列会编码蛋白质,超过98%的区域都是非编码区域。长非编码RNA 是一类广泛转录但不翻译产生功能性蛋白质的核糖核酸大分子。越来越多的研究表明它们在基因表达调控过程中发挥着重要功能。注:本文中长非编码RNA包括lncRNA和circRNA。中国科学院分子细胞科学卓越创新中心(生物化学与细胞生物学研究所)陈玲玲研究组长期从事长非编码RNA生物学研究,发表了一系列长非编码RNA重要研究成果,其中更是包括4篇 Cell 论文。本文将依次介绍陈玲玲团队的这4篇 Cell 论文。1、circRNA2014年9月18日,中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所杨力研究员、中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲研究员在 Cell 杂志

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 铁死亡:一种新型的抗癌药物药理作用机制 106天前

    铁死亡的机制铁死亡是2012年由Dixon 发现的一种特征为致死性脂质和活性氧(ROS)的大量铁依赖性积累的不同于凋亡、坏死、自噬的新型细胞死亡方式[2]。谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)和system xc-被认为是与铁死亡相关的主要信号通路[4]。system xc-属于异二聚氨基酸转运蛋白家族,具有交换L-胱氨酸和L-谷氨酸的功能。Erastin可作为促铁死亡的诱因,抑制system xc-的功能并耗尽谷胱甘肽(GSH),最终使GPX4失活。GPX4的失活导致脂质过氧化物的积累,这进一步导致ROS的增加。循环铁三价铁离子(Fe3+)通过运铁蛋白受体(TFR)导入细胞,随后在内体中转化为Fe2+[5]. Fe2+过量会通过Fenton反应导致脂质ROS积聚,进而引起铁死亡(图1)。图1.

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 腺病毒包装 107天前

    应用简介腺病毒是一种线性双链DNA病毒,由于其具有宿主范围广 、可感染分裂和非分裂细胞、高滴度制备、外源基因装载容量大等优点,重组腺病毒已越来越广泛地被应用于基础研究和临床试验中 ,并成为世界上最常用的基因治疗载体之一。腺病毒包装原理介绍腺病毒是一种没有包膜的直径为79-90nm的颗粒,由252个 壳粒呈二十面体排列构成。每个壳粒的直径为7-9nm。衣壳里是线状双链DNA分子,两端各有长约100bp的反向重复序列。人体腺病毒 已知有33种,分别命名为ad1-ad33,研究得最详细得是ad2.腺病毒是一种无包膜的球型结构的病毒,遗传物质为线型 双股DNA形式。腺病毒的特点:(1)感染范围广对人致病性低;(2)对增殖和非增殖细胞均具有感染性;(3)能有效进行增殖;( 4)病毒滴度高;(5)不整合

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 CHIP检测 132天前

    技术原理CHIP实验在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。实验流程结果分析:1. 阳性对照组条带清晰无杂带,阴性对照组正常,表明CHIP实验结果可信,操作合格。2. 2%对照组条带清晰可见,表明PCR扩增引物可用于该指标的检测。3. 实验组均有目的条带,表明VEGFA基因启动子区域与转录抑制因子RUNX1和ZNF24蛋白均可发生结合。技术总结样品制备上需要优化1、细胞样本所需数量较大,需要提前按照所需细胞的要求整理,保证细胞所需量达到要求。2、染色质消化过程需要调整,以获得更好的消化时间,需要进行相关梯度摸索。

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    丁香园最帅的崽  发布了新帖 腺病毒包装 132天前

    应用简介腺病毒是一种线性双链DNA病毒,由于其具有宿主范围广 、可感染分裂和非分裂细胞、高滴度制备、外源基因装载容量大等优点,重组腺病毒已越来越广泛地被应用于基础研究和临床试验中 ,并成为世界上最常用的基因治疗载体之一。腺病毒包装原理介绍腺病毒是一种没有包膜的直径为79-90nm的颗粒,由252个 壳粒呈二十面体排列构成。每个壳粒的直径为7-9nm。衣壳里是线状双链DNA分子,两端各有长约100bp的反向重复序列。人体腺病毒 已知有33种,分别命名为ad1-ad33,研究得最详细得是ad2.腺病毒是一种无包膜的球型结构的病毒,遗传物质为线型 双股DNA形式。腺病毒的特点:(1)感染范围广对人致病性低;(2)对增殖和非增殖细胞均具有感染性;(3)能有效进行增殖;( 4)病毒滴度高;(5)不整合

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    丁香园最帅的崽  发布了新帖 流式测细胞凋亡 132天前

    应用简介细胞凋亡是细胞主动实施的一种程序性死亡,是细胞的基本特征之一,它在机体的胚胎发育、组织修复、内环境的稳定等方面起着十分重要的作用。在正常细胞中,磷脂酰丝氨酸(PS)只分布在细胞膜脂质双层的内侧,而在细胞凋亡早期,细胞膜中的磷脂酰丝氨酸(PS)由脂膜内侧翻向外侧。技术原理AnnexinⅤ是一种分子量为35-36kD的Ca2+依赖性磷脂结合蛋白,能与细胞凋亡过程中翻转到膜外的PS高亲和力特异性结合。因此Annexin V作为检测细胞早期凋亡的灵敏指标之一。将AnnexinⅤ进行荧光素FITC标记,以标记了的Annexin V作为荧光探针,利用流式细胞仪或荧光显微镜可检测细胞凋亡的发生。碘化丙锭(Propidium Iodide, PI)是一种核酸染料,它不能透过完整的细胞膜,但对凋亡中晚

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    丁香园最帅的崽  发布了新帖 如何选择抗体 202天前

    很多科研工作者对实验技能出神入化,但对所使用的试剂生产和应用知之甚少,导致买到不合适或假冒伪劣的产品,对时间和经费造成极大的损失浪费,所以选择合适的抗体,事半功倍。一抗的选择检测任何目的靶蛋白都有不止一种抗体可供选择,为缩小抗体的选择范围选中合适的抗体,需要考虑的因素:1. 实验应用的类型一般抗体说明书都列出该抗体经试验验证过适用于何种分析类型,如:可以应用于WB /IHC /ICC /ELISA分析等,如果抗体说明书没有说明提及的应用类型,并不意味着该抗体不适用于此种分析应用类型,而仅是说明尚未经过此种分析试验验证。如果抗体不适用某些分析试验,会在抗体说明书上标注出来不适于某分析试验。2. 样本蛋白的提取或处理某些抗体要求样本经过某些特殊处理,例如:许多抗体只识别还原和变性的、表位已暴露不

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    丁香园最帅的崽  发布了新帖 科普:自噬&凋亡 210天前

    自噬&凋亡首先我们来看下自噬与凋亡的信好转到途径:细胞自噬:或者说是自食,会导致细胞内一部分受损细胞或多余的老化的蛋白/细胞器被吞噬和降解,使细胞更利于生存。细胞凋亡:通过细胞内的遗传机制有序地使细胞走向死亡,最终会导致所有细胞成分都会被其它活细胞降解和消化。自噬和凋亡是相互抑制的。在正常情况下细胞自噬起着保护细胞的作用;而细胞凋亡则负责清除老化受损的或突变的细胞,从而保护个体的健康。在受环境条件影响较少时,细胞自噬抑制细胞凋亡。然而,当自噬使细胞内蛋白和细胞器过量消耗,致使细胞无法继续生存时,细胞转化成凋亡。也就是说,是自噬还是凋亡,这是一个外界刺激“度”的问题。1. 自噬抑制凋亡自噬抑制凋亡的主要机制是线粒体自噬。线粒体受损时MOMP出现,并引起代谢水解酶和半胱天冬酶激活子从线粒体中释放

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    丁香园最帅的崽  发布了新帖 细胞增殖与活性检测 210天前

    细胞增殖与活性检测细胞增殖是活细胞的重要生理功能之一,是生物体的重要生命特征 ,是生物体生长、发育、繁殖以及遗传的基础。细胞增殖是指细胞在周期调控的因子下,通过DNA复制等反应,完成细胞分裂的过程。增殖检测一般是分析分裂中的细胞数量的变化,进而反应细胞的生长状态及活性,细胞增殖检测主要分为四类:DNA合成检测、代谢活性检测、细胞增殖相关抗原检测和ATP浓度检测。细胞活性是判断体外培养细胞在某些条件下是否能正常生长的重要指标,如药物处理、放射性或紫外线照射、培养条件变化等。细胞活性检测指标通常包括细胞膜对核酸染料的通透性、代谢活性、膜电位等。细胞活性的检测相当于细胞增殖能力的测定,采用特殊的试剂测定细胞的代谢活力或细胞代谢产物,通过检测细胞的氧化还原活性反映细胞增殖能力,属于间接检测细胞增殖能

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    丁香园最帅的崽  发布了新帖 如何查找基因的启动子、UTR区、及转录 223天前

    如何查找基因的启动子、UTR区、及转录基础知识:启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。一般选择CDS区上游2 kb。UTR(Untranslated Regions):即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子编码区(CDS)两端的非编码片段。 5’-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子,3’-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴(Poly-A)的末端。1.查找基因的启动子区域-NCBI1. 打开PubMed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed2.选取【Gene】,在旁边输入IL7,点search,按下图示意,根据物种进行选择,我们以人源为案例,点击第二个:3. 下拉至下图位置,可以看

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    丁香园最帅的崽  发布了新帖 为什么双荧光素酶的检测结果经常是阴性? 223天前

    为什么lncRNA/miRNA或circRNA/miRNA的双荧光素酶的检测结果经常是阴性?首先这项检测技术对于miRNA与mRNA靶向结合位点验证是非常适用的。但苦恼的是在检测lncRNA/miRNA或circRNA/miRNA时常为阴性的结果。其主要的原因有:(1) 生物信息学预测得到的潜在结合位点单一。通常一个miRNA会靶向多个靶基因,或与lncRNA/circRNA存在多个结合位点。同时,由于各预测数据库算法的不同,多数据库交叉预测是很有必要的。(2) 挑选的lncRNA和circRNA本身不具备作为分子海绵的功能。比如lncRNA表达于细胞核内而不在胞质,表达于细胞核的lncRNA是不能作为分子海绵来吸附miRNAs的。或者它们与AGO2蛋白没有结合(AGO2是lncRNA/ci

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    丁香园最帅的崽  回复了帖子 脑缺血模型 237天前
    没有哦,不好意思
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 细胞划痕实验 237天前
    一般一个培养皿划一道
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 【原创干货】如何看懂流式结果图 237天前
    看是做什么指标,一般都有说明书的
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 每月细胞版风云战友奖励专用帖 248天前
    yj1984ren 10月得票 前五名请跟帖领取10个丁当奖励: @dxy_06kt740 @Ucell  @dxy_3xrpw7e @赵小叶   六至十名请跟帖领取5个丁当奖励: @怠惰者啊 @dxy_v2tjlck @dxy_yfkfytj5 @dxy_nlbe7pt @dxy_og6k6x63 得票第八,谢谢版主
  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  发布了新帖 细胞划痕实验 269天前

    细胞划痕实验 它是检测细胞运动中一种成本极低又简单易行的体外试验方法。 原理:当细胞长到融合成单层状态时,在融合的单层细胞上人为制造一个空白区域,称为“划痕”。划痕边缘的细胞会逐渐进入空白区域使“划痕”愈合。在细胞迁移过程中在开始和定期捕获图像,通过比较图像以确定细胞迁移速率。 实验步骤: 1.划线:先用marker笔在6孔板背后,用直尺比着,均匀的划横线,大约每隔0.5~1cm一道,横穿过孔。每孔至少穿过5条线 2.铺板:处于对数生长期的细胞,胰蛋白酶消化成单细胞悬液,接种于6孔培养板;细胞铺板6×105个细胞/孔,确保第二天细胞能够长满,每孔最终的培养基总量2mL; 3.细胞培养37℃、5%CO2培养箱中培养24h 4.划痕:第二天用*头比着直尺,尽量垂直于背后的横线划痕,*头要垂直

  • 丁香园最帅的崽
    丁香园最帅的崽  回复了帖子 如何看懂流式结果图 274天前
    dxy_v321i1i 首先感谢楼主的科普。用流式细胞仪测定caspase3活性时,阳性细胞率是什么意思呢? 就是表达caspase3的细胞数量/比例

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